首先，这个格物穷理方法论的形而上学性质表现在将一切事物及其在思想上的反映看做“固定的、僵硬的、一成不变的研究对象”，不是实事求是，从客观实际出发，“执古御今，以静制动”。
朱熹认为，格物即是穷理，而理却是不生不灭、永恒不变的。穷理以后，即以这个固定的、不变的理来应付千变万化的事物。这就是他说的“圣人之学，本心以穷理，而顺理以应物”。他曾把这个方法概括为：“理定既实，事来尚虚。用应始有，体该本无。稽实待虚，存体应用，执古御今，以静制动”。他还认为理在事先，事物尚未存在时，理早已存在，只要掌握了这个本已存在的固定的理，就可以在处理具体变化的事物中发挥无穷的作用，用古代的道理驾驭当代的事件，用静止的概念制约变动的实际。
他具体解释他这个方法说：“所谓事来尚虚，盖谓事之方来，尚虚而未有，若论其理，则先自固定已实矣。用应始有，谓理之用实？故有。体该本无，谓理之体该万事万物，又初无形迹之可见，故无。下面云，稽考实理，以待事物之来；存此理之体，以应无穷之用。执古，古便是《易》、《书》里面文字言语；御今，今便是今日之事。以静制动，理便是静底，事便是动底。”从这个具体的说明，我们可以清楚地看到，朱熹“顺理以应物”的方法，完全是一种以不变应万变的形而上学的方法。
他提出持敬才是“圣学始终之要”。这也就是说，要以封建道德的仁、义、礼、智作为最高指导原则，贯彻始终，作为探求知识和指导行动的出发点；而不是从客观存在的实际出发，从其中引出客观规律，作为我们一切行动的指南。这当然阻碍了研究客观事物规律的自然科学的发展。
这个格物穷理方法论的形而上学性质，表现在孤立地、静止地看待事物，把书本知识、特别是儒家经典，看做超越一切时间、地点和条件的绝对真理，应用到各种情况上去，变成神圣不可侵犯的教条。朱熹格物穷理方法论的这些形而上学特点：即不是实事求是，从客观的实际出发，而是从主观的封建观念出发，“执古御今，以静制动”；即把儒家经典的只言片语看做超越一切时间、地点和条件的绝对真理，变成神圣不可侵犯的教条；即片面地看待具体事物，好就是绝对的好，坏就是绝对的坏。
他说：“今之言理也，离人之求之，使之忍而不顾之为理，此理欲之辨，适以穷天下之人尽转移为期伪之人，为祸何可胜言哉。”这就是说，提出这个极端不合人情的片面要求，事实上不可能使人达到，因而只能使人人成为两面派，在社会造成极端虚伪说谎的风气。他还说：“以无欲然后君子，而小人之为小人也，依然行其贪邪。独执此以为君子者，谓不出于理，则出于欲；不出于欲，则处于理。于是谗说诬辞，反得刻议君子而罪之。此理欲之辨，使君子无完行者，为祸又如是也。”
朱熹所谓格物的一个意义就是读书，特别是读儒家的经典。他认为，通过读书就能了解圣贤的思想，要用圣贤的思想去观察客观世界。他说：“读书以观圣贤之意，因圣贤之意以观自然之理。”他还认为：“古之圣人，作为六级，以教后世。《易》以通幽明之故，《书》以纪政事之实，《诗》以导情性之正，《春秋》以示法戒之严，《礼》以正行，《乐》以和心，其于义理之精微，古今之得失，所以该贯发挥，究竟穷极，可谓盛矣。”
这是说，儒家圣人所传的六经，对于义理已经发挥到精微的地步，对于历史的得失也作了充分的总结，真正学到这些教导，就能在各个领域受到全面的训练。他特别吹捧四书，说什么：“如《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》四书，道理粲然，人只是不去看。若理会得此四书，何书不可读，何理不可究，何事不可处？”
