马廷贤派马忠团南下武都，马忠将其县长刘馨撵走，又打退了川匪白云。1931年冬出兵进攻文县，这时窜扰文县的白云已被川西汉军统领杨抚权逐出，以其两个营驻防。马忠部到达，凭借北山攻城，旦夕可下。杨抚权从碧口镇星夜率部赶到，内外夹击，马忠部略有死伤退回。而杨抚权又向武都进攻，以武都前县长刘馨为前锋，刘被马忠俘获后枪杀。杨抚权率部继进，马忠不能支，逃回天水，武都遂为杨抚权所有。后杨又怂恿川军邓锡侯进击马廷贤，邓即以救灾恤邻名义，电报蒋介石，随即从所部抽编4个支队，以牛锡光、刘莅冰、邓国章、刘曜奎为各路司令，以其智囊黄隐为总司令，浩浩荡荡，杀向甘肃。马廷贤所部迎战，成县一战惨败，其悍将黄进禄阵亡，使马廷贤闻风丧胆，六神无主。同时，由于他残暴滥杀，树敌过多，各县地方武装都与他对立，此时更乘机加紧予以打击，使马廷贤防不胜防。史鼎新在礼县一带领导扇子会部署向马廷贤进攻，且与川军联合，遂使川军**，迅速进抵天水近郊。马廷贤即于12月初9日夜间，弃天水而走，部队纷然瓦解。次日，川军进驻天水。后陕军奉蒋介石之命入甘，与川军交战。旋川军以成都方面有防区之争，全部撤回。天水由陕军接防。马廷贤部马背哥一股原潜伏北山，趁川、陕军换防之际，突出扑攻东门，被陕军马青苑师包围，全部投降。此后，马廷贤再无统率力量，其部属分投于青海、宁夏，或各归田野，无形消灭。马廷贤则带几个亲信，隐匿于平、津。一个盘踞一方的霸主，杀人不眨眼的魔王，就此收场。
十二、二进新疆
马仲英留新疆的马世明部，与维吾尔族首领和加尼牙孜、尧乐博斯等密切配合，力量不断壮大，于1932年协助维吾尔族人麻木提攻占了鄯善，继又攻占吐鲁番、焉耆，省方行政长朱时、旅长詹世奎及焉耆县长等均在与马部作战中死亡。1933年3月，马仲英派马忠善骑兵营入新疆，协助维族部队进攻哈密，战争失利，马忠善阵亡。继又派马尕东营驰援，该营在哈密东山与省军第一路总指挥刘杰三交战，刘部败退，刘本人阵亡，新疆震动，省政府给南京政府发电，大意是：“马仲英以中央新编第三十六师名义大肆号召，中央有无明令？如有命令，请示方针；若无命令，马仲英擅自行动，扰乱边疆，请将三十六师番号明令撤销；不请添械增饷，新疆自有办法。”但南京政府置之不理，无只字答复。同年4月12日，新疆陈中、陶明樾、李笑天等发动政变，主席金树仁携眷逃走，众推刘文龙为省政府主席，盛世才为边防督办，而大权实操于盛手，各地形成分裂局面。马世明将此情况报告马仲英，马仲英认为正是时机，遂于5月初率全师再次出关西进。沿途以三十六师名义，张贴维、汉两文布告，指斥新疆政治，受到维吾尔族人民的欢迎。东疆剿匪司令黎海如，闻马仲英将来，率所部及大多数汉民放弃哈密，退守古城子。马仲英兵不血刃，进驻哈密，又得一韩履忠（人称韩歪脖）襄助军机。
马仲英派马仲杰率其步兵旅攻取古城子。古城子有司令黎海如、指挥李荣华和城防司令张治贤，所储武器弹药甚为充足，但以马仲英威名先声夺人，省军士气受挫。马仲杰率部猛攻，战况激烈，马仲杰阵亡，士卒继续冒弹雨爬城而入，省军全部缴械，李荣华、黎海如、张治贤被俘。马部缴获大炮9门、机枪50余挺、步枪8000余支，诚然是一大胜利。但以勇将马仲杰阵亡，损失亦甚大。马仲英悲愤异常，即将俘虏之归化军20余名全部处死。
