“青马”军队注意教育训练，注重战斗力之提高。宁海军时，由参谋张昌荣任教练，已如前述。之后，马步芳驻扎化隆时，为使部队成为新的劲旅，派邵士琦、刘呈德、汪澂川、马寿昌、马静波等20人赴兰州，在刘郁芬主办的军官训练团中受训，回来后向部队灌输国民军的军事教育，所有军装及制式，均模仿国民军，尤注意于劈刀、刺枪和马术训练。1927年在化隆成立教导连，由兰州受训者负责，一年之间，即将连、排干部轮训完毕，成为宁海军的基干。1930年，马步芳又在西宁成立青海军官训练班，共办3期，每期半年，轮训学员550人。次年复将此训练班扩充为青海军事政治学校，分期调训连、排长以上军官。1935年又成立青海省保安处军官教育团，轮训全省保安团队各级军官。1932年至1936年之间，还先后举办过无线电训练班，电话训练班，后又扩充为电务学校，专为特种业务训练技术人员。1938年成立骑五军、八十二军军官训练团，所有两军军官均分批入团受训。该团干部，由军官学校出身的青海籍人金耀星、赵遂、马象乾、辛子章、郭全梁、赵焕然、陈显达等担任，马继援曾任大队长，马步芳每天亲自督练。1947年马继援赴陇东后，又改组为教导总队，由马振武任教育长，专主其事。“青马”在注重训练军官的同时，还抓紧一切时机补充军事装备。早在1919年，马麒即派人从北京购回杂牌枪1300余支、轻机枪8挺。1921年由参谋魏敷滋从北京购回马枪、步枪1200余支。自1930年起，更大量购买武器。1933年以后，更不断以烟土换买枪械。韩起功常由甘州一带，经内蒙到天津兑换枪支。设于京、沪、陕、甘的办事处，历年均担负以重价购买枪支的任务。几次作战中所获武器及南京政府补充的枪械，也占重要部分。1946年，蒋介石给予1个师的美式装备。历年所需军装，大都由义源工厂备制。在一个时期，每两年发给士兵棉、单衣各1套，鞋袜之属则令士兵自行编制。除膳食供应外，士兵每月给津贴银1～2元。蒋介石为控制马步芳军力的自行发展，相当长时期不拨军饷，马步芳则转向青海、河西各族人民公开搜刮，无所忌惮。后期，蒋介石为了利用马家“”，曾拨给军饷，马步芳却从中克扣，转而成为扩展军需用品资金的一个来源。
马步芳的部队由于注重训练、装备，加上奴化和宗教教育，不少官兵慑于马家淫威，为向上爬，有些在战场上确有拼命效死、奋不顾身的表现，故有一定的战斗力，成为马步芳最可靠的资本。
二、封建统治
马步芳以其一套官僚政治机构，来施行封建统治。由于封建统治越来越严密，官僚政治机构即不断随之扩大和发展。青海省政府所属各单位，在1929年总人数不过400人，到1939年，人数达到1500人左右，1946年以后，人数则急剧上升为2900多人。如果将专区、市、县的人员计算在内，则已达1万多人，这些机构中的主要人员，当然是同族、同教、同地域，特别是其家族和亲属以及“二化”地方的回族。此外还充分利用宗教为其统治服务。马麒、马麟以西宁东关清真大寺，作为号召和笼络回族、撒拉族的中心基地。已如前述，马步芳继承和发展了这一手段。在各县清真寺中安排新新教阿訇领导，以提高新新教的社会地位。又在军队中着重选拔信仰新新教者为军官，从宗教信仰之一致，达到政治行动的一致。另外，对于藏族、蒙族，也利用其宗教力量为其统治服务。
