章炳麟是一个资产阶级革命家，不可能认识到人民群众的革命实践是获得真知的泉源。他的“竞争出智慧”，并不是马克思主义的实践论。它的理论基础是生物进化论，不是历史唯物主义。但是，他依据“吃一亏长一智”这一朴素的唯物主义真理，断言人的知识和才能是后天获得的，而且是在斗争中获得的，从而反对了保皇党的“群氓无知”论，有力地打击了改良派破坏民主革命的反动宣传，在当时有很大的进步意义。在反对康梁改良派的斗争中，章炳麟还批判了康有为的先验论的治学方法。他认为：“诸学莫不始于期验，转求其原，视听所不能至，以名理刻之。”可是康有为却从主观主义出发，不要“期验”，不讲“明理”，任意附会、曲解古代的典籍，寻找什么“微言大义”，其结果只能是“微言以致诬，玄议以成惑”。
在反对唯心主义的先验论的斗争中，章炳麟还论述了感性认识和理性认识的关系问题。他认为，陆王一派的先验论，排斥外物和感觉经验，当然是错误的。可是后来的唯物主义者如颜元，为了反对陆王的先验论，又把“格物”局限于演习礼节仪式，从事武备训练和生产活动，从而反对读书明理，又犯了另一种错误，即鄙视理论思维的错误。
不能从实用主义出发，不能搞先验论，任意涂抹古人。章炳麟提倡的方法论，基本上是古文经学派考证古代文物典章的“朴学”作风，不是对社会历史现象进行阶级分析，揭示历史发展的客观规律。但是他要求尊重历史事实，反对主观虚构，宣传了“实事求是”的唯物主义观点，打击了康有为利用古代文化典籍的研究，从事保皇宣传的坏学风，在当时同样有其进步的意义。
在反对改良派的斗争中，章炳麟之所以能够提出许多唯物主义的见解，归根到底是由于他早期对哲学基本问题的回答，坚持了唯物主义的路线。首先，他肯定了物质的客观存在。他说“盖凡物之初，只有阿屯，而其中万殊”，肯定原子是构成万物的最基本的物质。对于当时流行的“以太”说，谭嗣同曾经作过唯心主义的解释，如他把“以太”说成是“心力”、“唯识之相分”或“性海”等，因而是“无形质”的。章炳麟对此作了明确的批驳。他说“或谓‘性海即以太’，然以太即传光气，能过玻璃实质，而其动亦因光之色而分迟速。彼其实质，即曰阿屯”，“阿屯亦有形可量。以太流动虽更微于此，而既有迟速，则不得谓之无体”。“原质有形，即以太亦有至微之形，固不必以邈无倪际之性海言也”。
章炳麟根据当时自然科学的知识，坚持了物质客观存在的唯物主义观点。他又进一步阐发了客观事物不依赖于人的意识而存在的观点。他断言，事物的性质如色、声、味等是事物本身所固有的。例如，日光本来就有七种颜色，通过分光试验才能看到，但不能因为平常看不到，便认为光无七色。他说：“以目之眚者，视火而有青炎，因是以为火之色不恒，其悖矣。”这是说，不能因为患眼病的人，见火光有青炎，因此就认为火没有正常的颜色。他还指出，经常吃咸东西的人，并不感到咸东西怎么咸，但不能因此说咸味没有自己的特性，或者把咸味归之为舌头的幻觉。由此，他得出结论说：事物的颜色，“虽缘眸子以为薮极（准的），有不缘者矣”。这是说，颜色虽然凭借眼才能看见，但颜色的存在并不依靠眼。又说：“分剂有细大，而淡咸无乱味。”
这是说，人们感受咸味的程度虽有不同，淡和咸仍有客观的差别。章炳麟的这些观点，肯定了感觉是客观事物的主观映象，其内容具有客观性，不是主观自生的东西，坚持了从物到感觉的唯物主义路线，驳斥了那种把事物的性质归之于感觉的主观唯心主义的说法。
从肯定事物的性质独立于人的意识而存在这个前提出发，章炳麟又论述了词和概念的性质。他认为，词和概念开始于感官对客观事物的反映（“物各缘天官所合以为言”）。如眼看到红东西的颜色，便用“红”称谓它。后来又依据事物的共同性质，给同类的事物起个名字，便产生了“共名”和“大共名”。
他认为，“共名”是抽象的东西，同感官所感受的具体内容并不一样，可是它同样有客观的标准（“必非无成极”），不是人们恣意拟议出来的。据此，他指出，宗教家把“神”或“上帝”作为最高的观念，认为它可以包容一切，然而“神”这个观念却不像“大共名”那样是从不同的具体事物中抽象出来的共同属性。它并不反映客观存在，没有客观的内容，只能是主观虚构的东西。在章炳麟看来，抽象的观念有两种：一种是反映客观事物的共同性质，即类概念，又称为“公言”；一种是不反映客观事物的性质，不是从特殊中概括出来的。有神论的错误，就在于抛弃特殊而空谈一般，其所谓一般，不过是主观虚构的观念。
他说：“宗教之士，知其宥（指一般）不知其别（指特殊），以杜塞人智虑，则进化之几自此阻。”
章炳麟的这些议论，又肯定了思维内容的客观性，认为它同感觉一样，是事物的客观性质在主观意识中的反映，同样不是主观自生的东西。他坚持了从物到思维，从“实”到“名”的唯物主义路线。
他着重论述了理性认识的重要性。他说：算术、琴谱和书本上的理论，如同符号一样，都是抽象的概念，但它却可以概括具体的器物，帮助人们掌握具体事物的规律。例如学琴，不去弹琴，而终日讲读琴谱，当然是错误的，可是废弃琴谱，不研究音律，也是不对的。又如读书，不是说书没有用处，而是说坏书没有用处。不区别好书和坏书，对书本知识一概排斥，也是错误的。他还指出，不研究事物的普遍规律，不学习抽象的理论，局限于“水、火、工、虞”等具体事物的一个方面，只知道自己一方面的经验，其结果就会像中国先秦和古希腊时代的哲学家那样，把水或火说成是万物的根源，“举其树枝以为大素”，把特殊的东西当成普遍的原理，学术就不会有进步了。
他还指出，社会历史现象尤为复杂，如果不运用理性思维加以分析和概括，“不推其终始，审其流衍”，结果“维纲不举”，不可能阐明历史演变的真相，由此他得出结论说：抽象的理论，如哲学道理，只要本于“实事求是”的精神，不发空论，对人事总是有好处的。章炳麟对狭隘的经验论所作的这些批评，基本上是正确的。但是，他在批评经验论的同时，自己又犯了另一种错误——又把理性认识片面夸大了。他曾引证荀子的话说：只要内心清明，自然会了解事物的规律（“清明内景”）。又说，闲居静坐，屏除耳目之欲，远离蚊虻之声，也可以得到关于事物的规律性的认识。这样，又把理性认识吹胀了，走向了轻视感觉经验的道路。
自1906年以后，章炳麟为了建立他的无神论的宗教，搬出来佛教唯心主义特别是唯识宗的理论体系，又大肆鼓吹起唯心主义的先验论。1906年年底，他发表了《建立宗教论》，1908年又发表了《四惑论》。在这两篇文章中，章炳麟打起唯心主义的大旗，公开反对唯物主义和唯物主义的反映论。
他企图用这种说法来证明唯心主义的先验论是唯一的真理。他把唯物主义的经验论和唯心主义的经验论混为一谈，抹杀了经验论中两条路线的根本对立，从而陷入了唯心主义的泥淖。