古城子大战正酣之际，省城正忙于夺权。盛世才迟迟于5月29日率省军4000人、归化军2000人到达孚远以西的三台，不数日，即报古城子失守，只得撤回省城。此时，省城政界及群众团体希望和谈，遂派吴霭辰等5人为代表到古城子谈判，马仲英会晤后，派杨清波为其代表。省方提出条件是：任马仲英为南疆总司令；其部队编入正规的省防军，由省方给以军饷补给；南疆各县县长仍由省方任命。但马仲英的目标，是掌握全省军权，只让盛世才管行政。双方条件距离甚远，和谈无结果，又诉诸武力。
1933年6月11日，马仲英率部5000多人西进至滋泥泉（阜康之东，西距迪化200余里），次日，与盛世才所率不满2000人交战，盛处于劣势，激战数小时后，有东北救（自东北经苏境进入新疆者）2000人赶来增援盛世才，此仗旗鼓相当，胜负未卜，不料气候突变，雨雪交加，天气奇冷，马部皆着单衣，士兵受冻，手不能握枪。省军备有皮衣，且对气候较为适应，雨雪中仍运动自如。于是优劣之势顿然转化，盛部乘时冲击，马部败退，马仲英率残存骑兵飞速东行，路过孚远，慌忙吃过一顿饭之后，越过天山，到吐鲁番休整。盛世才尾追至古城子，将前城防司令张治贤以失城之罪枪决之后，即匆匆率部返回省城。
马仲英在吐鲁番整顿队伍，并与驻在乌鲁木齐南山一带的马世明联系，图谋再举。同时派出张雅韶等3人为和平代表赴省，省主席刘文龙派吴兆熊、蓝延寿等接洽。省方提出三十六师退至哈密、镇西一带驻扎，双方意见无大分歧。马仲英继派姚治平、黄文中随省方代表晋省，表示接受和平条件，并请省方供给粮饷。省方二次又提出条件：会合剿匪，马部担负护路，粮饷酌量供给。盛世才还拟给马仲英以东路警备司令名义，令三十六师驻哈密、镇西、鄯善3个县。但这些并非省方本意，自滋泥泉之役后，盛世才已取得战争主动权，遂置谈判于不顾，纠集其部属及归化军、东北救等，径向马仲英部发动进攻，二次谈判于是告吹。时驻达坂的马仲英部没指头团长探得盛部已抵盐湖，便从平川转移山地，依山布防，马仲英率步兵一旅及马彦良骑兵团前来增援。8月15日，一场激战，东北救在仰攻中伤亡惨重退却，牵动盛军纷纷撤退。马军追击，盛军纷纷弃械奔逃，有的成了俘虏，盛世才仅带一勤务兵脱身。损失人员三分之二以上，丢失轻重机枪数十挺、步枪300余支。东北救3个连又被解除了武装。
马仲英为了打通国际路线，在滋泥泉战斗前，派马世熊（黑鹰）团长率部去塔城与苏联领事馆取得联系。马世熊在去塔城途中，收编了一些维吾尔族人及金矿上的工人（多为西宁、临夏一带的人），并会合阿山来的1000余人合攻塔城。塔城行政长陈继善一面防守，一面报省求援。盛世才电令绥来等县驻军驰援，形成对马世熊的内外夹攻。由于盛部武器精良，马屡战屡败，所带矿工又系乌合之众，抵挡不住，向山中逃窜，省军尾追不舍，最后马世熊阵亡，部众逃散，仅个别逃回吐鲁番。马仲英联苏之举未果，转而又与张培元合作。张培元是青海贵德人，出身甘肃军事教导团，民国初年到新疆，自认为老前辈，南京政府为使新疆各地小军阀互相牵制，以便分而治之，任张培元为新疆省政府委员兼新编第八师师长、伊犁屯垦使。张对资历较浅的盛世才反居己上，愤愤不平，故与马仲英双方一拍即合，约定共同推翻盛世才，平分南北疆，首先联合进攻省城。此时，马仲英掌握北疆大部地区，南疆喀什也有一部分势力。张培元在结成联盟后，即占领乌苏、绥来两地。盛世才实际只有迪化、塔城、呼图壁、昌吉、乾德、阜康、孚远等几个县城。达坂之役后，就兵力而言，盛不过6000人左右（本部2000余人、东北军3000余人、归化军不到1000人）。马仲英已扩至万余人，张培元也有8000多人。
