事后，黄氏父子暗派代表通过河州镇守使裴建准，向护理甘督陆洪涛告状，陆即派实业厅厅长车玉衡前往查处。车到后与马麒会谈两次，然后由马麟、马寿出面召集僧俗代表大会。会上，马麟指责黄家父子把持寺院，联络鼓动不安分守法分子，阴谋捣乱，对抗政府。17岁的黄正清据理力争，侃侃而谈，指责宁海军利用寺院内部纠纷，以武力压服。嘉木样五世来寺坐床前，商定宁海军撤走，迄今已过3年，驻军并未撤走，且马寿随意撤换寺内僧官，取消寺院所收官房税；又设茶粮局，横征暴敛。将此情报告军帅（指马麒）后，军帅竟听一面之词，以造反罪名收枪要马，罚款捕人。为此，要求豁免罚款，调回马寿，免再生事。黄的一番话，使马家一方无言以对，会后，马麒自认其措置有失当之处，决定先停止捕人和收枪（已收的不再退），释放塔哇管家黄祥等，并将马寿调回西宁，但驻军仍然不撤。之后，黄家继续向甘肃军政当局控告，拉卜楞僧众组成代表团赴兰要求惩办马麒，恢复嘉木样寺主的权益。至此，嘉木样五世一家不得不离开拉卜楞寺，转到美武一带，成立反马司令部，组织武装，准备驱逐宁海军出境。
马麒听到上述消息，即先发制人。命令马麟率宁海军24营，约万余人，进攻拉卜楞。拉卜楞方面，兵分两路，一路围攻驻寺院的宁海军，一路迎击马麟。双方发生激战，马步芳所部第一营严重受创。后终因马麟兵力强大，黄氏父子率藏兵撤往桑科、黑错。马麟部队追击，所到之处烧杀抢掠，藏族群众的生命财产，遭受极大损失。关于这次事件，曾经到拉卜楞地区草原作过调查了解的人宣侠父有一段记述，摘引如下：
拉卜楞寺呼图克图嘉木样，统治着甘边川边及青海东南部八十八族的藏民，管辖着一百零八个寺院。在民国十二年，因反抗西宁镇守使马麒的勒索，而遭马麒的仇视。于是西宁的骑兵，突然围攻拉卜楞寺，嘉木样在乱兵中出奔甘边刚察寺。嘉木样的父亲，汉名黄位中，藏民称他为“耶扶赛恩”，他当时号召附近的藏民部落，共计五万余骑，和马麒在刚察附近的草原激战。最初的交锋，藏民勇悍异常，他们都脱得一丝不挂，持着长矛，奋马向前直冲，使马麒的骑兵，受了极大的损失。后因甘督陆洪涛派员传令双方暂时停战，静候督署查办。敦厚的藏民，以为督办既然前来查办，一切当然可以静候解决，漫无防备地屯扎在无险可据的草原上。然而马麒却从来没有将命令不出兰州的陆洪涛放在眼上，于是趁藏民毫无准备的时机，促兵进攻。当马麒的骑兵冲进藏民的营垒时，许多藏民尚鼾声呼呼，在睡梦中，蓦地被一阵枪声所惊醒，手足无措地东西乱窜，无抵抗地被马麒杀了几千人，其余的也只好保护着嘉木样向川边溃退。马麒的骑兵，于是摧毁了附近藏民的村落，焚烧寺院三十几座，被杀妇孺共计七千多人。（宣侠父《西北远征记》）
马麒、马麟的部队如此残杀，在历史上也是罕见的。此后，藏民一直控告马麒，但都石沉大海，无人主持正义。1925年，冯玉祥国民军的刘郁芬部进入兰州，宣侠父时在国民军工作，他在兰州见到了嘉木样五世的长兄黄正清，当他听了黄对马麒的控诉后，给予大力支持，亲自帮助他们起草控诉马麒的状子，还深入到欧拉草原，向藏民讲述民族团结、自救抗暴的道理。之后，藏民的控告状纸到了北洋政府，北洋政府令冯玉祥处理。冯派刘郁芬、蒋鸿遇会同马麒、拉卜楞寺代表黄正清解决。1927年春，在兰州重新谈判，达成以下解决办法：（1）拉卜楞地区，改设为设治局，直隶于甘肃省署，脱离西宁道管辖；（2）宁海军全部撤走。马麒迫于形势，不得不有所收敛，将军队撤回西宁。
马麒、马麟在青海境内还有镇压、屠杀藏族和其他少数民族事件多起，容后在“马步芳”部分一并叙述。
五、左右逢源
马麒为巩固地位，扩大力量，积极攀附更大的军阀以为靠山。1918年曹锟贿选总统时，需款甚急。马麒看准机会，即向马廷勷挪借5万元送去。10月，曹锟贿选成功，马麒又派长子马步青自绥远赶赴北京祝贺，以骏马500匹作为献礼。于是，北洋政府以马麒平息果洛叛乱有功，颁给“锐威将军”封号，并授予马步青陆军少将衔。其时，甘肃督军陆洪涛，联合甘肃汉族军阀黄得贵、李长清、张兆钾等排斥马麒，马麒处境艰难，曾有“这碗饭难吃”之叹。黎丹、李乃棻等便向马麒献策，奔走于吴佩孚门下。于是派朱绣前往洛阳，向吴献“经营青海意见书”，企图将青海由甘肃析出，另行建制。时吴佩孚正策划对张作霖用兵，示意朱绣筹措军费30万元，允许仿照热河、察哈尔地区成例，划青海为特别行政区，以马麒为青海护军使。马麒以30万元的贿款为数太大，且直奉战争一触即发，直系胜败未卜，迟疑不决。1924年10月直系战败，马麒窃幸未花冤枉钱。但张作霖既已把持北洋政府，又转而想摸索走张作霖的门路。1925年1月8日，冯玉祥为西北边防督办，马福祥为会办，马邻翼为襄办。旋又任冯玉祥为甘肃军务善后督办。马麒见冯的势力压来，即急派朱绣前往联络。冯任朱绣为边防督办公署参事，又利用甘肃回军力量，抽调马鸿宾、马廷勷、马麒所部骑兵各1旅，编为西北独立第七、八、九旅。马麒本不愿就范，但慑于冯的势力，违心依附，派其侄子马步元为骑兵第九旅旅长，下辖十七、十八两个团，以其外甥马辅臣、侄马步云为团长，官兵约1000人，于同年12月奉冯命开往包头。冯又将该旅改为独立第七旅，换发了枪支，补充子弹十数万发，令其开向大同、阳高、天镇一带，后又驻防北京北苑。南口战役，冯军苦撑危局。马步元时驻镇川口，为求自保，派副官长居占鳌、秘书姚钧等，向敌方阎锡山联系，表示愿前往投效，得到阎的允准。未几，此事被冯的后方总指挥石敬亭发觉，即令其进攻阳高阎部。马步元以已与阎部有约，不能进兵，又不敢违抗石之命令，进退维谷，只好率部潜逃，取道平地泉、宁夏、阿拉善、永登等地，于1926年6月返抵西宁。人马既无损失，又携回一批枪弹。