青海的军令、政令都是定于一人，由马步芳说了算，这个高高在上的神圣权利，别人不得稍有侵犯。即使是国民党中央的政令，不经他同意，也无法推行。而他的意志又是通过省政府秘书长来传达的。所以秘书长人选特别重要，既不能是草包，又必须是忠实于马、善于体会马的意图者。马麒时代的黎丹，马麟时代的冯国瑞，马步芳时代的陈显荣、马骥、高文远，就是这样角色，被马家倚为左右手。全省厅、局长，专员、县长，都看秘书长的风头行事，不敢稍有逾越。但当时一些重大事情，如征兵、征粮、征税等，多是中央法规条例，为了粉饰门面，须从中找些根据来辩护马之意志的合法性，其秘书长及其他幕僚真是煞费苦心。但各部门首脑已有经验，即凡接到盖有马步芳私章的公文，或秘书长电话通知的事项，必须立即遵办；至于一般“等因奉此”的公文，则等闲视之，甚至置之不理。所以官场中常说：“电话信件即办，油印公文不管。”
事权集于一身的独裁政治，形成无官不贪，无吏不污。这主要是“上有好者，下必有甚焉”。马步芳家族除了通过官僚机构征收粮款，还要各级官僚进奉额外财物。如不贿赂，即不得职位，进奉越多，升迁越快。进奉中意，即成优等，虽被揭发劣绩，也可不受惩罚。因此，对上公开行贿，对下横征暴敛，无所顾忌，后来竟视为合法行为。官员上任送礼，逢年过节送礼，卸任也要送礼，否则便有被查办的危险。共和县长吴锡琪、邓伯康，大通县长刘耀南等，都是卸任后被马步芳勒索贿款而致死的。由于官吏贪污视为当然，白手可以发家，所以不少上层人物都钻营做官。而掌权的首脑，为得贿赂，加以求得自身力量的壮大，也乐得收容，引为心腹。但因官额有限，只得以增设“额外”、“后补”、“随从”等名目，予以安插，其结果使官僚机构中人满为患。社会上流行“副官多如狗，县长满街走”的讥言。在官位者，其亲属随之成为“老太爷”或“二大人”、“三大人”；而被罢黜的官吏，其特权仍在，一变而为鱼肉乡里的士绅。如此众多的特权阶层，使青海老百姓苦不堪言。
官僚机构中的派系倾轧也很严重。主要是元老派和少壮派之争。两派之间明争暗斗，尔虞我诈，乌烟瘴气。开始，黎丹及后继冯国端任秘书长时，系派尚不明显。马步芳任省政府主席后，任用陈显荣为省政府委员兼秘书长，但陈之权力过分集中，尤其1942年蒋介石到青海时，陈曾与蒋独谈，深为马步芳所忌，于是，元老派马骥、马绍武，少壮派冶成荣等联合倒陈，后终于将陈挤下台，由马骥任秘书长。此后，韩起功、马禄、马继融均属于马骥之元老派，而实际操纵者则为马绍武。他们把持省、县党政机构，办事保守，着眼于现状，很少考虑接班人马继援的未来。少壮派以冶成荣为首，还有高文远、马振武等人，实际操纵者是马继援。他们的权力集中于省、县财经部门和军事机构中，后又以昆仑中学校友会为基础，以所属部队军官为骨干，继续发展。他们主张激进，对中央的命令，先衡量对马步芳家族有无利益，对不利或利少一概置之不理。对外籍人员采取压制手段。对元老派则往往正面冲突，无所顾忌。当时官僚机构中的成员，一般均依附于这两个派系中的一方，部分人员摇摆于两派之间，则地位既无保障，生活待遇也没一定标准。同是省级机关职员，有的不得温饱，枵腹从公；有的收入丰盛，生活优裕。此中奥妙，外人难得而知。