1934年1月12日，马仲英亲率步兵两旅、骑兵两团及师直属队共3000余人出发，在芨芨槽击败省军，跟踪追击，包围了迪化城。与此同时，张培元派杨正中为前敌总指挥，率其第八师配合马仲英攻打迪化。13日、14日两日战况激烈，先后攻陷一些外围据点。盛军坚守省城，双方相持一个半月之久，城中粮尽，杀马为食，困难至极，盛世才转向苏联求援，于是，红军进入新疆：
一月中旬红军从巴克图卡开进来，在边界上换上了我们运去的军服，从塔城外围南下。盛政府对外宣布，这些红军是“阿尔泰军”，意思是从阿山区调来的归化军；同时还委任没有任何实权的赵得寿为“阿尔泰军”总指挥，随军南下。红军是在夜间开进来的。据苏方联络人员说是一团人……据我方联络人员说，大约有一两千人，其中一部分是骑兵，其余都是乘卡车的步兵。
——包尔汉《新疆五十年》
这支拥有现代化装备，且有飞机助战的“阿尔泰军”，首先攻击张培元的第八师，张师抵挡不住，溃退至铁板沟码扎地方，张培元路尽途穷，自戕而亡。2月初，“阿尔泰军”到达迪化以西的头屯河，首次向马仲英部攻击，吃了败仗，死亡人数不少；后来凭借重武器和装甲车突破马部防线，到达省城。时有飞机低空盘旋助战，马仲英部队开始满不介意，但飞机连续投掷炸弹，被炸死炸伤很多。马部尽管英勇，但血肉之躯毕竟难抵空投的钢铁，前敌指挥马虎山受伤，2月11日，马仲英趁黑夜撤销包围，3月1日，退到达坂城。曾向南京政府发电，指控盛世才借外兵打内战，请求给盛以严厉制裁，并表示将不惜一切，为“保卫国土”而力战到底。此时，盛部、归化军和“阿尔泰军”8000余众，跟踪追穷。3月初，双方又在达坂交战，马部凭山固守，使进攻的盛部遭到很大损失。但马仲英仍处劣势，不得不谋求退路。时和加尼牙孜已就任盛世才的南疆剿匪总司令，在哈密、鄯善一带威胁马仲英后路，东边无路可走，只好走南疆，以喀什为根据地图谋再举。于是，马仲英部与杨正中所率第八师余部边战边退，由托克逊而焉耆，由库尔勒而库车。5月间双方又在巴楚最后一次决战，马仲英败退，争夺全疆军权之打算，遂告破灭。
十三、南疆告终
南疆地区多年处于混乱状态，一些泛土耳其主义者纷纷据地称王。1932年冬，马世明自称三十六师前敌剿匪总司令，率领收编的部队占领焉耆，次年1月攻占库车，2月攻占阿克苏。时金树仁之四弟金树智率一个师驻喀什，闻报束手无策，自杀了事。马世明派马占仓继续南下，攻占伽师。喀什行政长马绍武组织居民防守，5月间，马占仓攻入喀什汉城（今疏勒）。此时啸聚喀什地区的还有铁木耳、乌斯曼，以及来自和田等方面的泛土耳其主义者，企图消灭马占仓，组织独立国。同年秋，和加尼牙孜率众1万多人占领阿克苏。1933年11月12日，在英帝国主义支持下，沙比提大毛拉建立所谓“东土耳其斯坦伊斯兰共和国”，自任国务总理，推和加尼牙孜为总统，建立宗教法庭，加紧对人民的压榨。马仲英率部到来，与这个政权的部队约3000人在阿图什地方开战。马军勇猛冲杀，对方不支溃逃，和加尼牙孜一度被包围，后逃入山区，转道赴迪化，当了盛世才的省政府副主席（未得南京政府任命），“东土耳其斯坦伊斯兰共和国”即告破灭。
马仲英进驻喀什。时随第八师同来的伊犁屯垦使署参谋长徐文舫及处长韩熊、鲁任等3人谋与马仲英分裂，被马处决，马遂与杨正中团结合作。嗣后，又派马如龙率部到和田，消灭了为英帝国主义支持的曼素耳“回教国”，粉碎了他分裂国土的阴谋。马仲英两次粉碎了分裂分子的罪恶活动，是对祖国的一个贡献。