他把所谓“圣人”经典中的片言只语都认为字字是真理，句句是规律。在他看来，“圣人言语皆枝枝相对，叶叶相当。不知怎生排得恁地整齐。令人只是心粗，不仔细穷究。若仔细穷究来，皆字字有着落”。因此，他要求人们学习这些“圣人”所写的经典，要一字一字地学习，一句一句地研究，虚心领会，切己体察，在一切行为中加以贯彻，即所谓“字求其训，句索其旨，未得乎前，则不敢求乎后；未通乎此，则不敢志乎彼”。
我们如进一步了解他所谓的理的具体内容和他的格物说的一个主要观点：“持敬为穷理之本”，他这种形而上学方法论更表现为主观主义方法。他所谓的理的主要内容，就是封建主义道德的仁、义、礼、智。他认为，应该以持敬作为穷理的基础，就是要求人在格物时，心中要念念不忘封建道德的准则，来观察一切、规范一切、处理一切。这个方法并不是真正从客观的事物出发，通过客观事物的多样性和复杂性发现事物的客观规律，而是用主观的封建的规范去剪裁客观的事实。他曾进一步说明持敬与格物致知的关系，说：“近来觉得敬之一字，真圣学始终之要。……盖古人由小学而进于大学，其于洒扫应对进退之间，持守坚定，涵养纯熟，固已久矣。是以大学之序，特因小学已成之功，而以格物致知为始。今人未尝一日从事于小学，而日必先致其知，然后敬有所施，则未知其以何为主而格物以致其知也。故程子曰：人道莫如敬，未有能致知而不在敬者。”
他这样把所谓儒家的经典看做包括一切真理的百科全书，认为其中每一句话都是神圣不变的教条，具有至高无上的权威，可以应用到古往今来的一切事件中。
朱熹格物穷理的最高目的，就是要实现封建道德的准则，使人能“革尽人欲，复尽天理”，达到穷理与尽心的统一，成为心与理一的圣人。
他所谓的人欲，包括的范围又很广，甚至想吃一点好的东西，都是人欲，这完全是一种禁欲主义的宗教思想。他将天理、人欲完全对立后，进一步又将圣、凡完全对立起来。他认为，能够正心诚意、复尽天理的就是圣人，若不能正心诚意，有一点人欲的就是凡人。他要求一般人经常要克制人欲，心存诚敬，实际上就是告诉一般人应该自认罪孽深重，天天洗心革面，向圣人顶礼膜拜。他将天理与人欲完全对立起来，“天理存则人欲亡，人欲胜则天理灭”。他认为，圣人就是完全达到天理流行的境地，没有夹杂一丝一毫的人欲，并且还是自然而然，没有任何勉强的成分；“不勉而中，不思而得”，因而就是太极的体现。所以他说：“圣人之所以圣，不过全此实理而已，即所谓太极者也。”
他这种思想与西方宗教表面上有些不同，表明中国封建主义的历史文化的某些特征，但这种思想对人的残酷，与西方中世纪则完全相似。戴东原曾特别揭露这种将天理与人欲、圣人与凡人完全对立的形而上学思想的虚伪性和残酷性。朱熹的这套思想方法，在中国后期封建社会中发生很深的影响。特别是由于朱熹自称他的方法要求不脱离实际格物，要求对事物的大小精粗进行周密的考虑，他用这种貌似客观和全面来掩饰其方法论的形而上学本质，因而他的方法论就具有更大的欺骗性。
四、朱熹对“天理人欲”问题的阐释
朱熹根据二程的学说更加以发挥和补充，他对唯物主义关于气的学说的思想资料加以歪曲利用，一方面断言理是根本，一方面又讲理气不能相离；一方面断言心本有知宣扬先验论，一方面又讲“格物穷理”，承认研究事物的必要。他的学说是比较精致的，也是更加狡猾的。朱熹建立了一个庞大的客观唯心主义体系，内容更富于思辨性，因而具有更多的欺骗性。他写的《四书集注》，后来成为几个封建朝代的知识分子必读书，借孔子的名义宣传他自己的思想，因而影响最大。
朱熹继承了程颢、程颐的人性论，认为理表现在人这方面，就叫做性，所以说：“性者，人之所得于天之理也。”同时，他又采用了张载所谓“天地之性”与“气质之性”的名词，也认为人性有二：一是“天命之性”，也叫做“天地之性”，也就是先验的理性，是从作为世界本源的“理”得来的。一是“气质之性”，即生来固有的感情、等，是从构成身体的“气”得来的。
