一八九一年五月，清廷进行例行的海军大校阅，黎元洪所在的“广甲”舰，也参加了这次以北洋海军为主体的海上演练活动。
校阅进行了十八天，行程三千余里。演练时各舰或炮击模型舰，进行实弹射击，或变换队形，相互掩护、迂回进攻、有序后撤。
一艘艘战舰在海上乘风破浪，很威风也特别有气势。主持演练的李鸿章看到这胸伟壮观的一幕，心潮彭湃。
事后他自豪地向朝廷奏报：“纵观海军战备，尚能日新月异。目前限于饷力，未能扩充，但就渤海门户而论，已有深固不摇之势。”
由于在演练中，“广甲”号和黎元洪表现突出，黎元洪演练结束不久，就被提升为“旨准以千总尽先补用”。
一八九二年，黎元洪的职务晋升为二等轮。
一八九三年，署理二广总督的李鸿章，因黎元洪“频年操巡，久历风涛，著有劳绩”，“奏保赏戴五品顶戴”，黎元洪由六品官升五品。
一八九四年四月，清廷进行又一次海军校阅。这一次比上一次规模还大，北洋海军全数参加，南洋海军六艘战舰，广东水师的“广甲”、“广乙”、“广丙”三舰参加。
黎元洪随舰前往，同样表现出色。特别是他负责保养的“广甲”舰，在校阅中机械性能的表现，引起了海军内行人的关注。
由于黎元洪忠于职守，技术水平高，判断故障和排除故障的能力强，而深得“广甲”号上各级官长的看重。又因为他为人厚道，真心待人，在同舰官兵中享有很高的威望，成为中国近代海军军官中的佼佼者。
北洋海军，自一八七五年由李鸿章创建以来，陆续从英国、德国购进军舰，这时已有大小战舰二十五艘。全军由提督统领，设有总兵二员、参将四员、游击九员、都司二十七员、千总六员、把总九十员、经制外委四十员。有一套机构齐全、系统完备的体制。在当时的世界海军中排名第六，总体实力已经超过日本。可以说，已经摘掉了海军落后的帽子。
前边提到过，一八九四年七月二十五日。日军在没宣战的情况下在朝鲜牙山对中国军队发动突然进攻。同时在丰岛海面偷袭中国商船，中日甲午战争爆发。
九月十二日，以北洋海军为主，包括黎元洪所在的“广甲”号共计十二艘战舰，在海军提督丁汝昌的率领下前往迎敌。
九月十七日上午十一时，日本联合舰队向中国舰队发起进攻，中国近代史上最悲状的海战在黄海海面打响。
丁汝昌所在的旗舰，“定远”一马当先，迎向敌舰队。首战告捷，中国舰的炮火击中了日本的“先锋”号。中国舰队的旗舰也遭到攻击。
日本海军在大同江外海面，集中了十二艘军舰，包括其全部精华，即吉野、高千穗、秋津洲、浪速、松岛、千代田、严岛、桥立等八艘五千马力以上的主力舰和巡洋舰。
开战初期双方参战兵力比较，当时的北洋水师和日本舰队，按火炮 鱼.雷发射管 总排水量 总兵力 平均航速等进行比对。
据英国海军年鉴统计，日本舰队的火力实际上相当于北洋舰队的三倍。
战斗开始不久，北洋舰队旗舰“定远”舰由于下水十二年，久已失修，舰桥被突然开火的大炮震塌，丁汝昌摔伤，信旗被毁。
丁汝昌拒绝随从把他扶入内舱，坚持坐在甲板上督战，可是他只能鼓一舰士气。
因旗舰信旗被毁，战斗刚开始，北洋舰队就失去了指挥。日方的四舰利用航速优势绕攻北洋舰队右翼“超勇”、“扬威”，二舰相继被击中起火，退出战斗。
日舰“吉野”也被北洋舰队击中起火，但很快被扑灭。十三时三十分左右，“超勇”沉没。
当日本的四舰绕攻北洋舰队右翼时，本队也与北洋舰队主力交相攻击。日舰“比睿”、“赤城”、“扶桑”、“西京丸”被北洋舰队截击。
“定远”、“来远”、“经远”重创“比睿”、“赤城”；“赤城”舰长坂元八郎太当场毙命。“西京丸”也受重伤。
十四时十五分左右，日本部分军舰绕至北洋舰队背后，形成夹击之势。北洋舰队腹背受敌，队形更加混乱。在混战中，北洋舰队一直冲杀在前的“致远”舰受到日“吉野”、“高千穗”等的集中轰击，多处受伤，船身倾斜。
