就在梁明在登州府刮地三尺，教唆民众蛊惑人心之时，千里之外的清水教义军正在经历着一场生死大劫，当然现在王伦等人还远远没意识到情局的危险。
因为姚立德进驻东昌府安定了人心，随后又有一批援军赶到，王伦看东昌府防卫严密就不想在城下死磕。何必一棵树上吊死，前面不是有形式更好的临清州吗？
乾隆三十九年，九月初五。清水教义军主力开进临清府。
临清处于会通河与卫河会合处。会通河自南来，至临清北与卫河水合流，北流至京津。后会通河北支入卫河口处运道不畅，因开会通河南支入卫。遂使会通河、卫河二水在临清城内形成一三角洲名为“中洲”，临清夹河筑城。元代开会通河（会通河自山东汶上引汶水而来，又称汶运河），后淤塞，明永乐九年（1411年）疏浚从济宁北至临清凡385里；南至沛县，凡300里，因地置闸，定时启闭，会通河疏浚后，运河成为漕粮的主要运输孔道，大量商品南下北上，临清成为繁盛的商业都会，运河岸上的第一码头，明代中叶人口有百万之巨。
且临清府位于山东省的西北部，地处冀、鲁、豫三地接壤地带，乃京杭运河北段码头之最。是西进山东，东出直隶、河南的重要门户。明时既有“京师门户，南北要冲”的美誉。
是以此战不仅事关清水教义军之成败，也关乎着梁明究竟能在登州待多久的问题。可以说是生死之战。
据历史了解，梁明知道王伦义军万余人马前后历经半月有余始终没有攻占临清，以至于被清军来援精兵和围，经数天的搏命厮杀最终……所以此战不单单牵扯到了徐绩等人的视线，就是远在鲁东的梁明也在时刻关注着。
此时，临清有两城，其一为土城，即临清之外城，跨运河，位于西南，为多数百姓居住之地；其一为砖城，即临清之内城，位于东北，为官府和商家所驻场地。
叶信与秦震钧商议后认为，“外城此间土城颓坏，不可守，内城完固，宜并力保守”，遂进内城布防。
初五日，徐绩调兖州镇兵进围柳林。清水教义军正以柳林为基地，四处活动，官兵来拒，均为所败，来势日横。至初六日三更，徐绩带中军标兵进至梁家浅，次日黎明行至小邓家庄，与义军遭遇。
为诱敌深入，义军且战且走，双方在小邓家庄至张四孤庄一线发生大小战斗数次，终于将清军引入了伏击圈。时徐绩所带之兵只有抚兵四百名，河标一百名，兵力本属单弱，加上本日大风，而义军大队却有2000余人，一齐出击蜂拥而至，向徐绩所部清兵四面围攻。
清军望见义军身影即将枪炮放尽，然相距尚有里许自然打不中。等再装药时，义军已经蜂拥而至。徐绩无法抵御，被义军团团围住。那为首之人就是副元帅王经隆，看到徐绩的行仗他自然知道今个是围了一条大鱼，又调来杨垒、吴青林俩部准备奋力痛歼。
徐绩白嘘必无生理，谁知最后在惟一拼死救援下，得以狼狈逃命，义军则乘胜进逼临清。在得知清军不扼守运河岸，只是闭城守卫后，孟灿遂率义军先占领了土城。
沿途民众纷纷加入。加之王伦又将旧城中所抢当铺衣物、米粮等项随处分给，使得人心队伍空前壮大，当地部分*也加入了起义队伍。
随即，义军的眷属、辎重（亦）皆渡河，分占马市街、钞关大街及寺前民舍皆居之，义军前队占副将署、先锋营。王伦则进占大寺，号称“御营”，“紫衣长髯，佩无鞘剑，正中南向坐”，义子李士杰执大刀侍侧，又用牛马车数百辆围环禁护，前后建营十数里，枪刀旗帜排列严密……军容甚严，有必破临清之势。进据大寺后，王伦宣布拥立明朝后裔朱兆龙（实无其人）为帝，又加封王朴为国公，并封元帅、总兵等职多人。
占据土城的当日，起义军前队陈学珠、解滔帅三百余人率先以木筏编桥渡河，开始攻打临清新城。事隔未久，义军大队千余人在阎杏仁、李旺的率领下带着两门三斤炮亦经马市街来援，先冲击西门，未得手，继则并力专攻南门。
清军只得坚壁苦守，并施放枪炮，使义军无法近前。阎杏仁所部的火炮太少根本压不住清军，只得暂时撤下。略为休整，义军又于戍刻并死前进，堆草焚烧以乱清军视线，派敢死之人带火yao包至城门，被城头清军发现枪箭齐下，射杀于城门不足十丈处。