两派的斗争牵制面很广。元老派操纵者马绍武，原是马步芳培植起来的人物，后来送他到南京中央政治学校学习时，为陈立夫所拉拢，成为CC系在青海的首要分子，奔走于西宁、南京之间，在两者之间买空卖空，捞取政治资本，并插手于国民党青海省党部，引起马步芳的嫉忌，马即指使少壮派冶成荣与马绍武对立。后来，马步芳又借口整理历年档案，以元老派马骥专主其事，省政府秘书长由少壮派高文远代理。少壮派得势，元老派也不甘示弱，两派各逞其能，不断掀起内讧。至马步芳任西北军政长官后，既想为马继援继任青海省政府主席开辟道路，又将省政府改组，省政府委员由马步芳、马继援、马骥、马绍武、马骏、马继融、刘呈德、冶成荣和陈秉渊9人充任。民、财、建、教四厅厅长，由元老派、少壮派平分秋色，秘书长由高文远担任。少壮派有了优势。
封建统治就是封建割据，其特点之一就是排外；在统治范围之内则严密封锁，封疆自固，唯我独尊。所以，严防省外人士入青活动，是马步芳的一贯政策。他在全省边境各要道，都以征税为名，遍设关卡，严密盘查入境人士。举其大者，有由玉树到西康的邓柯，金沙江西岸的巴塘税卡；到石渠必经金沙江以东的歇武税卡；由玉树到西藏必经的查武拉税卡、当拉税卡；北通河西走廊的祁连俄博税卡、野牛沟税卡、当金山税卡；由门源通往甘肃的皇城滩税卡；由互助通往甘肃天祝的税卡；由循化通往甘肃临夏的大力加山麓龙合堡税卡；民和的享堂镇关卡等。其中享堂关卡号称青海东部门户，是由兰州入青海必经的峡口，所以将此划为禁地，经常派重兵驻守，对来往商民，一律严加盘问，而且翻箱倒笼地搜查，不准进步书刊带入青海。对认为有嫌疑者，派人跟踪追迹。对省外军政人员入境的，也及时向省政府秘书长电话报告，以资应付。
马步芳对国民党中央以及各机构派到青海的工作人员，有的给以虚名；有的安排条件优越的住室，发给薪金，闲置不用；有的暗施陷阱，派人借故寻衅侵凌殴辱，挤其出走；有的利用其弱点，迫使就范，令亲信取而代之。所以，许多外来官员，除非对其俯首帖耳甘作奴才，则都站不住脚。如国民党中央历次派往青海任特派员的李天民、燕化棠、李洽，任执行委员或书记长的丘咸、许少顿、王逸民、薛文波，任三青团干事长的王文俊等人，都先后被排斥出走。国民党中央设在青海的机构，如财政部的直接税务局，西北盐场公署，田粮处，资源委员会的青海金矿，交通部的甘肃公路西宁站，军政部的青海团管区、军马场，青海省高等法院，省政府会计处，以及中央、中国、交通、农民四个银行，这些机构中的工作人员，多受到侦查人员的暗中监视，言行稍有不慎，即被寻衅，遭受殴辱或驱逐。除了四个银行，其他各机构的主管人员多被逐步更换，安排成马的亲信。
对于国民党中央军进入青海，或染指于马家部队的事，马步芳更是敏感异常，多方防范。1935年红军北上时，蒋介石以青海防御力量薄弱，为阻击红军，拟调胡宗南的杨德亮团自天水一带进入青海增援。马步芳闻讯，急忙以“青海防务巩固”为词，婉言谢绝。从此以后，国民党中央军始终没有一兵一卒进驻过青海。1939年，国民党中央组织部通令全国各省成立省保安团队特别党部，指派马步芳兼青海省特派员，并派哈世昌（回族、复兴社分子）来任书记长。哈到西宁后，马步芳搁置不用，后来哈拜马步芳为干爹，才勉强到任，但抓不到实权。嗣后，国民党中央组织部又派来一个干事，名叫方琦，马也只给发薪，不安排具体工作，闲住半年后，只好走路。白崇禧对马步芳任省主席，曾出过力，前已述及。马步芳除了送厚礼，并请白推荐得力人员协助青海整顿军队，以表示亲近。白信以为真，慷慨答应，派安舜及其外甥海某等40人到青海，推荐安舜为第四十集团军参谋长。马步芳对安、海等人，开始尚热情接待，但不分配具体工作，以致这些人无事可干，长期赋闲。后来，马又以调动工作为词，派八十二军人事科长巨生元，将他们中的一些人送往驻张掖的一百师韩起功部。他们见事不谐，先后离青而去。
