进入1898年，京城内的维新变法的氛围愈加浓烈，此时的蔡元培已经不能满足于只读中译本的书籍，他想直接看外文书。
这时候，他的好友及同科举子，在总理衙门任职的张元济，在琉璃厂开设了通艺学堂，专授英语。他开始本来是决定去学的，不久他的另一个友人刘树屏，在内城设立了专修日文的学堂。想到从文字角度，中国人学日文要容易得多，西文要籍均有日文译本，他最后选择了后者。
借助刘树屏的学馆，他与好友王式通等成立了“东文学社”，聘师辅导。因为学日文不是为了语言交流而在于读书，他干脆径直借用中日词典，边学边试着将日文书译成中文。先后翻译了《万国地志》序及《俄土战史》的部分章节，收到了事半功倍的效果。虽然对讲日语很生，但在文字上很快便“文从自顺”。
在以后的日子里，译日文的本领，竟成了他得心应手的技艺，也使他终身受益。
这一年，发生了撼动中国的政治大事件——“戊戌变法”。
戊戌变法，也称百日维新、维新变法、维新运动。
我们在前边说过了，1898年6月11日，以光绪皇帝颁布“明定国是”诏书为标志，变法正式开始。变法期间，光绪帝先后发布了一系列的变法诏令，除旧布新。
其主要内容是：改革政府机构，裁撤冗官，任用维新人士；鼓励私人兴办工矿企业；开办新式学堂吸引人才，翻译西方书籍，传播新思想；创办报刊，开放言论；训练新式陆军海军；科举考试废除八股文，取消多余的衙门和无用的官职。
也正如本书前面所说，主持变法的是一帮书生，不是做事的人，不知道做事难。所谓书生意气，以为只要有皇帝发号司令，只要他们想变，就什么都能变。在一百天多一点的时间里，光绪皇帝和康有为、梁启超、谭嗣同等人，一共颁布的新政的诏令和谕旨，就有一百八十多个。
本来，执掌实权的慈禧太后对于维新变法开始还冷眼观之。但一众热血的维新派这时头脑发热，竟异想天开的想要把慈禧太后和反对维新变法的官僚们一举从权力的中心踢出局，使年轻皇帝光绪真正亲政。慈禧太后当然不能坐以待毙。
1898年9月21日，慈禧太后等发动政变，光绪帝被囚至中南海瀛台。腥雨欲来，闻讯的维新派中，康有为、梁启超分别远循法国、日本。唯有谭嗣同宁死不逃，愿以性命唤醒国人，与康广仁、林旭、杨深秀、杨锐、刘光第共6人被清廷问斩于北京菜市口刑场。中国上层政治变革“百日维新”宣告失败，前后仅仅历时103天。
“戊戌六君子”的死极大地触动了蔡元培。他对维新人士的精神当然是感佩有加的，这些同龄人的那一腔热血和牺牲的精神，以及他们所胸怀的抱负唤起了他的强烈共鸣。
对于一身侠气的谭嗣同，蔡元培更是格外佩服，他几年后的一封信中还念念不忘地写下了这样的话：“盖元培所慕者，独谭嗣同耳。苦康、梁之首事而逃，经元善之电奏而逃，则固所唾弃不屑者也，况其无康、经之难而屑屑求免也乎。且夫避祸者，所以求生也。充求生之量，必极之富贵利达。”
无论从哪方面来说，蔡元培都应当是坚定的维新派。让人不解的是，他本人几乎没有参与维新变法的什么活动，因此也就没有受到牵连。
有人经过一番研究，得出原因为以下两个：
其一，在“戊戌变法”前后，维新派的人士在先进的知识界以及朝廷中，可谓风光一时。由于梁启超与谭嗣同等人当时在社会上知名度已经很高了，假使真的变法成功，从权位上来说，将是未来朝堂上炙手可热、翻云覆雨的人物。质朴而耿介的蔡元培不愿被世人说自己“攀龙附凤”，读书人的孤傲和自尊，使他“耻相依附，不往纳交”而敬而远之。特别是看到有些新派人士，一旦身据高位，便目空一切，不可一世，让他觉得这些人“不足以当大事”。
他在《自写年谱》这样写道：“康有为氏与谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭诸氏被任用，励行新政，我虽表同情，然生性不喜赶热闹，未尝一访康氏。我与梁氏虽为乡试同年，但亦未与见面。”
其二，蔡元培总是隐隐感到，这种用上层政治斗争改变国家命运的策略并不是拯治国家的一付回春妙药，在他看来，中国的问题是深入骨髓的。“不先培养革新之人才，而欲以少数人弋取政权，排斥顽旧，不能不情见势绌”，这是蔡元培肚子里的想法。
他认为这些维新变法的志士们并没有建立起什么群众基础，而只想凭一己之力、少数精英的奋斗，用最省事儿的办法、最小的代价，动点儿小小的外科手术，就想给中国来个改天换地，这是很不现实。
