俄国的军人素质很差，加上俄罗斯的斯拉夫人本来就好杀戮，联军登陆广岛后，俄军除了个别地或小规模地对广岛居民随时随地任意杀戮之外，还对解除了武装的日本军警人员进行若干次大规模的“集体屠杀”，大规模屠杀方法有机枪射杀、集体活埋等，手段极其残忍。
俄军占领广岛第二天，对已放下武器的日本军警人员1000余人，被集体解赴城外用机枪密集扫射，多当场遇难。负伤未死者亦与死者尸体同样遭受焚化，投降俄军的日本军人2000余人也被俄军屠杀。第三天，日本男女难民5000余人被俄军集体押往港口码头，全部用铅丝捆扎，驱集到下关草鞋峡，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮，事后将所有尸骸浇以煤油焚化，以毁尸灭迹。
俄军占领广岛第五天，还有两名俄军官展开杀人竞赛两个少尉军官在其长官鼓励下，彼此相约“杀人竞赛”，谁先杀满100人为胜，结果从市区一直杀到农村，不分胜负，重新比赛谁杀满150名日本人。
广岛市是日本广岛县的县厅所在地，自十六世纪毛利氏入府以来就是日本最大的地方城市。俄国佬这次对日本广岛的屠杀长达四个星期，集体大屠杀28案，约六万人，零散屠杀858案，四万人，整个广岛市几乎不见人影，变成了空城，俄军侵占广岛期间，还强奸了成千上万的妇女，他们不分昼夜并在受害妇女的家人面前施行违背意志的行为，有些日本妇女被俄军强奸了好几次，往往有妇女受不住俄军的折磨而死。除此之外，俄军还强迫日本男女和男男进行那种不堪的行为，犯案超过两万宗。
俄军在广岛的暴行震惊世界，英美主流报纸对俄军的暴行大加抨击，称俄军“实为人类蟊贼，文明公敌”。但沙皇却对俄军的行为下令褒奖，称“日军混入了平民当中，广岛大屠杀并不存在，一切都是正常的战争伤亡！”
俄军这一场残暴大屠杀，广岛死了十万人，明治天皇十分震惊，意识到战争对日本民族来说，是一场残酷的灾难，意欲结束军部的战争。
联军攻占了广岛之后，还切断了日本的后勤补给，继续北上，攻占了神户、京都、名古屋、横滨，击溃了日军的第二军，对日本都东京形成合围之势。
与此同时，中国的舰队和俄国的太平洋舰队炮轰东京港湾，鉴于俄军在广岛残暴的大屠杀，东京的近百万市民人心惶惶，对北极熊心有余悸，纷纷到皇宫前请愿。
日本海军剩下的二十余艘战舰在东京港湾被中国的舰队击沉十八艘，基本上全军覆没。日本的陆军遭遇段祺瑞的坦克军团和联军猛烈的炮火，遭遇前所未有的溃败。战场上接连不断的失利，加上担心俄国人进入东京后再次像在广岛那样进行“东京大屠杀”，东京市民不断到日本皇宫外请愿，要求日本天皇重新启用前首相大隈重信，和以中国为首的联军和谈，发动军事政变的西乡从道成为众矢之的
。 日本天皇也担心俄军占领东京后会对日本皇室不利，于是宣布日本战败投降。
西乡从道接到明治天皇宣布投降的诏令，在靠海边的一栋别墅里，望着东京港上起伏的波涛，万念俱灰！他再疯狂，也不敢违背天皇的命令，他也知道联军肯定不会轻易放过他，便听着君之代的国歌，切腹自杀了！死之前，西乡从道提前穿上了寿衣，回到了他两兄弟出生的鹿儿岛，对着他哥哥西乡隆盛自杀的地方睁大眼睛，嘴唇喃喃颤动，两行清泪缓缓滚出。
桂太郎和儿玉源太郎等日军高级将领也畏罪自杀，日本首相山本权兵卫随即宣布辞职，明治天皇解散了军政府，任命大隈重信为全权代表，授予他各地赔款的权力，去跟中国代表团和谈，为了表示诚意，日本明治天皇说：“四海之内莫非同胞，茫茫人间相争何为？日本承认钓鱼山是中国的，琉球是中国的，只要中舰撤出东京湾和日本和谈，日本皇室将来把常宫昌子内亲王嫁给中国的皇子！”
