正当黎元洪以为大局总算得以维持之时，没料到风云突变。
二十九日，蚌埠方面倪嗣冲首先宣布独立。随后河南、浙江、山东、山西、福建、陕西、奉天等省纷纷响应，也先后宣布独立。
这次北洋各省宣布独立，和以前南方各省宣布独立的性质完全不同。以前是南方各省反对北京政.府，这次是北洋军人反对北京政.府。以前的北京政.府是掌握在北洋军阀大头子的手里，而此时的北京政.府只有一个赤手空拳的总统，坐困公府，毫无抵抗力量。
北方各省一宣布独立，已经满口答应组阁的李经羲，躲在天津租界不敢出来了。
黎元洪迫切希望李到北京来就职，派公府秘书长夏寿康、军事顾问金永炎到天津专程迎接，又派直系军人江西督军李纯前往劝驾。
黎元洪竟然把李当作是解救时局危机的唯一救星，以为只要他肯到北京来就职，就可以取得张勋的实力援助，制止独立各省进兵北京。可是这个久已想做国务总理的李经羲，当国务总理已经到手的时候，却又没有做国务总理的勇气。一会儿说要往北戴河避暑，一会儿又说愿意让位于王士珍，就是坚决不肯来京。
黎元洪一直把段祺瑞当做自己的对头。其实，他或许不知道，段更是他的依靠和保护神；是连结主导当时政局的最大势力——北洋派的纽带和桥梁。所谓对立统一体，失去了对立也就失去了统一。
有段在，北洋派虽然已四分五裂，但在大面上，还是能够聚集在段的旗帜下的。搞掉了段祺瑞这个对头，黎元洪也就失去了段这个保护神，马上成为北洋派的众矢之的。
督军团大闹北京城时，在黎元洪看来，唯独张勋置身事外。他觉得，北洋诸将中唯有张勋能够抗衡段祺瑞，只能把希望寄托在张勋身上，指望张出面收拾残局。
当黎元洪陷入孤家寡人境地时，下野在天津的段祺瑞却门庭若市，研究系、交通系以及亲日派纷纷奔走其门。
梁启超为首领地研究系，完全倒向段的方面，大批研究系国会议员纷纷辞职离京。汤化龙也辞去了众议院议长，以拆国会的台。
段祺瑞也没闲着，此刻正在天津准备组织临时政.府。他的计划是：先推举徐世昌为陆海军大元帅，一旦独立各省会师北京把黎元洪赶下台，即召集临时国会推举徐为临时大总统。
关于组织临时政.府的之事，段已通电征求过北方各省的意见。临时政.府阁员名单也已备好，包括研究系、交通系和亲日派各方面人物。
徐世昌自己也写好了就任大元帅的电文，打算交段审阅，只因张国淦、钱能训等都主张静观一下，所以才没有交出去。
这期间徐树铮还在徐州参加第四次徐州会议，段尚不知道徐州会议的内容。肯定地说，如果没有徐州会议这群军阀的支持，段的临时政.府是无法存在的。
此时的张勋，手中有兵，有权，有地盘。各省督军推他为盟主，唯他马首是瞻。而黎也看重他，国会也没有和他决裂。
他有自己的路要走，在徐州会议上取得了参加会议各省赞成复辟的保证后，是决不会容许在天津再出现一个临时政.府的。
在他看来，段虽然名高位重，却和军队脱离日久。手中没有实际的兵权，又有黎元洪和国会与他作对，因此，他是决不会为段抬轿子的。
因此，当段来电征求他对组织临时政.府的意见时，随即于五月三十日致电给徐世昌、段祺瑞，公然用命令的口吻告诫他们说：“不得于通常名目之外另立名目。”
由于他的强有力反对，段祺瑞的临时政.府计划只能流产。
就在这个时候，徐树铮由徐州遄返天津，把徐州会议内容向段做了报告。
为了应对徐州会议后的新情势，段采取了相应的对策：暂时不反对复辟，甚至必要时伪装同意，以鼓励张勋放心而大胆地去行动。
段祺瑞终是棋高一招。这样一来，就可以借张勋来达到倒黎的目的。等到张宣布复辟，段便立即高举拥护共和制度的大旗，起兵打倒张勋。这样一来，既赶走了黎，又有再造共和之功，何乐而不为。
这个计划，段祺瑞是严格保密的。大傻帽张勋，此刻正做着清王朝复辟后，自己坐上了摄政王的美梦，怎能想到螳螂捕蝉黄雀在后呢！
督军们虽然都是宣布独立，但却各有千秋。
首先独立的倪嗣冲自命为北洋派中的李烈钧，他在宣布独立的电报中仍然称黎为“我大总统”，仍然说他是“拥护中央”的。但是他的侄儿倪毓棻同天发出来的电报，却扬言要“誓师北伐”。