有记载，新政期间，诏开“经济特科”，选拔“洞达中外时务”之特殊人才。蔡元培因供职宗人府的同乡葛宝华的荐举，而被传去应试。这应该是蔡和维新派唯一的关联。
但无论如何，维新派是在救国救民，出发点和落脚点都是好的。当“戊戌六君子”血洒菜市口的噩耗传来，蔡元培在目睹政治斗争的残酷的同时，也看清楚了清王朝的掌权者丑恶嘴脸。
君君臣臣，父父子子，所谓纲常有道。以往，蔡元培虽对朝政多有不满，但往往认为是臣工昏庸和不作为。眼见最高的统治者只顾自己的既得权位，置国家和民族的利益予不顾，而冥顽到了极点。这让蔡元培对这个君、这个王朝彻底失望了。
戊戌变法和新政如同一场春梦，在腥风血雨中烟消云散。往昔热心维新的友朋已作鸟兽散，就连做事稳健的好友张元济也被革职出京。
蔡元培再也没有心思在北京当官了，断然于1898年秋天离开北京南归。蔡元培这种举动，很容易让人怀疑他是康梁同党，但他丝毫不作辩解。
此行，其实是在和他一直以来走的仕途之路的告别之旅。
经过十天的行程，1898年10月26日，蔡元培和家人从京城回到了阔别多年的绍兴老家。
深秋时节，比起秋风瑟瑟，一派萧杀景象的京城来，家乡显得格外温馨、平静、怡然。
蔡元培家住的笔飞仿是有故事的。传说书法大家王羲之曾住于此处，有一老姬，不厌其烦常来此求王羲之题扇面，后要到处炫耀。有一次，王羲之实在是不耐烦了，竟将笔随手抛出。笔却一飞冲天，笔飞仿便是来源于此。这故事听起来很像是神话，但附近有戒珠寺，山门内有王羲之的塑像，据说这寺先前曾是王羲之的宅院。
蔡元培站在笔飞仿自家庭院中，四周的一切似乎依旧是老样子，唯独那块悬挂在门庭上方的“翰林第”匾额，好像在提示主人在这里曾经经历过的荣耀与辉煌。
然而，耀祖光宗的记忆在闯荡大千世界和领略新学新知后，早已失去了原有的华彩。四年京官生活的风风雨雨，差不多也荡尽了仕途腾达的残梦，所余下的只有那纯属于自己的书生本色。
路在何方？自己今后的人生之路当如何去走？
回顾了他所接触的新知对他产生的强烈冲击，他感到，只有千千万万的中国知识分子具备他这样对世界的认知，具备全新的思维，在灵魂深处来一场革命，从意识上改造中国人，才可能从根本上改变中国的国是。
此时此刻，荣耀脑际多时的投身新教育的念头，变得清晰而强烈。这是自身特长和兴趣之所在，这也是目睹维新党人惨烈失败后，他所认定的一条报国之路。
还真机缘巧合，机会很快来了。
绍兴作为文化重镇，在这个时期理所当然的也受到甲午战争后维新思潮的冲击，出现了一批热心研究西学的有识之士。就在蔡元培回绍兴的前一年春，徐树兰和绍兴知府熊起磻，创办了绍兴唯一一所新式学校——绍郡中西学堂。
由于蔡元培的身份和学问上的声望，这年12月，徐树兰和熊起磻礼请蔡元培为学堂的总.理，也就是担任校长，主持校务。这正是蔡元培想干的事。
既然已经认识到，康梁变法，没有预先培养大批革新人才，而试图以少数人夺取政权、排斥顽旧，是注定是要失败的。现在，他入主中西学堂，不是正好给了他用新知培育英才、施展教育救国的实践机会。
这是一条全新的路，也是完全不同的人生，没有眷恋，没有犹豫和彷徨。
蔡元培马上就进入角色，着手接管校政。
绍郡中西学堂，是由徐树兰捐资并筹得部分府衙官款办起来的。地点在龙山脚下古贡院的西侧。开办之初有学生三十余人，所学相当于后来的高小和初中的程度。
当时，蔡元培给人留下这样的印象——身材短小、文质彬彬、儒雅风流，时常与朋友喝酒、畅谈。和许多一谈到维新变法就“谈虎色变”的人们不同，很多时候，他更愿意和大家一起分析戊戌变法失败的原因。
那时的学生蒋梦麟，曾这样回忆他所见到的蔡元培：“蔡先生年轻时锋芒很露。他在绍兴中西学堂当校长时，有一天晚上参加一个宴会，酒过三巡之后，他推杯而起，高声批评康有为、梁启超维新运动的不彻底，因为他们主张保存满清皇室来领导维新。说到激烈时，他高举右臂大喊道：‘我蔡元培可不这样。除非你推翻满清，否则任何改革都不可能！’”
此后，无论年纪大小，人们都喜欢称呼蔡元培为先生。先生，这本是个对人的很普通的尊称，但对蔡元培来说，是不一样的，是尊重，是敬仰，是对他一生事业和做人的肯定。