惠州一战，邓铿声名鹊起。广东全省光复后，升任广东陆军第一混成协协统，广东都督府陆军司长兼稽查局长，后改任都督府参谋长。
一九一三年邓铿任琼崖镇守使。二次革命时起兵反袁，与龙济光激战于三水，失败后逃亡日本。
在日本，他追随孙中山在日本加入中华革命党，任军务部副部长。从此之后，邓铿一直是孙中山的得力助手。
在讨袁（世凯）驱龙（济光）、护法援闽等战事中打了无数硬仗。在当时，邓铿与朱执信、廖仲恺被同视为孙中山的股肱心膂。朱、廖二人是政治活动家，邓铿则是掌握军权的重量级人物，孙中山在军事上很多时候要依赖邓铿。
邓铿待人仁厚，律己廉洁，治家节俭，常常以减衣缩食来勉励家人。在福建征战期间，他对自己的要求尤为严格，“月受俸仅百二十金，即平日轻慢公者，亦为赞叹而敬服”。
他经常对下属和朋友说：“近来人心常以做官为黩货途径，及其已得，则消耗与嗜。即稍稍储积，其结果不过增加自身罪恶，而陷后人于有恃无恐，不克振拔之地而已。”
闻者皆服为名论。难怪胡汉民称邓仲元为“武人之中，高节远瞩，惟公为能”。
邓铿治军严谨，廉政不阿，嫉恶如仇。他对军中不肖分子包庇烟赌的行径，毫不徇情，并多次派出宪兵，专门缉拿偷运烟土的官兵。
有一次，他在广州晏公街缉获烟土两百多担，查明是陈炯明的部署洪兆麟、陈炯光、陈觉民等人伙同所为。虽与陈炯明是生死患难之交，但并没有睁一只眼闭一只眼，召集广州各界代表和各国驻广州领事，共同监督将烟土焚于东郊。
此举被当时的人们赞颂为林则徐之后的第二次大规模焚毁鸦片。有人劝他做事要少与自己树敌，以免给自己带来杀身之祸。邓铿则说：“怕死则不必作革命事业，丈夫宁玉碎耳，何虑？”
但是，此时的邓铿还没有想到，他的这一系列廉政不阿，嫉恶如仇之举，已经为他日后遇刺埋下了祸根。
陈炯明的亲信有犯法的，常受邓铿的呵斥，陈的左右对邓铿积怨甚深。认为邓铿是粤军中的孙中山亲信，视如眼中之钉。
孙中山出师时，邓铿特拨自辖的一团为孙的警卫团，以邓的副官长陈可钰统率，用以保护孙的安全。北伐军军饷，就是邓铿一力筹措的。
三月中旬，孙中山的代表伍朝枢和段祺瑞的密使周善培从北方到了香.港，邓铿和总统府秘书长谢持由广州专程赴香.港迎接。这次行踪除了粤军总司令部重要人物知道外，并无外人知悉。邓启程时，陈炯明曾亲自送到楼梯。
一九二二年三月二十一日傍晚七时，邓铿从香.港返回广州，在广九车站下车。即将登上汽车前，忽然人群中响起了枪声。邓仲元身中两弹，一弹掠过腹部，微伤，另一颗子弹则贯胃部而出，重伤。
邓铿中枪负伤后第一时间仍想奋力抓住凶手，但是伤重不支，只好马上命令司机赶回省署。
见到陈炯明和家中亲人后，此时的邓铿已隐隐感觉到性命难保，遂告知后事：“余才学不逮朱执信远甚，朱且先我而死，为革命党人，平日拼作牺牲，尔等无过伤也。天下不能容好人，付之叹息而已。”
二十三日四时不幸逝世，终年三十八岁，临终前叹息一声“好人难做”！
就是邓铿临终前的这些话，引发了后来人们的诸多猜想。
邓案发生后，政务厅长古应芬怀疑凶徒匿居香.港，派夏重民赴港密缉，获知主谋者为陈炯明族弟陈远生嗾使黄某收买凶手谋刺，曾密报香.港政.府。
邓铿殉难消息传至桂林，胡汉民、许崇智、蒋中正均伤悼恸哭，
孙中山尤为悲怆，电陈炯明云“仲元遽以创死，伤哉！平日忠于国事，勇于奋斗，前途之望，正复无量！壮年遽殒，不止粤中惜此人才也。”
廖仲恺致蒋中正函云：“仲元遽遭惨害，吾党健者又弱一个，吾侪与仲元相处逾十年，道义之交海内有几？追怀良友，辄复怆然出涕。渠生前至爱赣园，临终亦以执信为念。赣园适与执信墓相对，故拟卜葬于此，已电园主协和（李烈钧）借地矣。”
国民党方面一向说邓铿是被陈炯明指使人暗杀的，而陈炯明一派及驻穗美、英两国领事馆都认为，刺杀邓铿，是国民党内激进分子所为。
应该说，无论是陈炯明还是国民党，都没有理由杀害邓铿，最大的可能是邓铿得罪过的人挟私报复。
邓铿是孙中山的得力助手，也深得陈炯明的信任，是可以沟通孙陈关系，化解和缓和二人矛盾的无可替代之人。他的不幸被害，对孙中山、陈炯明之间本来就脆弱不堪的关系，无疑是致命一击。
