七月十五日，段祺瑞在北京正式组阁：特任汪大燮为外交总长，段自兼陆军总长，刘冠雄为海军总长。
十七日继续发表阁员名单，特任汤化龙为内务总长，梁启超为财政总长，林长民为司法总长，张国淦为农业总长，曹汝霖为交通总长，范源濂为教育总长。这个内阁中，研究系占了五席，是外交、内政、财政、司法、教育。梁启超得到了以前求之不得的财政总长。对研究系而言，这是极盛时代。只是，到达高点后或许就开始走下坡路了。
林长民（1876—1925），字宗孟，汉族，福建闽侯（今福州）人。清末翰林林孝恂之子，才女林徽因的父亲，烈士林觉民的堂兄。福建政法专门学校（福建师范大学前身之一）和福州二中的创办人，第一任校长。
一九零二年赴日本留学，于日本私立第一学府早稻田大学学习研究政治、经济。一九零九年回国，执教福州法政学堂。是年福建省谘议局成立，被聘为秘书长。
武昌起义后赴上海，以福建省代表参加独立各省临时会议。次年初临时参议院成立，为秘书长，参与草拟《中华民国临时约法》。参与组织共和党，担任干事之一。
一九一三年被推为众议院议员，四月任秘书长。五月参与将共和党与民主党、统一党合并为进步党，任政治部部长，拥戴袁世凯为正式大总统。次年任北京政.府国务院参事。
范源濂（1875—1927），字静生，出生于1875年，湖南长沙府湘阴县（今湖南省岳阳市湘阴县）人，中国近代著名教育家。早年就学于长沙时务学堂。参加戊戌变法，失败后流亡日本，入东京高等师范学校学习，之后进入日本法政大学法政科。
清光绪三十一年（1905）回国，在北京任学部主事，并创办法律学校和殖边学堂。一九零五年后任清廷学部主事、参事，参与创办清华学堂。辛亥革命后，曾任教育部次长、中华书局总编辑部部长。
也是在七月十七日这一天，国务院下令严缉康有为、刘廷琛、万绳栻、梁敦彦、胡嗣瑗。而真正的罪魁祸首张勋，只受到免职拿办的处分。
据说张勋托庇于荷兰公使馆时，手里拿着一份《复辟实录》。
有说这《复辟实录》分二个部分：第一部分为徐州会议纪录，是由幕僚根据回忆补写的；第二部分为北洋军阀赞成复辟的函电，共计八十二件。
在张看来，手里有了这些文件，便可以有恃无恐。
好像还真有人做贼心虚，王占元、张怀芝、张作霖等人纷纷致电北京政.府，要求对张勋宽大处理。
段祺瑞除了在形式上曾向荷兰公使要求引渡外，也无其他行动。
北洋派三领袖之一的王士珍自觉无颜见人，他的两个老朋友都有功于民国再造，而他却变成复辟的附从。他准备回正定原籍隐居，段祺瑞听了后，马上跑到他的寓邸安慰他，力劝他继续担任参谋总长。
王士珍之外，北京军警长官江朝宗（步军统领）、吴炳湘（警察总监）、陈光远（第七师长）等附逆无罪，而且维持北京秩序有功，均不追究。江朝宗是段所不欢喜的人，调为迪威将军，步军统领则调第八师长李长泰继任。
复辟犯冯德麟因张作霖的保释电而获得自由，冯已经身败名裂对张不构成威胁，张正好卖个人情。
张镇芳、雷震春虽没躲过牢狱之灾，但两人在狱中获得优待。可自备菜肴，且特准吸食鸦片。
冯国璋于八月一日抵北京。
黎元洪本避住法国医院，因冯抵京后要来看他，便回到东厂胡同迎接。
冯抵京当天就去见黎，两位总统相见，互相客套一番。冯殷勤地要迎黎回任总统，黎却说了许多众望所归的话请冯继任。
冯这次拜访，只坐了半个钟头就走了。黎送冯走后，仍回到法国医院去。
段不愿意让黎复任总统，却也并不希望冯继任总统，他本想暗示北方军阀推举徐世昌为临时总统。可是他的计划还未启动，北方军人们不识段的心意，即纷纷电请代总统入京执行元首职权。
倪嗣冲在电报中呼冯为“我大总统”，呼黎为“前大总统”。这样一来，段不好意思不让冯代下去，只好作顺水人情。
转念想来，今后的总统只是一个位高而无为的元首，冯当了这个毫无实权的总统，反而比在南京拥兵自重好得多。
冯国璋于是便正式坐上了总统大位。
冯国璋抵京时，清室派有代表到站欢迎。
八月四日冯特派内务总长汤化龙为代表答谢逊清皇帝派代表欢迎他的盛意。