阎杏仁再次掘壕作地洞复攻城门，攻势甚急。城内官绅混乱不堪，直至夜间十时许，李旺见义军见久攻不下，两人商议后方退。
至此，清水教义军便开始了前后半月有余、昼夜不停地临清攻防战。
初八日，王伦命义军以牛车载炮趋西门，开炮轰击，已于初七日带兵140人进入临清新城协守的德州参将乌大经，率部在城上枪弹齐施，义军伤亡200余人，终以失利退却。
次日上午己刻，义军一面用杉槁在河里搭浮桥，一面派人潜至新城西门外之元（玄）帝庙，于门内向城墙口施放暗箭，以避官兵枪箭，同时积极准备火攻西门。酉刻，义军齐出庙，各顶秫秸一束至城下堆积放火，一时烈火冲天，并投入火yao包。
城外火光大气，爆炸之声不绝于耳。只因王伦所部没有精通火yao之人，义军为了运转方便将火yao分为十余斤不等的火yao包，以至于爆炸力不足，虽然炸的城门晃晃悠悠的却始终没倒下。
临清州官秦震钧急以重赏募兵夫数百缒城救火，城下的义军蜂拥而上，刀砍枪刺倒也杀了不少的清军。而城上清军因傍城房屋烧去，转得远望，义军再攻，清军自远方即可望见，即用枪炮轰击义军，义军因出动兵力不多，而死者更多，遂不支而退。
初十下午酉刻，王伦又派部队分攻西、南二门，由元帅孟灿督阵。一队义军在王经隆率领下攻西门，部分义军则把棉袄打湿，扛着秫秸去烧南门。王经隆认为火攻难以奏效，便将所有的大炮集中于西门来攻。
一时间，炮声震耳。临清城中人心晃晃的，战斗一直坚持到当夜三更，义军方退。次日，义军又组织攻城，由王经隆带部分将士推着火yao车再去攻打西门，亦被官军击退。是役，义军元帅孟灿、王经隆先后受重伤。王伦复以吴清林、李忠为元帅，日夜攻城弗退。但由于清军募人缒城焚西门外元帝庙，自是义军失去了攻城避弹的处所。
十一日，因临清城内军需匮乏，又以孤城当义军主力，徐绩一面命清平、高唐、武城等处协济，一面再调德州参将乌大经（此人已先入城）部及范县营兵百名入城协守。是日，义军一面组织攻城，一面集中人力在砖闸、板闸悉搭浮桥，围绕城池。攻城战斗中，义军又被打伤多人，先行官刘鋂也在是役中受伤而死。但义军悉搭浮桥，更便利了攻城，义军气势仍盛。
十二日，兖州镇总兵惟一会同德州城守尉格图肯各率500名将卒来援，屯于城东北之三里庄。申刻，王伦派队自西南迎上，直趋北门外与清兵接战，并隐匿精锐以少兵迎敌，攻扑清军营盘。
惟一等统兵迎战，义军即佯败不支诱使清军。然后，张开两翼裹之，先枪炮后马，纷纷轻进。义军且战且进，双方互有伤亡。不一会，义军冲破清军外围，兵分三队，闯入阵中。
杨垒起义后在义军称“万人敌”，逢战每跨白骡，持白蜡杆枪，冲杀在前。清军胆势以丧，至杨垒当面随即溃散，清军大队遂被冲垮，分为两截，彼此不得相顾。义军遂对清军并力痛击，满汉清军大败，惟一退走东昌，格图肯亦败逃夏津。
战斗中，义军“呼声动天，官兵无一人迎敌者，声势由是益高涨。夜晚，义军沿村放火，大造声势，准备再次攻城。夜半，义军又用大炮攻打南门，大秋岛所铸之炮，较劈山炮更劲，势更猛。火yao轰起，声震山谷，炮子飞入衙署，击断碑石之首，临清守军胆色已失。
这一夜，临清城几乎陷落，清军方勉强保住城池。次日凌晨，义军始退。当日，部分义军除劫掠典库之外，还去塔湾渡一带抢了二三十艘粮船，在北水门外搭成一座浮桥，以利通行。
十四日，义军造云梯车、冲车、高与城齐，命敢死队用长枪钩镰来爬西城。清军都司张铉、守备孟大勇率部竭力抵挡，始将义军击退。此后，义军又在离城二三里之处，不时劫杀城中信使，彻底断绝了临清新城与外界的联系。
十六日，义军经一日休整后，义军采用*吴经隆“凤凰双展翅”之策，以大车三辆各贮火yao，覆以秫秸，前护木板，由6人伏于车底，推挽而行，于戌刻来轰南城。城上清军枪箭如雨下，却又阻止不住，最终被炸开了南门。
王伦此时也不再顾惜城内百姓，命令火炮以“开花弹”、“霰弹”肆射，城内百姓虽伤亡不小但清军死伤也不在少数，更重要得是军心彻底涣散。义军此日以极少的伤亡拿下了临清。