固始汗此时获悉西宁守军兵力薄弱，于是带领一万部众突击西宁，军至城下，成功包围了郭君镇。
但郭君镇镇定自若，组织百姓坚守城池，并亲自领兵夜袭敌营，大获成功。
不久米剌印率军赶到，顺军对西宁附近地区的和硕特军展开了猛烈的攻击，同时开始了招降活动。在大顺军的攻击下，固始汗占据的据点和寺院逐个丧失。
青海地区最重要的喇嘛教寺庙塔尔寺也被米剌印攻破，众多很有威望的大喇嘛被迫投降，结果被郭君镇下令一概处死，参加叛乱的喇嘛僧众也遭到严厉镇压。
在和硕特军节节败退、一部分参加叛乱的蒙古王公纷纷投降的情况下，固始汗于十二月将扣压的顺朝使者送还大顺军，并附疏上奏朝廷，为自己开脱罪责，请求议和。李来亨对此置之不理，下令大顺军平叛到底，必取固始汗首级方能回师。
顺军继续清除西宁附近的叛军，很快收复了镇海、申中、南川、西川、北川等地。固始汗被迫率领残部向西溃逃。当米剌印等率领三千顺军进攻郭隆寺时，遭到这里万余名喇嘛僧众的顽强抵抗，战斗异常激烈，可僧众没有正式军事训练，死亡惨重。
众多黄教喇嘛逃跑后被顺军俘获，押解入京，李来亨亲自下令，对其一律处以死罪，传首青海、西藏等地。
郭隆寺之战是平定青海和西藏之役中最激烈的战役，用郭君镇的话说：“自灭清以来未有如此大战者。”
固始汗在西宁附近战败后，率部退逃到离西宁千里之遥的柴达木河一带。在这种形势下，郭君镇提出于四月草青时，四路并进合攻青海的作战方案，而米剌印则提出乘春草未生，以精兵五千、马万匹，乘敌不备、远程奇袭的作战方案。
郭君镇将两种方案一并上报朝廷，李来亨最终采纳了米剌印的作战方案。这样，大顺军便分三路向柴达木进剿。
米剌印率兵自西宁出南路西进，沿途捕杀叛军的侦骑并消灭其留守部队，神不知鬼不觉地进入柴达木河上游地区。很快顺军探知固始汗大营在乌兰穆和尔，米剌印便率军连夜拔营疾行，直捣和硕特军大营。
当顺军抵达蒙军营帐时，固始汗部属尚未起床，人不及衣，马未衔勒。顺军分四路发起突然袭击，蒙军猝不及防，仓皇逃散，溃不成军。
固始汗见大势已去，便服下毒药试图自杀，但被周围侍从抢救了下来。很快顺军攻破和硕特军营帐，顺军先锋赵自牢杀入帐中，由于一些蒙古兵极力抵抗，乱战之中，赵自牢即命令所部卫兵放排枪将固始汗等和硕特部的重要王公一并打死。
此役顺军彻底击溃和硕特部，俘获其王公不可计数，很快肃清了青海地区的一切敌对力量。米剌印率所部五千精兵，仅用十五天，奔袭千余里，直捣敌穴，擒斩固始汗，创下殊功，因此封侯。
而占领西藏地区的和硕特汗国经此一役，损失惨重，特别是固始汗遭到顺军俘杀，直接造成了和硕特汗国的大规模内部纷争。
固始汗当初将八个儿子留在青海，护卫汗国，建立了八台吉的军队，将青海划分为左右两翼。
如今左右两翼的兵力都遭到了大顺军的毁灭性打击，基本上被尽数歼灭，和硕特蒙古的势力从青海地区全盘退出。
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和硕特汗国的势力范围就此退缩到了西藏一隅之地，可是西藏的政教大权都握于达赖系统和第巴系统的手中，汗廷系统主要掌握军事力量而已。
如今和硕特汗廷的军事力量瓦解，原本达赖掌宗教和财经，第巴掌行政，汗廷掌军事的平衡结构就被破坏了。
和硕特汗国本就是蒙藏二元维持的统治体系，汗国是蒙古贵族领导的，但是里面有格鲁派领袖为宗教领导，形成二元关系。本来，固始汗汗国打败藏巴汗，救了格鲁派，把他们获得在西藏政治领导层地位，但是五世达赖喇嘛系统不安于翻身，而且要获得最高权力。
如今固始汗被顺军俘杀，和硕特汗廷的军事力量和威望都遭到了沉重打击。达赖系统为了夺取西藏的政教大权，立即起兵作乱，攻杀了固始汗的长子达延鄂齐尔，不久达延鄂齐尔之子丹增达赖又从西康杀回西藏。
丹增达赖间道疾驰，跨越了荒无人烟的山区，任驮马冻饿而死，艰苦耐劳的蒙古将士们还是挺过了这段艰难的路程，以神兵天降的姿态突然出现在了五世达赖的面前。
藏军猝不及防，虽然占有兵力优势，可是骁勇善战的蒙古兵行军千里，抛弃了一切辎重，人人都知道一旦战败，绝无回家之路，因此士气高昂，死战不止，竟然一举将人数倍于本方的藏军彻底击溃。
丹增达赖随即攻占了日喀则和拉萨，继位为和硕特汗国的第二代大汗达赖汗。
他为了报父亲被五世达赖攻杀之仇，即以五世达赖行为不端为理由，将其废除，另外从前藏地方贵族中挑选了合适人选作为六世达赖。
但这也造成了雪区僧俗各界有力贵族对达赖汗政权的抵制，地方上因此叛乱不断，达赖汗忙于四面弹压地方贵族的叛变，无力整合从青海败退下来的和硕特余部残兵。
四川方面顺军趁机大举西进，由经略使苗里琛指挥部将贺珍、白文选、武大定等人兴兵攻伐西康，消灭了当地残余的和硕特余部，军至巴塘后刻碑纪石后方返回四川。
在青海一带，坐镇西宁的征虏大将军郭君镇听闻了西藏内乱的情况后，便立即派遣米剌印和熟悉青海道路的前明总兵马科，一起率领精兵八千人，自青海急速入藏。
大顺军沿途招徕雪区贵族，熟悉西藏政教内情的米剌印趁机提议打出了复立五世达赖的口号。马科同意他的意见后，顺军便获得了雪区贵族的大力支持，沿途行军毫无顾忌，星夜南下，穿越了冰天雪地的青藏高原以后，飞抵日喀则。