他所说的“绝对本体”，其实，就是佛教所宣扬的摆脱束缚的灵魂，这种精神的实体，同其他有神论所虚构的“神”或“上帝”，没有本质的区别。正因为如此，后来他终于又承认了灵魂不死和生死轮回的迷信，说什么人证得“阿赖耶识”本体，就可以“超脱轮回”，同“佛”一样，永远脱离“器世界”（物质世界），永恒地安乐了。辛亥革命后，他更加露骨地宣扬起灵魂不死的迷信，说什么人死以后，不是一切都消灭，精神现象（指感觉、思维和喜怒哀乐等心理活动）可以变坏，但精神的实体并不消灭（“心体不灭”），从而又得出结论说：古代无神论者讲无鬼神，只是说，死后幽灵尚未转生，并非人死精神消灭。这样，他又成了有神论和有鬼论的鼓吹者了。
章炳麟对宗教迷信的分析，初步揭露了宗教产生的认识论的根源。他后来又把这种认识论上的根源概括为两点：一是来于人的“所知障”，即对自然现象的规律尚不理解，以为在自然界之上有一个实体支配自然现象的变化；一是来于人的“烦恼障”，即为饥寒苦疾所迫，感到死亡无日，以为有一神秘的东西支配自己的命运，祈求从它那里得到幸福。总之，他认为“神”是人类自己制造出来的幻想。德国资产阶级无神论者费尔巴哈认为，上帝只是人的幻想的产物。章炳麟在反对有神论的斗争中，达到了同费尔巴哈相类似的结论，为我国无神论史增添了新的财富。但是，他的无神论，正如马克思在批判费尔巴哈时指出的：“费尔巴哈把宗教的本质归结于人的本质。但是，人的本质并不是单个人所固有的抽象物。在其现实性上，它是一切社会关系的总和。”
章炳麟最后把宗教归之为人的“血气心智”的产物，把宗教的起源说成是基于人的求生和无知的心理，他所理解的人，是自然的人，不是阶级社会中的人。因此，他不能揭露出宗教产生的社会根源。相反，他认为，宗教在社会上有着增进人们道德的作用，说什么“若没有宗教，这道德必不得增进”。而且，革命党人要想树立革命的道德，就要有自己的宗教。这样，他又为宗教的存在保留了地盘。从这种历史唯心主义出发，他终于提出了建立一种所谓“无神教”的口号，而且把佛教说成是无神的宗教，大肆鼓吹起佛教唯心主义的哲学，使他从唯物主义转向了唯心主义。
此外，他还宣扬了因果报应论和宿命论等迷信。章炳麟作为一个无神论者，当他坚持唯物主义的世界观时，他的无神论思想就比较彻底，当他转入唯心主义时，他的无神论就显得软弱无力了，而且终于投降了有神论。
四、章炳麟的革命精神与虚无主义
章炳麟在反对有神论和康、梁改良派的斗争中，又研究了人的知识和才能的来源问题。在这个认识论的问题上，他最初是一个唯物主义者，后来却陷入了佛教的主观唯心主义。他的认识论总的说来，具有唯理论的倾向。
他曾批判了王守仁的唯心主义认识论，认为王阳明学说的根本错误在于“立义至车”，即从一个最简单的抽象观念（“良知”）出发，处理各种复杂的事物，这种哲学是从佛教禅宗那里搬来的。他说，研究学问和处理问题，应当像古代法家指出的那样，“以法为分，以名为表，以参为验，以稽（考）为决”，即用法令规定事物的名分，用名称表达事物的实际，通过检证和考核来判断是非。
后来，他在同保皇党的论战中，进一步驳斥了王守仁的“良知”说。梁启超等保皇派把他们的“君主立宪”论说成是出于“良知”，说什么“人不服从其良知，是日非人”。章炳麟驳斥说：人们的政治观点同样不是生来就有的，婴儿并不知道什么是政治，更谈不上分辨“主义”的是非；长大了，有所见闻，加以比较，才有政治见解。
他认为，这就是今人所提倡的科学精神，而王守仁的学说是同这种精神相对立的。他还指出，王守仁的“致良知”的命题，在逻辑上是自相矛盾的。他揭露说，既然“良知”是先天的，就不应讲“致”，如果必待后天努力才发挥出来，那就不是“良知”了。他对王守仁学说的驳斥，表现了唯物主义的立场。
他指出，保皇派把他们的政论归之为“良知”，这同王守仁当年把他效忠于昏君的行为说成是“良知所信”一样荒唐可笑。在这里，他同样坚持了唯物主义的观点，驳斥了改良派的唯心主义的先验论。章炳麟还谈到了关于人的智力的形成问题。他认为人的智力不是先天决定的，是在生存竞争中形成和发展起来的。他说，生物的官骸在竞争中总是“蜕其故用而成其新用”，使用它的官能则进化，不使用它的官能则退化。人类的智力也是这样，在竞争中，用其智力则聪明，不用其智力则愚蠢。这是说，人的智力是后天获得的，同样宣传了唯物主义的观点，是和唯心主义的“生知”说对立的。依据这种唯物主义的观点，章炳麟在同改良派的论战中，进一步驳斥了康梁宣扬的所谓中国民智未开、人民智力低下、不能行民主共和的谬论。章炳麟批驳说：“人心之智慧，自竞争而后发生。今日之民智，不必恃他事以开之，而但恃革命以开之。”
他认为，人民的革命观念和革命的才智都是在实际斗争中形成的。如明末的李自成，并非生来就有救民济困的思想，而是因为被饥寒所迫，而揭竿而起，后来在实际斗争中形成了革命观念。又如义和团初起时，只讲“扶清灭洋”，后来在斗争中增长了智慧，从而提出了“扫清灭洋”的口号。最后他得出结论说：人民在革命斗争中一定会树立起民主观念，能够管理好自己的国家，民主之兴，是势所必至，不可阻挡。
他还认为，社会历史现象的变化是有规律可循的，有其因必有其果，“因以求果，果以求因”，就会弄清礼俗政教演变的趋势，绝不能像康有为那样，主观虚构一套“三统”、“三世”的公式，硬套在历史事件上，像算命一样，预知未来。后来，他还指出，研究学术一定要“实事求是”，研究历史，如同“写真”一样，“悠短黑白，期于肖形而止”，把美的说成丑的，把丑的说成美的，都是错误的。