大顺在西域三疆中，对东疆的控制力最强，但是最重视的地区则是北疆。
因为北疆毕竟是卫拉特人长年的游牧地，大量草场便于蒙古人繁衍生息，一旦稍有放松，就可能使得蒙古诸部重新崛起，成为顺朝边患。
所以虽然东疆和南疆的农业条件，都比北疆好。但李来亨还是力排众议，将安西大都督府的治所设置在了北疆的伊犁。
历代中央王朝统治西域，为了养兵，莫不兴办屯田。但是，像顺朝统治西域以后后，天法皇帝如此大力提倡兴办，却前无古人；而屯田规模之大、地域之广、形式之多、成效之显著，更是历代所不及。
汉朝首创西域屯田，其功自不可没，但主要是兵屯，规模也较小，目的也仅仅是为了解决驻军和过往行人吃粮的问题。
唐朝在西域驻军较多，在天山南北屯田规模也较大，但唐代在西域屯田的总数还不及大顺在北疆一区屯田之数。
世祖朝时期，西域有兵屯、民屯、犯屯、回屯和庄屯等多种屯田形式。与历代中央王朝统治者不同，李来亨更加重视民屯，而以回部为主的“回屯”和由内地大商人出资建设的“庄屯”则是历代中央王朝统治西域时所未实行的，实属创新。
大顺收复后的西域地区，由于长期战乱，土地荒芜，人口锐减，生产遭到极大破坏。李来亨认为“武定功成，农政宜举”，把恢复西域的生产，特别是农业生产当作主要任务。
为了解决大批驻军的粮食供应，李来亨与历代中央王朝统治者一样，首先在南北疆各地组织远征军将士就地屯田。
当时在西域的大顺暂留驻军一万五千余名中，“屯田之兵居其大半”，可见，屯田规模一开始就较大。到安西大都督府时期，仅北疆兵屯已达二十二万七千余亩之多。
但是，与历代中央王朝统治者不同，李来亨更加重视组织农民屯田。兵屯虽有见效快、组织容易等优点，但广大屯田士兵对土地没有任何权利，收获粮食也全部上交国家。因此，士兵生产积极性不高，国家往往得不偿失。
为了自己的长远统治，李来亨一再对下属官吏说“西域屯政屡丰，如伊犁等处粮贮甚为饶裕，且其地泉甘土沃，并无旱涝之虞，如令甘肃接壤居民，量其道里近便，迁移新屯居各处，则腹地资生既广，而边隅旷土愈开，实为一举两得”，要地方官吏设法开导内地穷苦农民到西域屯田安家。
为了鼓励内地农民到西域屯田落户，首先，允许北疆屯田士兵移家居住，在当地直接安家。
对安家落户的士兵，朝廷规定在四年之内“除原食钱粮外，复支给盐菜银两。……加恩赏给双份，使伊等生计有资”，进行鼓励。
先后到西域落户的屯田士兵和他们的子弟，逐渐遍布西域各地，都慢慢成为当地居民，为开发边疆作出一贡献。
其次，也是更主要的，是直接迁移内地穷苦农民到西域屯田。西北经略使周祚鼎在安西、肃州二处，“招得贫民百户，情愿携眷”到伊犁屯田。周祚鼎对这批农民，“给以车辆口粮衣服，派员照料起程”，沿途给以各种方便和照顾。
李来亨对杨应琚这一措施，特在其奏折上批“好”字，大加称赞。
对到西域屯田的农民，朝廷大多给“每户地三十亩，官给籽种、牛具”鼓励进行生产。一般五年或六年土地升科交赋，亩交粮八升至九升六合不等。
在朝廷的鼓励下，内地农民大批到西域安家落户，开垦种地，把往日一片片荒凉的原野变成了一块块肥沃的良田。
另外朝廷还允许一部分发配到西域服罪的犯人携带家眷，增加西域屯田力量。大顺对随犯人一齐到乌鲁木齐的家眷，“酌给地五亩，自行开垦，其未收获以前，官为养赡家口”，作为临时性措施进行安置。
回屯则是组织大批贫苦的东疆回部土著，前往北疆开垦荒田，组织生产。
庄屯，则是由内地的富豪、大族和大商帮直接投入资金组织生产。由于朝廷在内地对于土地兼并，往往设置了大量限制性条件，所以在内地投资土地甚为不便。
但是在西域地区，朝廷不仅没有限制富户兼并土地，反而出台大量政策吸引内地富商到北疆组织庄屯。
庄屯生产出来的粮食，也由安西大都督府和本地顺朝驻军直接收购。
这种一本万利的生意，吸引来了陕西、山西两省，甚至是一部分远在浙江的绅商，西出玉门经营牟利。
世祖朝的民族迁徙，改变了西域的整体面貌，破坏了过去西蒙古诸部对北疆地区的垄断权力，便于大顺朝廷采取分而治之的管理手段。
西域的地理位置，由东北而西南，先后与喀尔喀蒙古、甘肃、青海和西藏为邻。这些地方，除甘肃之外，均为少数民族居住区，农业比重很小。
甘肃地方，多年供应顺军，民力极其疲惫，平定准噶尔，该省人民虽除掉挽运之劳，而其本身粮食不能自给。
朝廷若从外省调拨粮食，须经河西走廊运送，路程几近上万里。那时西域地区路程，从北疆巴里坤到南疆叶尔羌就有六千里。顺朝即使财物充足，客观条件也不允许，朝廷深知西域驻军粮食必须自力更生，唯有大兴屯田。
那时的情况，可以说先种粮食后驻兵，或者说有多少粮食决定驻多少兵，所以，朝廷自然希望生产粮食愈多愈好，反对减少种地亩数。
甚至出现过伊犁驻军守将因当地粮食生产连年丰收，奏请停止由内地派往伊犁屯田士兵，结果被李来亨大加斥责。李来亨明确说：“西域地方，开垦地亩以备积谷，甚属紧要。积谷虽多，不患无用，且多垦土地自必多需兵丁，即稍有费用亦属无几。今卿等如此奏请甚属烦琐，伊从前不致如此糊涂！”
李来亨鼓励屯田多多益善，才促使天山北部屯田星罗棋布、四处开花。从东部的巴里坤到西边的伊犁，北至塔尔巴哈台，南抵库尔喀喇乌苏，从蒙古牧民到回回农民、汉族移民、遣犯、商人，都投入到垦荒的热潮中。
结果北疆的粮食生产不仅大大满足顺军设防之需，而且开始外调。西北经略使周祚鼎就因为西域粮食充裕，商贩稀少，提出在乌鲁木齐、巴里坤、哈密等地区准许商民报监捐粮，就是向朝廷交纳一定数量粮食获得监生资格。周祚鼎计划于乌鲁木齐、巴里坤、哈密三地，各收监粮十万石；济木萨、奇台、穆垒、昌吉等处，各收监粮五万石，总计为五十万石。大量粮食储备除满足军事需要外，还为移民开发西域准备了条件。