法国，英国灭掉日本没有兴趣，曾纪泽便同意和谈，回电日本天皇：“日本修改宪法，出台和平宪法。解除军队，只允许日本成立自卫组织，中国可以成为日本的保护国，这是中国和日本和谈的条件。另外，要日本至少再赔款八国9.82亿两白银。”
9.82亿两白银，这可是日本近十年的财政收入总和，历史上中国的庚子赔款就是这么多，曾纪泽就要日本人十年的财政收入，实在太便宜日本人了。中国的外交大臣伍廷芳等外交人员，抵达日本马关和大隈重信谈判。日方参加谈判的人是大隈重信，还有外交大臣陆奥光宗。
一见面，伍廷芳就问：“贵国于中国修好之心诚否？”
坐在轮椅上的大隈重信语重心长地说：“日本若不诚心，天皇也不会派老夫到此，更不会答应把常宫昌子内亲王远嫁给贵。”
伍廷芳说：“亚细亚洲，中日两国最为邻近，且系同文，讵可寻仇？今暂时相争，总以永好为事。如寻仇不已，则有害于华者，未必与东有益也。试观欧洲各国，练兵虽强，试观欧洲各国，练兵虽强，不轻起衅。我中日既在同洲，亦当效法欧洲。如我两国使臣彼此深知此意，应力维亚洲大局，永结和好;庶我亚洲黄种之民，不为欧洲白种之民所侵蚀也。”
大隈重信点点头，说：“贵国之论，甚惬我心。”
伍廷芳提了修改宪法和9.82亿两赔款的条件，大隈重信语带恳求的语气道：“如此赔款甚巨，能否酌情减少？或者分期还款？”
伍廷芳说：“此事我不能做主，得电报请示吾皇。”
曾纪泽接到电报，答应日本赔款4.5亿两，分39年还清，年息四厘，本息共计高达9.82多亿两，加上必须马上支付的伤亡将士抚恤金两千万两，总数约白银10亿两，以日本海关税、盐税等担保
。
中国和各国充分商议后，根据各国阵亡的士兵补偿，各国分的赔款数目。
在中国的斡旋下，除了赔款，日本与四国签订了丧权辱国的《东京条约》，其中规定：
一、日本立即解散刚招募的日本陆军，今后日本只允许保留一万人左右的陆军自卫队，不允许日本再开办军工厂，向各国购买军火。中国成为日本的保护国，原来的军工厂立即关闭，由中国接管。中国向日本政府派顾问，帮助日本官员管理国家。
二、日本永远不得再成立海军。
三、划定使馆区。在东京划定使馆区，成为“国中之国”，在区内日本人不得居住，各国可派兵驻守。
四、永远禁止日本人民成立或加入任何“与诸国仇敌”的组织，违者处死。各省政府的官员必须保证外国人的安全，否则立予革职，永不录用。
五、日本应允将各海口炮台及有碍东京至海通道之各炮台一律削平。
六、在东京、横滨、神户、伊豆、北海道等地增设通商口岸。
七、日本割让长崎岛及其附属岛屿给中国，割让南千岛群岛给俄国。
八、各国保证日本天皇永远统治日本。
最后一条，是大隈重信极力要求的，曾纪泽觉得日本天皇保留下来，有利于控制日本，于是答应了大隈重信的请求。
日本签订此条约的消息传回北京后，曾广孝觉得这是为中华民族除了一心头大患，下令放假三天，举国庆祝，各地都出现盛大的欢庆场面。
尤其是中国的首都北京，这次战争的胜利使人们欢腾，由平民构成的游行队伍在北京的胡同里随处可见。各行各业的工匠，学校的学生们，工厂的工人们，都在国歌的节奏中行进，喧天的锣鼓声、上千只喇叭声和人们的欢呼声交织在一起，各种各样的花车插着五色国旗，在人们的簇拥下开来。人们高唱国歌：
巍巍昆仑，凝视华夏大地
滔滔江河，孕育古老文明
尧舜时代，先人告诫
民有五族，不能分离
天下为公，重民轻君
矫枉过正，发展农工
文教兴旺，民气大和
国泰民安，江河有光
几十万庆祝人群的爱国热情高涨。这一场盛大的庆典，也使得军人的地位得到了中国民众和社会的认可！