张怀芝由徐州回到济南，山东省议会议长当面质问他何以列名干预宪法，要挟解散国会，并且出席于非法召集的徐州会议。正告他如果再有此行动，山东人民不能承认有这样一个督军。
在得知段祺瑞被免职后，急于自我表现的张作霖愤慨异常。
在倪嗣冲宣布独立的前一天便发出电报：“同志皆当世贤豪，何至不如蔡锷？”
只是他本人也没有做蔡锷的勇气，因为受着第二十八师师长冯德麟的牵制，而不敢宣布独立。
他电报中说：“项城逝世，海内属目段公而段公愿居今大总统之下，以相扶持。……奸人诪张为幻，广派密使，遂其阴谋。公府派少将周斌到奉游说，已予扣留，俾莠言无滥进之由，庶时局有澄清之望。……作霖当率辽奉子弟，直捣京师，惩彼奸人，卫吾社稷。”
不但骂黎对段忘恩负义，并且电中所指的奸人彷佛就是“今大总统”。
一直到张勋致电冯德麟进行疏解之后，张作霖才敢宣布独立，并且派兵进驻山海关。
五月三十日冯国璋在南京召集军事会议，表示态度说：“我的地位是副总统，应当辅佐大总统，并且服从大总统的一切措施。各省反对中央，我已去电加以劝阻，劝阻无效，只有听候中央解决。”
他不是不知道手无寸铁的中央（黎）对称兵抗命的各省军阀是没有办法解决的，所谓听候中央解决就是采取旁观态度，甚至还想利用政争，取得副总统代行总统职权的机会。
章太炎先生曾通电痛斥冯在总统与叛督之间当中立派，一针见血地揭破冯国璋的假面具说：“冯不讨贼，反唱调停，觊觎继任，诳词虚饰，应认为内乱犯，实为罪魁，倪、张犹在其次。”
为了逃避全国舆论的攻击，冯就倒填日期发出电报，向国会请辞副总统一职。
直系的王占元在政潮中宣布中立，并且劝黎解散国会以息政潮。另一属于直系的李纯，一直到六月五日还留在北京，黎元洪想请他当调合人，他也有这个打算。只是见张勋就要带兵到北京来，时局已无调停之望，才于八日由京汉路南下回任。
曹锟是唯一宣布独立的直系军人。他的地盘介于北京与独立各省之间，如果不宣布独立，将与出兵“北伐”的独立各省发生冲突。
他在电报声称：“为保卫地方起见，与中央脱离关系。”
他的电文对黎并无恶意，宣布独立后，他还经常地跑到北京来，与其说是独立毋宁说是中立。
独立各省纷纷把省长赶走，首先是陕西省长李根源被陈树藩软禁起来，逼迫他称病辞职。
山西省长孙发绪原是黎元洪一手提拔的，看见黎的地位不保，不惜对黎反戈一击，肉麻地地当起了督军团的应声虫。
竟发出电报要求废止《临时约法》，提出由各省代表组织制宪会议，在过渡时期推举徐世昌组织临时政.府。
只是即使这样，也没保住他的官位，这个电报发出不久，他就被阎锡山赶走了。
六月四日，李厚基派福州警察厅长、闽海道尹去见省长胡瑞霖，宣布他的手谕说：“现值军事时期，省长一职无设立之必要，请即克日离开”。
五日，胡到督军署辞行，李拒而不见，派人致送路费二千元，并以保护为名派兵押解上船。
此外，独立各省普遍有任意扩充军队和扣留国税的现象。张作霖乘机成立了第二十九师，以吴俊升为师长。赵倜把京汉路局的全部收入截留。
在此时期，西南六省纷纷通电反对军人干政，反对解散国会。
五月三十日，湖南督军谭延闿通电主张调停，淮军老将姜桂题表示附和，并建议邀请冯国璋、张勋、谭延闿等到北京，与王士珍共同组织“调人会议”。
孙中山则反对调停，电促西南六省兴师讨逆。
国民党系的海军总长程璧光，电劝独立各省取消独立，并表明海军始终维护共和的态度。
李烈钧由上海到广州，拟率领在粤滇军张开儒、方声涛两师北伐。
广东督军陈炳焜、广西督军谭浩明与李烈钧联名发出通电，发起滇、黔、川、湘、粤、桂六省联盟。并建议公推陆荣廷为盟主，请陆到广东“主持大计”、“遵守《约法》、拥护共和为始终不渝之宗旨”，又请冯国璋“坚持护法之心”。
唐继尧通电西南各省，建议在广州组织临时政.府，仍推戴黎元洪为大总统。
但是，西南六省内部也有问题，四川方面有川、滇军的冲突，广东方面有滇、桂军的暗斗。由于六省人民具有反对北洋军阀，反对内战的共同意志，并在孙中山的影响下，他们才不能不表示反对督军团的态度，其实并无出兵北伐的意图。