阿思本舰队还没来中国，就引起了轩然大波，各大势力集团为夺取该舰队的控制权开始角逐，这是曾家第一次拥兵自重，和朝廷斗争。曾纪泽早就提醒曾国藩，要特别注意这支舰队，千万不能让此舰队落到恭亲王或满清朝廷手里。
刚开始，对控制该舰队，曾国藩也是大有兴趣，翘企之至，他从一开始就上书朝廷，坚持三条对该舰队的期望，其一：轮船驶至安庆、汉口；其二：配用楚军水师之勇丁；其三，有关事宜由“臣与胡林翼商定”。
当时胡林翼还没死，曾国藩的三点期望都是有很大目的性，第一条驶至汉口是假，但汉口在湘军的实力范围却是真，他想借助舰队驶至汉口，对恭亲王和洋人来一个既成事实，把舰队的控制权纳为己有。后两点中，也有含糊其词，准备把该舰队收归己有，“称霸”一方。
恭亲王则反对舰队上驶至安庆，他则要求该舰队驻守在上海，用于袭击南京之用。而曾国藩硬说“用之于江面”，“所部兵丁并非生长海上，势不能于重洋用武，不敢不据陈奏。”
曾国藩从1861年1月起就强调“是皖、吴官军之单薄，在陆而不在水，金陵发逆之横行，亦在陆而不在水”，以后又不断重复此论，想用这支舰队武装湘军水师。但是恭亲王对曾国藩本来就有所忌惮，坚决不同意湘军水师接管这支舰队。
曾纪泽率淮军抵沪后，羽翼渐丰，只好亲自争取，上海相对优势的条件是他颇为踌躇。从筹够该舰队起，上海到处处于近水楼台的地位。最重要的是曾纪泽掌握了上海这个财赋重镇：上海当时号称“月收百万”，仅海关税收就占全国海关税收的一半以上，舰队的军饷大半要从上海出，他极力争取阿思本舰队留在上海。
而恭亲王集团也想得到该舰队。恭亲王身为先帝咸丰的弟弟、当朝皇帝同治的叔叔，又是议政王之尊，主持军机处、总理衙门、内务府、宗人府，为臣者无出其右者，清政府这时的外交、政治、军事以至皇室事务都归其秉持，可谓军国枢纽在握，他想代表清政府名正言顺地控制该舰队。
而且慈禧太后颁发的上谕也与奕欣为此事的凑请完全一致。其实慈禧太后也是在利用恭亲王这个人，才在很多事情上顺着他。其中有很多原因，首先是在不久前的“麒祥政变”中，恭亲王帮了嫂子慈禧太后的大忙，慈禧不得不在某些事情上感恩戴德。当时满洲大员当众有能力的人已经不多，能够有恭亲王这样一个办事得体的人也确实难得，所以在很多事上两宫太后也不得不多想着小叔子。
但是曾国藩和曾纪泽坚决不同意朝廷指派的崇厚接管这支舰队，崇厚本人也不懂海军，朝廷这时还要给湘军和淮军面子，不好翻脸，为此，恭亲王颇费心机，提出折衷方案，一是拟拆开舰队，把舰队一分为二：北洋、南洋各半。他奏请两宫太后：舰队运到后，酌分数只，驶赶天津，以备北洋防守之用。二是名与器不假人，裁夺之权不放，尽量不让曾国藩和曾纪泽得益过多。三是借重洋员，颇有宁付客卿、不托家臣的味道。
曾纪泽从这次争夺舰队的控制权中，提醒曾国藩，朝廷对湘军和淮军还是有所忌惮。
恭亲王给李国泰的信件中有行乎不清的“一手经理”字样，同李国泰签订了《轮船章程五条》，沾沾自喜于该战争中规定的空洞的统帅权，对出让最重要的实际指挥权不以为然。
恭亲王告诉曾纪泽，经费上“自不能专令江海关一关支应”，行政上要李国泰、赫德“均着听候曾大人预为酌定”，“此船板就，驶赴上海听候拨用”。
曾纪泽觉得恭亲王这种行为十分无知，阿思本舰队尚未离开英伦三岛。清政府欲构建现代化海军，好不容易与洋鬼子“串通一气”，可连他的汽笛声还没听到，长毛未灭，抑制湘军和淮军的司马昭之心就昭然若揭，他让曾国藩静观其变。
