藏军不支，转以十三世的名义，通过南京政府要求青、康方面停战。1933年4月10日，在青藏交界的巴大塘和谈，青海以马训为代表，藏方以涂旦公吉、昂汪老追、索康汪涂次旦为代表，签订《青藏和约》，规定于1月内双方撤兵，青海方面所俘藏方官兵全部交归藏方。并规定双方各负保持商民之责，不得收留和袒护对方逃来的坏人。对于尕旦、青科、当头等寺院的教权也作了明确规定。至此，一场争战始告结束。
玉树之战，对于打击英帝魔爪和西藏分裂势力起了一定作用，青海方面为直，功绩应该予以肯定，也可看做马麒宣言抗英的继续，它提高了“青马”在国人心目中的地位。战后，马麟要求南京政府补充军事消耗，后由西安绥靖公署主任杨虎城拨来步枪2000支、子弹20万发、无线电台5架和军费40万元。所以，这次战争，使“青马”名利兼收。
六、被侄挤倒
南京政府为统一政令，对“青马”采取笼络态度，但扶植哪一个，马麟还是马步芳，则需视具体情况而定。1933年朱绍良任甘肃省政府主席兼绥靖公署主任。朱到任后，与马麟结为金兰之交。次年元月，朱绍良在“开发西北、建设西北”口号下，发起组织西北建设促进会，以朱绍良、马鸿逵、马麟、胡宗南等30多人为委员。同年4月，考试院院长戴传贤率水利专家王应瑜、德国陆地测量总局顾问巴尔格到西宁视察农业，对马麟、马步芳积极拉拢。4月15日戴抵西宁，15日马步芳自宁夏拒孙殿英胜利返回，戴竟亲往迎接。17日，西宁召开欢迎会，戴在讲话中声称自己来青海是回老家，认兄弟，语甚甜蜜。戴还给马麟叔侄书赠横幅及礼品，极尽抚慰之能事。同年5月9日，全国经济委员会常务委员宋子文又在西宁停留5天之久，会晤马麟叔侄，参观东关清真大寺、谒马麒之墓。并许以马氏一笔开发经费，马麟也呈送一份《青海建设计划》。同年10月，当蒋抵兰州时，召见马麟，对此计划表示赞同。上述数事，足以说明，蒋意在利用“青马”，但马麟拙于结交，马步芳巧于逢迎，遂使以后情况大有差异。
1936年春，马步芳勾结阎锡山，以烟土订购一批枪械，不意在运输途中被军政部察觉没收。何应钦、陈诚向蒋介石报告马步芳有野心，蒋决定武力解决，以除后患。并曾准备部署川军，以进攻陕甘宁边区为掩护，相机消灭马步芳。后因日本帝国主义加紧侵华步伐，民族危机深重，不得不打消此议。马步芳情知自己处境，积极钻营南京内线。适吴忠信出任新疆省政府主席，吴的小妻停留于兰州。马步芳看准机会，立即将设于兰州的青海办事处腾出，将房屋粉饰一新，接吴的小妻居住，派定专人谨慎侍候。此举大得吴之欢心，吴即极力向蒋陈述马步芳对中央如何忠诚，使蒋为之谅解，转而加以笼络。
马麟于1937年4月从麦加回国，到上海后，嘱令青海驻京办事处转电马步芳，要求汇来路费两万元。孰料此时马步芳正全力阻止马麟返回青海，在省政府纪念周上对各机关人员公开抨击马麟。不言而喻，两万元路费必定杳然无音。马麟见蒋后，返回河州，住癿藏家中，等待马步芳来邀请。马步芳非但未来邀请，反而以各厅厅长名义，来电索要10个月欠薪；继而又派财政厅长魏敷滋到癿藏，阻挡马麟去青海，明言如肯辞职，任何条件都可接受。但魏窥测马麟官意正浓，毫无退出之念，未敢深谈，返回西宁。不久，马麟到了西宁，马步芳只得忍气吞声给马麟办交代，马麟接职视事，叔侄之间的矛盾日益尖锐，此后戏剧性节目，遂一幕幕演出。开场戏是索薪。同年7月，马步芳密令各中小学教职人员100余人，到马麟住宅要求发给所欠薪资。马麟派其子马步荣接见，教职人员要求面见马麟，马步荣不允，双方争执不下，马步荣掏出步枪，击伤教员李育才，使事态扩大。马步芳事后对各校长称赞说：“你们做得好，应该。”次日魏敷滋出面调停，许诺发两个月薪资，此事暂告结束。后来，马麟派副官拉运皮毛至小北门，马步芳暗示税卡卡长强行阻拦征税，副官拒不纳税，直至吵闹打架，终被挡回。又一次，马步芳派其亲信夜间潜入马麟住宅，偷盗财物，警察不敢追究。马步芳反而说风凉话：“当个主席，连自己的家都管不住，还管什么省政府！”但这些，不过是马步芳小试牛刀，真正厉害的还在后头。