四月九日，孙中山让廖仲恺转告陈炯明：一、陈炯明参加北伐；二、筹措五百万元的军费。
陈炯明无法接受孙的条件，随后被孙中山罢黜。
前边我们提到了北京政.府的穷。但到了民国十年秋冬之际，北京政.府的穷已经闹到了难以维继的状态。各省军阀索饷、各部职员索薪、列强讨债、还有中交两行限制兑现，总之，无一处不闹穷。
一九二一年十一月十四日，教育部部员举行“同盟罢工”，其他各部部员也因欠薪而“怠工”，日常政务因之停顿。参谋部自动请求解散。
陆军总长蔡成勋、海军总长李鼎新、司法总长董康、教育次长代理部务马邻翼都因部员索薪而请求辞职。
各省督军一面截留税款，招兵买马，一面以十万火急或百万火急的电报向北京讨饷，口气愈来愈不耐。
日本人则散布谣言，说是五国将共管中国财政。于是从十一月十六日起，北京、天津、汉口等处中交两行发生了挤兑风潮。
十八日外交团议决，拨出关税余款六百万元为两行兑现的准备金，可总税务司英国人安格因为关税余款是公债的担保品，拒不拨付。
外债借不到手，外国债主又毫不留情地催讨到期的欠债，使到北京财政部走投无路。日本首先想出了“借新债还旧债”的办法，于是各国纷纷效法。
当华盛顿会议开幕的前几天，美国烟酒借款已经到期。民国十年十一月一日，经手借款的美国银行团代表阿卜脱，向北京政.府也提出了“借新还旧”的办法，提出以一千六百万美元的新借款，用以偿还烟酒借款一千一百万美元及其六十六万美元的利息，同时扣取赎回美国人所持有的湖广铁路债券一百三十万美元及其利息一百零八万，新借款指定以烟酒税为担保品，设立一个以美国为稽核员的烟酒税稽核所主持其事。
这时候，总统府和国务院竟为了烟酒问题而发生争执。
当时盐务署长潘复是国务总理靳云鹏的人，而烟酒公署督办张寿龄则是总统徐世昌的人。阿卜脱提出“借新还旧”的办法后，如果一千六百万美元的新借款成立，虽然北京政.府所得甚微，可是经办机关烟酒公署却可以取得一百多万元的回扣。
烟酒公署既然是徐世昌所控制，靳云鹏就分不到分文了。于是潘复便想出了一个“移花接木”的办法，他向阿卜脱提供意见，指出烟酒税经常被各省军阀扣留，不是可靠的担保品，必须加入盐税余款为副担保品，才能保障借款的安全。这意见阿卜脱当然赞成。潘复的如意算盘是样一来，盐务署就可以平分秋色，得到佣金八十万美元，分享一百六十万美元佣金的一半。
因为府院不和，加上全国反对，遂使烟酒借款未能实现。不久阿卜脱启程回国，把这项交涉移交四国银行团美国代表史蒂芬继续谈商。
正当徐、靳之间关系恶化时，我国参加华盛顿会议的代表顾维钧送来一个报告，述及被英国代表侮辱，英国代表贝尔福曾质问：“中国究竟是怎样一个国家？”
徐世昌看到这个报告时，便向交通总长张志潭、国务院秘书长郭则沄表示：现在是责任内阁制，一切当然由内阁负责。
靳云鹏听到这句话，也气冲冲地说：“哪儿有责任内阁，只是徒拥其名，我做这个国务总理，用人行政哪一样不受到总统的干涉”。
接着他还冷言冷语地谈到当前时局的关键，认为外国人骂我们是怎样一个国家，其含意是指南北法律之争，是指总统的法律地位。言外之意就是指徐世昌是一个非法总统，因此南北统一不能进行，遂影响对外借款以及裁兵理财等问题。
国务院秘书长郭则沄把靳这些话照转给徐。徐世昌本是一个喜怒不形于颜色的人，听了这些话也沉不住气，愤怒达于极点，认为所有外边推翻总统和改造政局的计划都是靳在暗中捣鬼。
说来也巧，就在这个时候，张作霖从关外打来了一个电报给徐，指责徐的心腹烟酒公署督办张寿龄能力太差，以致烟酒税收入锐减，应当予以撤职，徐又疑心是出自靳的指使。
徐的疑心是有原因的，在此以前，盐务总署署长潘复已因吴佩孚的攻击而下台，靳云鹏则认为吴对潘的攻击是徐世昌的指使。因此他致电张作霖，力言张寿龄任烟酒督办以后，所有税收帐目既不呈报国务院备案，又不送审计院审查，内阁无权过问。这就是张作霖电请罢斥张寿龄的由来。
徐世昌认为靳云鹏是挟张作霖来威胁他，实在忍无可忍了，于是便亲自执笔写好一个辞职电报，表示本人决不贪恋权位，并将政治腐败和时局严重的一切责任，完全归咎于内阁。从这个电报来看，完全是在宣布靳的罪状。