之后，进行整编，撤销第八师番号，任杨正中为三十六师副师长，马虎山仍为前敌总指挥，原第九师及屯垦师的军官分配到三十六师各处。部队整编为9个骑兵旅。各旅旅长是：一旅马彦良、二旅马如龙、三旅鲜福海、四旅马福元、五旅马生贵、六旅（汉人，名不详）、七旅马有才、八旅（维吾尔族、名不详）、九旅马世杰。另有直属4个营。旅下为团、连，无营的编制。每旅1300人左右，总兵力15000余人。武器则较为充裕。
马仲英在喀什，经苏联领事等人调停，与盛世才妥协，马驻南疆8个县，共同维持和平。斯时，英国领事多次拉拢马仲英亲英，他本人及张雅韶、吴应祺、蔡雪村等均不同意，仍主投苏，并拟去苏联学习。由苏领事馆办理入境手续，1934年7月10日，马仲英告别部属，带蔡雪村、吴应祺等280余人，经依尔克斯塘边卡（今喀什境内）出国。抵苏境后解除随身所带武器，到安集延乘火车赴莫斯科。苏联政府派一边防司令接待，安置于首都郊区居住，后随从人员被分配于陆、空军学校学习。苏联政府派梅斯诺夫为马仲英的顾问，另派4名教官为其授课。当时，苏联人皆对他称以“哥尼拉”（将军）。之后，三十六师几次去人向马仲英汇报部队情况。半年后，马生贵旅长归来时，同来苏联防疫队人（实是政治工作人员），还携回马仲英对部队讲话的录音片。兹录其讲话要点如下：
现在我的事情复杂，责任重大，不宜同大家见面，所以只在录音片上同大家讲几句话。
现在我把西北民众的先锋队、三十六师的健儿引导在光明的大道上前进，不久的将来，三十六师的官兵及你们桑梓地方的父老人民，一定会摆脱旧社会的束缚、旧势力的压迫，得到人类幸福的生活。……我过去是否走了反革命的路线，是没有的。
同志们，你们大家注意，你们不要抹煞我们抗日的通电。……豺狼般的日本帝国主义肆无忌惮地侵占我国领土……南北已到了危急关头，我们要准备抵抗大计，消极会当亡国奴。
这个讲话要点，和他在酒泉时关于抗日主张的讲话，相互印证，可以洞见马仲英的爱国思想。
马仲英去苏联时，由马虎山代理师长。1935年夏马生贵从苏联回新时，曾带回马仲英令马虎山去苏学习的命令，但马虎山不去，另派马彦良、喇守礼、马世杰和杨福兴等旅团长19人前去。据马彦良回忆录，在莫斯科见到马仲英，他正学习德、法、俄、日等国文字。马彦良、喇守礼、马世杰、杨福兴4人于1937年抗战前夕回国时，马仲英亲自送他们上火车，并叮嘱“回新后走乌鲁木齐一趟，与盛世才认真联系协商，再到莫斯科汇报”。但马虎山另有图谋。与驻喀什的维吾尔族师长麻木提联合，共同反对盛世才，马仲英几次来电制止，但遥控失灵，马虎山自行其是，以羊毛、编织品输出印度，将历年搜刮的黄金，用汽车拉到叶城，又劫持参谋长拜自立的一笔黄金，一并携带逃往印度。从此，三十六师即全部瓦解。后来，马虎山从印度辗转回到甘肃临夏原籍。解放后，在甘南参加以马良为首的反革命叛乱，在我军清剿中被击毙。
一旅旅长马彦良，回族，河州人。他们从苏联返回后，于1938年10月专程到延安，受到主席的接见，他们汇报了马仲英在苏联的情况。要他们到西安找八路军办事处。“八办”嘱他们回家乡等待时机。全国解放后，马彦良表现积极，由民兵营长兼乡长，升为区长、县长、副州长等职。为第五届全国政协委员。笔者因工作关系，与之时有接触，1986年曾到他家中专题访问马仲英之事，年届八十的他正卧床养疴，但谈到当年之事，仍神采飞扬，口若悬河。此后未久，即于1987年去世。
马仲英本人的结局，众说纷纭，一说在苏联学习驾驶飞机时，失事而死；一说参加西班牙战争阵亡；一说是在苏联卫国战争中献身。还有一说，是被斯大林处决了，据说这是近年从苏联的秘密档案中看到的，或许这是比较可靠的说法。他短暂而复杂的一生，是值得史学家深入研究的一个课题。