白崇禧于1937年任副参谋总长之后，准备来西宁视察。马步芳事先风闻，就大做文章，派其亲信马绍武，携黄金和猞猁、虎、豹皮等贵重物品，向白奉献，当面陈述马麟年老昏庸，不能任事；马步芳年轻有为，应该取而代之一类的话。白崇禧带着这些先入为主的偏见，于1938年2月25日，以检阅军队为名，由马鸿宾陪同来到青海。马步芳和省府其他要员到机场迎接，并令部队、机关、学校和街道民众，自省政府至乐家湾机场，列队夹道欢迎。马麟则未去接，已经失了一着。当晚，白崇禧在马步芳军队密谈，商定：改组省政府，马麟的人员一概不用；调马麟为国民政府委员；青海省党政军权统归马步芳。第二天，马麟去拜见白崇禧，想以宗教关系讨好，探问白一天做几次礼拜，不料白毫不客气地说：“我不做礼拜，你以后也不要做礼拜，以免耽误政事。”真是话不投机半句多，对白大为不满。后来马麟派马步荣牵黑马1匹，向白赠送，白说：“我从来不受任何人的礼物，我们是自己人，何必这样。”又碰了一次钉子。而马步芳派副官牵来骏马30匹，白则连说“很好、很好”照收不误，并给副官赏白洋200元。白于第4天飞返南京。3月2日，蒋介石来电云：“青海省政府主席马麟，秘书长冯国瑞，委员兼厅长魏敷滋、姚钧、马步荣、杨希尧，委员马步青等，着免去本兼各职。任命马步芳为青海省政府委员兼主席，任命委员陈显荣兼秘书长，罗经猷兼民政厅长，马丕烈兼财政厅长，马骥兼建设厅长，马绍武兼教育厅长。”马步芳把这个电报，加印后张贴通衢。并于当天派马骥向各厅收缴印信，宣布各厅配备人员。马麟此时已束手无策，只好办理移交手续，带秘书王启奎、副官王登云返回癿藏，结束了他在青海的统治。
七、乡里称霸
百足之虫，死而不僵。马麟失势于青海，却回到河州称霸称王，纵情享乐。马麟由于一生大事聚敛，最为富有，民国17年，他在癿藏即存有12窑白银。此后多年，当更大有增益。有财有势，故得为所欲为。举其著者，有以下数事。
1．大兴土木
早在1933年，马麟就在癿藏动工修建花园，以二三百人，修建5年之久。此次归来，尚不满足，又以低价强购附近大量良田，鸠工庀材，修建成周围5华里的“凤林园”。其中建筑，有新、旧式的平房、楼房，有假石山、映月池，有温室、花亭。还有客房院、厨房院、库房院、车马院，有果园、菜园、动物园。住室和客房陈设有名贵瓷器、玉器、银器和古董，有从云南购回的大理石床和桌椅，从上海购回的檀木家具，从海外购回的象牙摆设。花园里的百草花卉，水池中的金鱼，动物园中的虎豹，更是应有尽有。当时人们估计总造价在1000万元以上。花园建成后，甘、青两省一些官僚、地主、士绅和回、藏民族上层人物，纷纷前来献礼祝贺。其中安西县长所送陨石，最为马麟赏识。
除了“凤林园”，马麟在临夏地区还有房屋5处，共计54院，房屋1500多间，有两条街道的铺面2880间，还有水磨14盘，油坊3座，油厂2处。
2．残酷剥削
马海晏家族原无多少土地。自其效忠清室后，逐渐购置一些土地。马麒兄弟统治青海后，始大量购置。马麟退居之后，更大肆掠夺。最后，马麟拥有耕地22100余亩，森林3000多亩，还有两个牧场，拥有牲畜1300多头。这些土地的得来，全是依赖蛮横卑劣的手段。一是造假契。如购买大寺滩土地时，将原契的南界3里偷改为30里，购买金场寺土地时，将南北地界相距5里改为20里。二是敲诈。马麟看中金场寺的土地，即与该寺活佛结为兄弟，送礼结好，该活佛忘乎所以，即将寺里土地先卖给90多亩，后又赠送450多亩。对大寺滩的土地，先利诱有关人员做主签写卖契，后又逼寺主就范。三是借端诱购。马麟发现吹麻滩后沟村有一块书有“借地藏身”字样的石碑，即唆使汉民告状，向在该地耕种的回民索要土地。使一些回民气愤，认为“与其白白退给汉民，还不如卖给主席”。于是马麟乘机廉价将这块土地收归己有。四是强换肥地。马麟在小关低价收置一些荒地，强令癿藏一些农民将癿藏的肥地兑换给他。又富裕中农马五十四的50多亩水川地与马麟的土地相连，马垂涎已久，遂令其“黑马队”20多人住在马五十四家骚扰，马五十四求情无效，最后只好忍气吞声，全家搬至小关荒滩，将这块好地换给马麟。