汤见到溥仪时，恭行三个鞠躬礼，大声地说：“大中华民国大总统，谨派内务总长汤化龙，致谢大清皇帝，并敬问大清皇帝安好！”
世续代表溥仪也大声地唱道：“大清皇帝谨谢大中华民国大总统答礼的盛意，并回问大总统安好！”
冯国璋就职后，派老搭档张一麐为秘书长，师景云为侍从武官兼军事办公处长，熊炳琦为侍从武官兼参谋长，张宗昌为侍从武官兼副官处长，殷鸿寿为侍从武官兼执法处长。
侍从武官长仍为荫昌，总统府指挥使仍为徐邦杰，这两人是袁时代就担任这项职务，历事袁、黎、冯三位总统，可称三朝元老。
如愿当上了大总统，冯国璋看来是真心希望北洋三杰团结，以重振北洋声势。在他看来，今后府院一家，上下一致，内外一心。
他紧握着段的手说：“以后咱们再也没有什么府、院之争了。”
又对王士珍和段祺瑞说：“咱们三人从此要一条心，通力合作，在咱们三个人中间，无所谓总统、总理、参谋总长。”
王士珍很感动，段祺瑞虽表面应承着，心里不知作何想。
段祺瑞本来打算在冯入京后，即派段芝贵为江苏督军。
小段在袁世凯时代是一大红人，做过湖北督军和奉天督军，其后因帝制余孽而被边缘化了一段时间，这次讨逆有功于“再造共和”， 又可以东山再起了。
这段芝贵是有奶就是娘的人，在段祺瑞看来，用他代替冯为江苏督军，南京那边也就收到自己囊中。
那知冯国璋早有他自己的安排。他在离开南京以前，就提出调任江西督军李纯为江苏督军，升任驻南苑的第十二师长陈光远为江西督军。
原来李纯、陈光远和湖北督军王占元在北洋派中都是亲冯的。
早在镇压辛亥革命时，冯国璋统率北军第一军南下与革命军作战。第一军是由第六镇统制（即师长）李纯，第二镇协统（即旅长）王占元，第四镇协统陈光远等混合编成，此后，，他们便逐渐在北洋系中形成一个小集团，也就是后来赫赫有名的“直系”。
直系名称是因为冯国璋是直隶人，这和段祺瑞的皖系是因为段祺瑞是安徽合肥人相同。参加这两系的军阀们，并不完全是这两省人，大都因为个人利害关系。在直、皖两系明争暗斗过程中，其成员也不断变化，很难划分清楚。
冯国璋不只是安排了江苏督军，同时也将一向由他自己亲统的禁卫军扩大为两个师，
禁卫军是清朝末年成立的。那时冯为禁卫军统领，民国成立后，冯仍继续统率这支军队，名称也未变。
冯继任总统后，禁卫军改编为两个师。以王廷桢为第十六师师长，留在南京，与由江西调来的第六师长齐燮元共同守卫江苏地盘。另以刘询为第十五师长兼总统拱卫军司令移驻北京。
这样的安排，他在北京当总统便有自己的军队，而在长江一带又有地盘。
齐燮元，原名齐英，字抚万，号耀珊。直隶宁河县（现天津市宁河县）人。光绪年间秀才。
这是个有故事之人，考中秀才后，正逢保定陆军军官学堂招收学员，齐英认为自己出人头地的时候到了，忙打点行囊奔赴保定报考。
学堂考文韬武略，齐英并不发愁，发愁的是最后体检。当时要求军官身材魁梧、五官端正。齐英身材瘦小，一只眼睛斜，想要录取谈何容易。
体检这天，报考者从高到低一字排开，齐英只能排到最后一个。
负责体检的于、杨两个教官，从队首检查到队尾，最后到了齐英面前。于教官负责责检查身材，他看了齐英不由得摇了摇了头。
齐英一看要坏，忙敬礼说道：“学生身虽小而志如鸿鹄。”
于教官听了很惊奇，这个不起眼的小个子出口竟如此不凡。
接着杨教官过来检查相貌，他看了齐英不由得嘬了一下牙花子。齐英一看又要坏，又是一个敬礼，说道：“学生眼虽斜而能识远。”
杨教官是这次考试的主考，曾看过齐英的考卷，很赏识此人，他听完齐英的申辩，点点头，笑而不语地走了。
杨教官祖籍金陵，后举家移居宁河县芦台镇，除对齐英赏识外，谁能肯定不带一丝故乡情？事后，杨教官征求于教官意见，于教官心领神会，何不顺水推舟成全此事。
就这样，齐英成了该学堂炮兵科二期学员，毕业后更名为齐燮元，开始了他直步青云的生涯。
齐燮元原任十二旅旅长，因前任师长周炳文患精神病，齐乃升任。
这支军队一直驻防江西，它的前身是武卫右军，后改第六镇，再改第六师，段祺瑞、王士珍、吴禄贞、李纯都带过这支军队。