暂时除去了日本人这一心头大患，曾纪泽的威望空前，他正式登基称帝的时机成熟！这时，国内的军工业在过去洋务运动的基础上，进一步发展
。段祺瑞的坦克军团在日本战场上的出色表现，让曾纪泽意识到了科技强军的重要性，他下令中国军械局升格为国防工业部，负责研发万吨级的军舰、新型坦克和飞艇等当时世界上最先进的武器。
同时，曾纪泽下令加强军队的思想工作，准备正式登基称帝，悬挂曾国藩和曾纪泽的巨幅肖像画。之所以军营里挂曾国藩的肖像，是因为曾纪泽的治军思想，主要借鉴曾国藩的治兵之道。军队的思想工作极端重要，很难想象一支没有信仰的军队能打胜仗。
曾纪泽认为之前的淮军并没有继承老曾的治军之“精神”，这是一大失误，所以他重新补上，在全军推广，戚继光的《练兵实纪》和《曾文正公全集》几乎人手一册。另外，曾纪泽的治军思想还借鉴了王阳明“格物致知，知行合一”的学说，还效仿西点军校，强调军队的纪律和荣誉，这套理论被整合为中国特色的治军思想。
那日，中国士官军校毕业典礼，朝气蓬勃的年轻军官，一个个穿着笔挺的军装，在夏天的骄阳下昂首挺胸，头上渗出豆大的汗珠，也纹丝不动，他们正聚精会神听着一身戎装的校长曾纪泽在主席台上致辞：“每年中国士官学校学生的毕业典礼，不管有多忙，我都会参加，我为你们每一个人今天取得的成绩而感到骄傲。我没有其他的话要讲，还是重复以前开学典礼给你们讲过的话，你们温故而知行！”
曾纪泽慷慨激昂，说：“曾文正公曾说，‘君子之道。莫大乎以忠诚为天下倡。世之乱也，上下纵于亡等之欲，奸伪相吞，变诈相角，自图其安而予人以至危。畏难避害。曾不肯捐丝粟之力以拯天下。得忠诚者起而矫之，克己而爱人，去伪而崇拙，躬履诸难，而不责人以同患。浩然捐生，如远游之还乡，而无所顾悸。由是众人效其所为，亦皆以苟活为羞，以避事为耻。’这一段话是很紧要的，大家要知道：以前中国为什么会乱起来？为什么会有太平长毛和匪徒？根本原因，就是国人缺乏忠诚，只讲虚伪变诈，只相信枪炮而不相信正义。我们学校的军官，要‘以忠诚为天下倡’，如果能够忠诚自勉，将虚伪的恶习克除，做实在的事情，外国人怕死，我们不怕死，外国人畏艰险而我们反过来勇于负责，刻苦耐劳。则中国的军队就战无不胜！”
台下的学生们又热烈鼓起掌来，在中国士官学校总务长徐世昌的示意下，挥舞着拳头，齐声喊：“中国的军队威武！曾纪泽万岁！”
讲完忠诚，曾纪泽继续讲怎么“带兵”：“天下强兵之道在将，上将之道，以志为帅，以浩气举事，严明果断！你们将来都将是中国优秀的军官，曾文正公生平躬艰，平定长毛历时九年，都是以‘打脱牙齿和血吞’的坚忍沉毅的精神处之，从不责备别人和环境，这是我们曾氏一族的伟大，也是成功的要诀，我们应当效法，尤其是带兵的人，平时一定要和部下同甘苦，战时一定要和部下共生死，绝对不好自己有苟活之心。”
说到激动处，曾广孝举起拳头，道：“当然，一支军队有了纪律只能保证他是支军队，不是乌合之众，还要强调荣誉和责任
！有了纪律、荣誉、责任，军队的训练就会事半功倍，每个人都知道为什么当兵，荣誉感也会很快诞生，有荣誉感的军队，会视死如归，这种视死如归，不是野狼一样没有理智，而是为了理想，而心甘情愿的牺牲。军队就有了钢铁意志，或者说军魂！有了责任感。我们的军魂，就是要坚船利炮，还有坦克军团，保家卫国，中国虽大，但没有一寸土地是多余的！我们的军魂，就是要让四万万中国同胞，过上有尊严的生活！”
台下一片安静，随即爆发了热烈持久的掌声！曾纪泽望着主席台下一张张年轻的脸。不禁想起了自己当年刚建立淮军军官学堂的场景，弹指一挥间，这里变成绿荫蔽日的现代化军校，自己也已是四万万人的领袖，身上的担子越发重了，中国将要开辟新的纪元！(。)