1863年夏天，这支“英中联合海军舰队”由6艘驱逐舰、1艘炮艇、1艘供应船组成，分别“中国”号，“江苏”号，“北京”号，“广东”号，“厦门”号，“天津”号，“遐荒”号，“巴拉莱特”号，它们从英国利物浦港启碇，绕道好望角的漫长的欧亚航线，到达了上海。而当时清政府则命名其中的7艘为“一统”号，“金台”号，“广方”号，“得胜”号，“三卫”号，“百粤”号，“镇吴”号。
在这支舰队到上海前几个月，李泰国由伦敦回到北京，向总理衙门递交了他以“中国政府全权代表”身份私自与阿思本签订的“合同”等文件，说他在英国订造的8艘舰只共支出银107万两；招募英国海军军官兵600余人，议定以4年为期，并订有合同共13条。李阿合同的主要内容有：
（一）中国建立外海水师，阿思本允做总统四年。除阿思本外，中国不得另延外国人做总统。中国所有外国样式船只，或内地雇外国人管理者，或中国调用官民所置各轮船，议定嗣后均归阿思本一律管辖调度。
（二）阿思本只执行李泰国转交的中国皇帝命令。若由别人转谕，则未能遵行。如有阿思本不便照办之事，则李泰国未便转谕。
（三）所有此项水师各船员弁、兵丁、水手均由阿思本选用，仍须李泰国应允，方可准行。
（四）此项水师，俱是外国水师，应挂外国样式旗号。
当总理衙门见到李阿合同时，恭亲王和总理衙门诸公目瞪口呆：“其意竟思借此一举，将中国兵权、利权全行移于国外。”
按照这个合同，大清帝国花了100多万两银子买来的舰队，完全成了挂外国旗，听命于外国人外国舰队。而且阿思本不仅是这支舰队的司令，还成了中国海军的总司令。总理衙门原来希望的是让英国人帮助购买船炮，聘请外国官兵来组建一支新式海军舰队，但事权——指挥权归自己。
在接到这份合同后，恭亲王大吃一惊：“原来英国人想借此一举将中国兵权、利权全夺走。”
消息传出后，朝廷内外立刻一片哗然。但因急于用舰队镇压太平军，恭亲王命总理衙门仍做了极大的克制和让步，与李泰国再三谈判，经过反复讨价还价，双方另行议定了《火轮师船章程》五条，规定由中国人充任舰队的“汉总统”，阿思本降为“帮同总统”，作战时必须听从地方督抚大员的指挥调遣。同时，双方还订了攻打太平军的分赃协定：攻占南京后，所得财物“以三分归朝廷充分，以三分半归阿思本赏外国兵弁，以三分半归中国兵弁作赏；如果阿思本率舰队独占南京，则“七分阿思本充赏。”
这个《章程》一签订，立即被认为直接威胁到湘军的切身利益。曾国藩和曾纪泽等湘、淮系实力派人物一致反对。经过多路清军经过十年浴血奋战，已经屯兵南京城下，大功告成之际。曾国藩、曾国荃、曾纪泽等，都对总理衙门与李泰国的协议大为不满。
曾国藩致函总理衙门说：“购船的人把所购的船看成是自己的东西，中国得到的不是船而是指挥船的洋人。”他还抱怨说，“轮船和湘军水师的长龙、舢板相比，大小已很悬殊，速度也有天壤之别，如果都停泊一处，轮船好比华岳高耸，湘军的船则象众山之上，低列像似儿孙一般。”
曾纪泽请曾国荃上奏说：“湘军已包围南京，兵船入江无用武之地，而且各船都由洋人指挥，未必肯受地方督抚节制。”
曾国藩再次上奏说：“以中国之大，区区170万白银之船价，每年90万白银之用款，简直可以视之秋毫，了不介意。或者干脆将这些船分别赏给各国，不要别人给钱，让李泰国失去其依靠而杀杀他的骄气。”
其实在湘淮系实力派人物中，曾纪泽是与阿思本舰队打交道最多的人。在这舰队到达上海前，曾纪泽就同李泰国发生了一场激烈的争吵。
1863年5月，在阿思本舰队到达前几个月，李泰国从伦敦回到上海。第一件事，就是找曾纪泽要钱。