日本的“吉野”号舰冲在最前面，正遇上全身着火的“致远”舰。管带邓世昌下令撞沉“吉野”。
“致远”舰向“吉野”号右舷高速撞去。日舰官兵见状大惊失色，拼命逃窜，并向“致远”舰连连发射鱼.雷。“致远”舰躲过一条鱼.雷后，不幸为另一条击中，全舰官兵二百五十二人壮烈战死。
“经远”继续迎战“吉野”，也中弹起火，管带林永升、大副陈策阵亡，随后舰也被敌鱼.雷击沉，全舰二百七十人除十六人获救外，全部殉难。
“致远”沉没后，“济远”管带方伯谦下令“济远”号撤出战斗。关于“济远” 号的撤出，有说是临阵脱逃，有说是因中弹过多，暂时退出战斗，是避至大鹿岛附近紧急修补损坏的机器。
但是，黎元洪所在的“广甲”号管带吴敬荣，竟指挥“广甲”跟随着“济远”号撤离了战场。
广甲号逃跑后，沿着海岸后撤，在大连湾三山岛附近搁浅。
二十三日，被日本舰发现，管带吴敬荣怕被俘，下令将“广甲”号舰毁掉，顾自乘小艇逃跑。
黎元洪十几个人也乘一艘小艇逃命，行驶不远遭遇到日舰，大家弃小艇跳海逃生。
黎元洪虽为海军，却没学会游泳，幸好身旁有一救生衣。
他真的是大难不死，一起逃命的十二人有八人被日军射杀或淹死。他一个不会游泳的人，在海上漂了三个多小时后，竟被海浪冲到了岸边。
精疲力尽黎元洪挣扎着上了岸，此时天色已晚，他决定找地方先住下来。一摸口袋，自己藏好了的保命钱，几块银元和一块金表还在，也算是不幸中的大幸。
这时，正好碰到了一位好心的长者，见黎元洪是一名海军，样子狼狈，收留了他；老人还为他准备了晚饭和衣服。
第二天，吃过早饭，拜别了长者，黎元洪用了一天半的时间走到了旅顺。路上，没有吃的，农人在收洋芋。
当地人大部分都是逃荒过来的，逃荒的路上都得到过帮助，对赶路人有着一种特殊的情愫。这里有个不成为的规定，路人可以随便吃地里的洋芋，只是不能带走。
黎元洪一路上就是吃洋芋，渴了讨口水喝。有了那次从湖北到北塘的长途跋涉，走长路对黎元洪倒是等闲之事。
黎元洪还是想留在海军，去投奔当地的海军，没有空额。黎元洪又赶到了天津，正赶上朝廷在追究“济远”号和“广甲”号临阵逃脱之责。“济远”号管带方伯谦被处死，“广甲”号管带吴敬荣被撤职罢官。黎元洪也被算上是逃兵的一员，被监禁了几个月后，被无罪释放。
这次事件，黎元洪是很无辜的。但这一次经历，在以后的岁月中，被有的别有用心之人，当成攻击他的污点，恶意地叫他逃兵。
黎元洪从没为自己辩白，他只是常因此而勾起对那段经历的回忆，想到那些曾和自己朝夕相处的好兄弟丧命大海，黎元洪总是很难过。
他常说的一句是，自己能活下来，就已经是很万幸了。言外之意，自己是不是逃兵，已经是无所谓的事了。自己最大的错应该是努力活下来，人活着是罪过吗？
被无罪释放后，黎元洪继续为为留在海军到处奔走。甲午战争，泱泱大国被一个弹丸小国打败，特别是割地赔款的“马关条约”地签订，给华夏大地带来的震荡，是今天的人们很难想象的。
从上到下，形成了一个共识——练兵强国。所以，就有了袁世凯的小站练兵。与此同时，署理两广总督的张之洞也奏请朝廷，“依照洋法操练新军”。
黎元洪这个时候，人正在上海，他还是想在海军找份事做，但同样没能如愿。这时，他偶然听到了张之洞在南京招聘人材的消息。看到留在海军已经希望渺茫，黎元洪觉得这也是一条出路。虽然，离开自己喜欢的海军有些可惜，但想到父亲为了生活，二次从军，从头来过，自己换个兵种也实在算不了什么。
这样，他就来到了南京。张之洞在南京组建的这支新军叫“自强军”，共十三个营，二千六百人。张之洞大胆创新，聘请德国教官三十五人担任正职，副职则由从天津、广东的武备学堂的优秀毕业生中招聘。全部装备，都是按当时欧洲先进国家的标准配置。