袁世凯1885年初归国，因规避诸多对其嫉妒之人的攻击，赋闲在家，以避攻击。但很快李鸿章决定要重用袁世凯，10月由袁世凯护送大院君回朝鲜，11月封年仅26岁的袁世凯为“驻扎朝鲜总理交涉通商事宜大臣”，位同三品道员。而这样一个职位不仅已属高官，更重要的是可以左右朝鲜政局，俨然如同朝鲜的太上皇。当时袁世凯在朝鲜的任务是在“各国通商”、“友邦环伺”的情况下，使朝鲜“明尊亲之义，定摇惑之志，内修政治，外联邦交”，简单的说强化清与朝鲜的宗藩关系，小心日本和俄国打朝鲜的主意。袁世凯开始干涉朝鲜内政，甚至多次策划废黜朝鲜国王李熙。这成为了袁世凯日后窃国的一次良好实践的机会，也历练了袁世凯的政治手腕。袁世凯的行为很快引起了朝鲜的不满，朝廷也不断有人对他进行弹劾（官升的快，权力和势力增长的也太快，肯定有人不满）1888年1月朝鲜国王李熙致函请求清廷撤袁世凯，但是李鸿章力排众议，让袁世凯继续留朝任职，并于给袁世凯写了“血性忠诚，才识英敏，力持大局，独为其难”的评语。袁世凯在朝鲜的12年里，有效地遏制了日本和沙俄对朝鲜的渗透。在此期间日本曾多次派人暗杀未遂。
1894年，朝鲜爆发东学党起义，日军迅速出动朝鲜，企图挑起战争，袁世凯化装成平民逃回国内，于7月22日抵达天津，8月6日便又奉旨前往辽东前线，协助周馥转运粮械、收集溃卒等后勤事宜，至次年5月。在前线的10个月时间里，袁世凯亲眼目睹了在甲午战争中清军兵的惨状，他萌生了用西法练兵的设想，因其曾在朝鲜练兵有过突出表现，更有有“知兵”袁世凯开始了小站练兵的新阶段。
1895年12月8日（光绪二十一年十月二十二日），在得到光绪帝及朝廷大臣的支持下，袁世凯正式入主天津小站，开始用西法编练中国首支新式陆军。而在从入京觐见到小站练兵这段期间，袁世凯还曾积极为维新变法奔走，并加入了强学会，与康梁等维新派交往甚密，被维新派视为同路人，而这却成为了后来袁世凯对戊戌告密事提供了有利条件。
入驻天津小站后，袁世凯首批招募了2250名步兵，300名骑兵，再加上4750名定武军，称“新建陆军”，而这些人无疑也成为了袁世凯日后胡作非为的本钱。这支军队后来发展成为北洋新军，成为清末陆军主力，直到民国初年的北洋军阀亦多源自清末新军。（我不禁又在幻想，如果慈禧把用在自身奢侈享受的用度拿出一半来如同袁世凯这股练军会如何……。）不得不承认袁世凯在军事上是相当有天份的，他以德军为蓝本，制订整套招募制度、编制制度、军官任用和培养制度、训练和教育制度、粮饷制度等内容，在军事装备上，则注重武器装备的近代化和标准化。在用人方面袁世凯则聘德国军官十余人担任教习，从天津武备学堂中挑选百余名学生任各级军官，这期间无疑重用并培植了一批私人亲信。这些人以后很多都成了清末民初的军政要人。如徐世昌、段祺瑞、冯国璋、王士珍、曹锟、张勋等，而他们效忠的并不是朝廷，而是单纯的效忠袁世凯，这让袁世凯个人的政治资本逐渐壮大，为袁世凯日后就任第一任大总统自复辟称帝打下了坚实的基础。
1898年戊戌变法让袁世凯卷入了政治漩涡的中心，光绪和慈禧两派斗的势如水火，你死我活。而早在袁世凯刚入京就被新派人士视为同路人，此时更将希望寄托于袁世凯身上，将“围园劫太后”的谋划告知袁世凯，植根于袁世凯利用新建陆军来实施维新派的计划，光绪也为此召见了袁世凯，袁世凯表面同意了维新派的计划，而实际上老奸巨滑的袁世凯在审时度势后最终选择了以慈禧为代表的守旧派，他将维新派的谋划向荣禄告密。其实没有袁世凯的告密，慈禧也已经准备好发动政变了。维新变法仅维持百日便以失败告终，而袁世凯则因告密而获得了慈禧的信任，地位扶摇直上。
1899年40岁的袁世凯已经成为封疆大吏出任山东巡抚，新建陆军也从天津小站随他一同调往山东这，这一调动又导致他躲过了后来的八国联军侵袭，山东维持住了稳定，没有遭到战争祸乱。袁世凯与清廷实力间此长彼消，实力已不可小觑。1901年11月，李鸿章死去，以当时袁世凯的实力已经“非袁莫属”，于是没有任何意外的，袁世凯被任命为直隶总督兼北洋大臣，从此成为中外所瞩目的实力人物。实力的不断壮大同时也让袁世凯的野心疯狂成长了起来。