朱熹认为，理是至善的，因此这天命之性也是无有不善的。至于气质之性则有善有恶。他说：“天之生此人，无不与之以仁义礼智之理，亦何尝有不善？但欲生此物，必须有气，然后此物有以聚而成质。而气之为物，有清浊昏明之不同。禀其清明之气而无物欲之累，则为圣；禀其清而未纯全，则未免微有物欲之累，而能免以去之，则为贤；禀其昏浊之气，又为物欲之所蔽而不能去，则为愚为不肖。”
他一方面把封建地主阶级的道德说成为人人固有的天赋本性；另一方面又以所谓气禀的清浊来解释天生来就有贤愚的区别，为封建等级差别作辩护。他甚至于用所谓气禀的不同作为富贵贫贱的差别的根源：“禀得清高者便贵，禀得丰厚者便富；禀得衰颓薄浊者，便为愚不肖，为贫，为贱，为夭。”
他认为“人之所以生，理与气合而已”，“人物之生，必禀此理，然后有性；必禀此气，然后有形”。人是理与气结合而生成的，其所禀受的理，表现为天命之性；其所禀受的气，构成为身体，而气与理结合在一起，就表现出气质之性。
他说：“论天地之性，则专指理言；论气质之性，则以理与气杂而言之。”这里所谓天地之性，是采用了张载的名词，但说法与张载还有所区别。张载所谓天地之性指物质性的气的最根本的本性，即所谓“浮沉升降、动静相感之性”，即运动变化的本性，朱熹则认为天地之性就是理。
朱熹又从“心”的体用关系来说明人性问题；他认为性和情都统于“心”，是“心”的体和用。他说：“心有体用，未发之前，是心之体，已发之际，乃心之用。”如以心比水，那么“性犹水之静，情则水之流”。“心”的本体，也就是“天命之性”，是无不善的；“心”的用，也就是“情”，就有善有不善，其所以流而为不善，完全是由于受了物欲的引诱或牵累。他又讲所谓“道心”和“人心”。本体的心，是天理的体现，叫做“道心”；受到物欲引诱或牵累，发而为不善的心，是人欲，叫做“人心”。“人心”、“道心”的区别，是朱熹对《尚书·大禹谟》中所讲的“人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中”这句话的发挥。朱熹等认定这十六个字是尧、舜、禹三圣相传的，所以以后道学唯心主义都称之为“十六字心传”。朱熹认为，“人心”、“道心”也不是两个不同的“心”，它是同一个精神主体，只是从追求和满足于耳目的上来讲，就叫做“人心”。从追求和实行天理上来讲，就叫做“道心”。
朱熹讲人性问题，既分别“天命之性”和“气质之性”，又分别“道心”和“人心”。而朱熹的整个人性理论，是要克服“气质之性”带来的不善思想和行为，使“人心”服从于“道心”，这就进一步必须讲道内心修养的问题，也就是如何使“人心”听命于“道心”，把“气质之性”带来的不善思想和行为克服掉。
朱熹认为这种修养的原则就是“去人欲，存天理”。这也就是朱熹所着重强调的所谓“天理人欲之辨”。就是说首先要认清“天理”和“人欲”的区别，“天理”是至善的道德标准，而“人欲”则是一切不善行为的根源。二程把“道心”等同于“天理”，把“人心”等同于“人欲”，所以说：“人心私欲，故危殆；道心天理，故精微。灭私欲，则天理明矣。”朱熹进一步发挥了二程的思想，而认为“人欲”只指“人心”中为恶的一方面，而不包括“人心”中可以为善的一方面。他认为“天理”和“人欲”是绝对对立而不可并存的，必须“革尽人欲”才能“复尽天理”。他说：“人之一心，天理存，则人欲亡；人欲胜，则天理灭。”只有克服和去掉“人欲”，才能保存和恢复“天理”。