马麟用巧取豪夺得来的土地，以出租和雇工耕种的方式，重利盘剥劳动人民。癿藏及其周围的居民，70％～80％都是马麟的佃户。每亩耕地每年交粮食8升至2斗（折合64斤至160斤。而当时平均亩产仅350斤）。马麟每年地租收粮达100多万斤。佃户除了交实物地租，每年需给马麟作砍柴、修建、农活等劳役20至30个工日，个别达到40个工日。马麟雇用长工80多人，他们除了繁重的农田劳动，还要兼饲养牲畜、赶车、经营花园、打杂活等劳动。而待遇十分菲薄，每年只有工资白洋20～25元，扣除1件羊皮袄、1双络蹄（土制牛皮鞋）和单衣、棉裤价款，实际至多只得七八元。
3．把持教权
马麟自1926年以后，即在临夏地区推行伊斯兰教的新教，和马步青、马步芳一起，力图实现政教合一，扩大和巩固其家族统治势力。马麟居住癿藏后，其势力包括癿藏的一个中心海乙寺、其他地区的76个一般海乙寺和80多个小寺。中心海乙寺的阿訇，由马麟直接派放，其余寺院的阿訇，由所在地学董、乡老等先和中心海乙寺阿訇商量，提出名单，再由马麟核定派放。马麟的这些做法，加重了教派之间的纷争，使纠纷层出不穷，愈演愈烈，给回族人民和当地各族人民带来许多灾祸。
4．称霸一方
马麟在临夏地区，不仅直接掌握教权，而且把持政权。其势力所及地区，有韩家集、达子沟、临潭、癿藏、小关、钟嘴岭、居集、前坪、果干、折子沟、胡树加、主麻滩、张家川和大河家等地（后来，大河家又成为马全钦的势力范围）。这些地区的政治、经济、文化，悉听命于马麟。他随意改变行政区划和地方名称，随意裁撤或委派保长、乡长和区长。包揽民间的民事和刑事诉讼，即使地方法院判处了的案件，如果马麟不同意，原判决就得宣告无效。所以人们打官司就得找“马主席”，马麟则交给他的管家、副官、师爷去处理。马麟手下，还有所谓“十个大人”、“五大兄弟”为爪牙，给马麟办理民事诉讼、催粮要款、修建房屋、强购土地、办理交往应酬等。县长和专员必须对他俯首听命。临夏地区各县的前后县长，每年必须向马麟送礼纳贿，特别是新到任之际，必送重礼，否则有祸患临头。1943年，李学模被委为临夏专员，经向马麟通款曲，由马点头担保后，才敢前来上任。
1945年1月26日，马麟病卒于癿藏，终年七十有一。死后，遵照伊斯兰教教规举行葬礼，未发讣告，也无行状、传略行世。据马步芳之表弟马英（曾任西宁警察局督察长，1983年病故）谈：马麟“口唤（死）后，马步芳自西宁到临夏来参加葬礼，行至甘青交界的大力加牙壑，被马麟家人阻止说：亡人临终指名说，他死后不要你进门，你最好不要去”。马步芳只好悻然而返。马麟至死记恨前仇，叔侄结怨可谓深矣。
马麟长子马步荣，生于1912年，幼读私塾，又在西宁上学，1927年在宁海军任银褐马队营长，曾随马步芳到宁夏与孙殿英作战。后为骑五军副军长，但未到职。随马麟回到癿藏。马麟死后，与其弟分家，住在居集。1949年8月，兰州解放后，他逃往积石山一个偏僻山村，解放军到居集后，应召回家。此后，他接受教育改造，思想有所进步。1949年冬，居集一带的叛匪包围他的住宅，要他带头拿出枪支弹药，他断然拒绝：“人民政府的后头我站哩，几个土匪的后头我不跟。”1953年，在抗美援朝中，他捐献银元1万元。以后，皖北救灾中，又捐献银元500元。“土改”后，政府安排他携眷迁居临夏市区，给以生活保障，并被推举为临夏回族自治州政协委员。
马麟次子马步援，生于1916年。与其兄同在西宁上学。1931年与马璘（玉清）之女结婚，久居癿藏。1936年随马麟出国朝觐。后任骑一师师长、骑五军副官长，后因与骑五军军长马呈祥不睦，1937年离职回乡。1938年夏赴重庆国民党军事高教班受训，1945年回家。1949年8月初临夏解放前夕，逃亡国外，如今下落不明。