马步芳对于青海人民，采取思想统治和武力镇压两手。他重视对舆论工具的控制，省回教教育会办有刊物《教育通讯》，还有个《昆仑报》，是专为他吹喇叭的。1931年，国民党在西宁出版《青海民国日报》，其中有时对马步芳家族有所抨击。尔后，马步芳即调换了该报负责人，以自己的亲信穆建业、马海佐、田生兰等人代替，逐渐统一了青海的舆论。1936年，西北“剿匪”总司令部成立西宁新闻检查所，对新闻、刊物进行检查。张学良派任镇亚为主任，马步芳派陈显荣为副主任，后又相继派刘天鸣、赵文焕、陈秉渊等人继任。1937年2月，成立青海省邮电检查所，后依中央通令，改“所”为“处”，并在玉树和乐都设分处，对于邮电检查，颁有严格的命令。从1939年起，在西宁市和各机关加强了舆论的控制，各饭馆大书“各照衣冠、莫谈军事”的字样。在各机关布置特务，暗中监视言论行动，秘密汇报；人员的升降，这种秘密汇报如何，起着决定性作用。省会警察局是执行这种特务任务的一个机构。一般市民无言论、集会、结社的自由。舆论的基调，一是“”，一是颂马。马步芳于1931年在西宁北门外香水园修建马公祠，以纪念马麒。各地相继效尤，未及10年，马公祠遍及各农业县，其中有新建的，也有以庙宇改建的。其中供奉马麒大幅军装像，每年在其诞辰和忌日举行公祭。马步芳任省政府主席后，西宁和各县又出现了许多公园。西宁西门外有个麒麟公园，用以纪念马麒、马麟。所有公园内，都专设纪念马麒、马步芳的纪念堂和其他纪念标志，如阁公馆、子香亭、步芳路等，将大通县牦牛山改名为香山。每逢马步芳升官或马继援结婚等马家重大事件，均发动各族各界制送纪念册。有些吹捧颇为肉麻，如“党政军三位一体，父子孙异世同功”。马步芳对于防范最严，一涉嫌疑，即下毒手，毫不留情。对于外地消息也严加封锁，能在西宁公开发行的报纸，除了他自办的，只有南京《中央日报》、天津《大公报》、兰州《和平日报》、西安的《西京日报》等几种。青海成了马家封闭型的独立王国。
马步芳对人残害的刑法，极其狠毒。一是捆吊毒打。捆吊又分悬梁、绑柱和绳扎。毒打也有皮鞭、军棍、柳条打和砸骨拐、上老虎凳、上脑箍、打背花、拔断筋等多种。其中还有“凤凰展翅”、“柳树盘根”等酷刑。又有用热酒、沸醋、辣子水灌入鼻腔，倒悬人身、头坠巨石，竹签刺指甲等。至于罚跪、罚立正、打耳光、打手心等轻微体罚已属司空见惯。二是监禁和驱逐。监禁分无期和有期。无期的终身监禁，往往瘐死牢中。三是死刑。有枪毙、刀杀、活埋、烧死、打死、毒死、勒死等多种。集体屠杀时，多用活埋、刀杀、枪决。单个或少数多用活活打死、烧死、枪决、勒死、毒死。马步芳生性残暴，审讯时，有时甚至亲自以口咬人、咬耳朵，断案不、不讲情理，单凭个人意气定案。平时眉一皱，头一摆，即是杀人信号，部下谓之“天阴”。平时动辄以杀人表示“豪气”，所以冤狱遍于青海。其对红军、对少数民族的军事镇压和屠杀，后将专章论及，此处仅举一些小例，以见其凶恶之一斑。
1923年，化隆二堂马克勒目与贡哇滩争夺东山放牧地方，马步芳勒令马克勒目应分二分，贡哇滩应分八分。马克勒目当场提出不同意见。事后，马步芳即派人将马克勒目用皮鞭活活抽死。
马步芳部属骑兵团团长马福寿，系门宦中的首脑，人称“穆夫提”。马步芳以其与己系不同的教派，即于1929年11月，指使马训以请吃饭为名，诱马福寿于化隆小教场团部关押，不久即枪决。