当李泰国来到江苏巡抚衙门时，曾纪泽外出视察他的兵工厂去了。李国泰只得再巡抚衙门里苦等了两个时辰，在中国大大小小的衙门里，李泰国从来还没受过如此冷遇，正当他要大发脾气时，突然巡抚大人曾纪泽回来了。
争吵的起因就是李国泰要购买舰队的欠款，毫不让步。
曾纪泽大怒说：“本巡抚握有重兵10万，自进驻上海以来，扫平周围的长毛，攻占无锡、宁波、扬州等地，从来没有求过别人帮助。如果你一定要为买船的欠款要挟我，一旦激怒了我手下的将士，你这几艘破船恐怕到不了天津就沉了。”
李国泰受辱，怒气冲冲地走出了巡抚衙门。虽然李泰国跑到总理衙门去告状，但是曾纪泽就是坚持不给一两银子，他花钱的地方多了去了。
曾纪泽虽然想控制舰队，但又不打算自己掏一分钱，曾纪泽所想的，是朝廷出钱购买舰队，自己对舰队有控制权。
在没有要到一两银子的情况下，气急败坏的李国泰竟然出尔反尔，向总理衙门又提出了他的十三条，并坚持以十三条未办事准则，而他竟说自己与奕欣等议定的《轮船章程五条》和他毫不相干。
后来，阿思本向奕欣提出了最后通牒，扬言若不同意《十三条》各项规定他就拒绝从事任何活动，如果不在四十八小时内，收到他想得到的一种希望的答复，那么他就将这支舰队解散，阿思本希望以此来威胁清政府，令清政府作出让步。而这一事件就是在该案中著名的“一字不可更易”照会。
事情到此，已经非常明朗，清政府连最后一点虚名都保不住了，最肯让步的恭亲王也是进退两难。
曾纪泽觉得解散阿思本舰队的时机成熟了，便请曾国藩上奏朝廷，说该舰队“有害无利，已属显然，若或勉强从事，中外将恐不能相协，将来胜责彼此争功，败则互相推诿，设一旦激发声辩，于大局关系匪轻”。
这意思有点像是说：惹毛了湘军，老子就不打南京了。
接着，曾国藩上奏朝廷，提出阿思本“意气凌厉，视轮船奇货可居，视汉总统如堂下厮役，倚门之贱客”，“水陆将士皆将引以为耻”，曾国荃亦提出：“长江水师帆樯如林，无须轮船会剿金陵。”
曾纪泽还将此事透露给美国的纽约时报等报纸，说“阿思本舰队”是推出了英国妄图独霸中国的殖民主义底牌。因此这个阴谋被曝光后国际舆论哗然，美国、法国强烈反对，在华的大多数英国人都认为李泰国等过于狂妄。
恭亲王主持的总理衙门只得退让，几经周折，终于决定“解散阿思本舰队”。
当日，清朝政府变法了上谕答复了曾国藩等人的奏折。而恭亲王也亲自给曾国藩写了一封信，谢其“惠书详论轮船办法，足征成竹在胸，荩谋宏远”。
而曾国藩给恭亲王的回信里也恭维他“尊处博采公议，委令撤退”。事件期间，左宗棠集团虽然与阿思本舰队一案关系厉害不大，但也与湘军抑制联系此事，协调行动。
于是来也匆匆，去也匆匆，上述的斗争结果就是“阿思本”舰队寿终，最终在清政府“博采众论”后，痛下决心，“将轮船撤退”，并在新一轮谈判中采取强硬姿态，解散舰队。此时，清政府已为这支舰队支付了9个月的薪工银，为了遣返舰队，又支付了37万多两的遣散费，还额外送给阿思本1万两，送给李泰国14000两。
最终，大清帝国极有气度而不明不白地扔掉了67万白银之后，大清水师的全部家当还是只有800多艘木制风帆船，大清国海军的进步停滞了二十年之久。
而在曾纪泽的帮助下，二十九岁的赫德在中、英政府间上下其手，藉此挤走一心要为中国海军做“贡献”的李泰国，自己如愿以偿成为第二任总税务司。
舰队解散后，按负责调停的美国公使蒲安臣安排，各船返回伦敦拍卖，曾纪泽让李鸿章帮忙找一个人，协调买下阿思本舰队。
李鸿章问道：“找谁？”
曾纪泽说：“容闳，第一个毕业于美国耶鲁大学的华人留学生，现在上海做茶叶和丝绸生意。”(。)