1937年8月13日，日军进攻上海，三个月后上海沦陷。
11月27日，上海黄浦江边夜幕低垂，一辆灰色轿车驶进江边法租界码头，车内下来一位一袭长衫、步履蹒跚的老者，正是蔡元培。
他眺望着黄浦江面繁星似的点点灯光，露出依依不舍之情。随后，登上了由上海开往香.港的法国邮轮“珂拉密司”号。由丁西林和妻弟周仁陪同，离开了生活多年的上海前往香.港避难，于29日抵港。
先期到达香.港处理商务印书馆事务的王云五接待了蔡元培，安排他住进商务印书馆的临时宿舍。一个月后，夫人周峻带着子女抵港，一家人团聚后，在香港九龙的柯士甸道156号租屋安顿下来。
蔡元培在香.港的最初生活，主要是仰赖友人王云五的悉心安排。
王云五曾在20年代任上海商务印书馆编译所所长、东方图书馆馆长，此时正受任于危难，任商务印书馆总经理。
因发明四角号码检索法和完成中外图书统一分类法而名噪一时的王云五，对于蔡元培无论是学识和人品都很仰慕，两人也过从甚密。
抗战爆发后商务印书馆迁到香.港，王云五便常驻香.港。
初到香.港的蔡元培为了调养身心，在其家人和朋友的陪同下，游览了香.港扯旗山、浅水湾等名胜风景地。
扯旗山是香港地势最高处，一脉连绵起伏、青蓊叠翠的山脉沿海岛东北边缘隆起，向西逶迤而去。蔡元培临峰绝顶，极目远眺，大自然美景尽收眼底。来自维多利亚海湾的风轻轻拂面，让人不禁心旷神怡。
随后，他们又驱车前往港岛南端的著名浅水湾风景区。这是一处天然港湾，风景优美、空气清新。他们在浅水湾大酒店宽敞别致的室外走廊饮茶、小憩、观赏。坐在走廊里舒适的藤椅上，大海一览无余，波澜壮阔。
蔡元培动情地说：“这里确实令人喜欢，它贴海如此之近，可以聆听大海喘息的声音，饱览大海气势的恢宏。”
次日，蔡元培又专程前往宋王台参观。宋王台在九龙湾畔，是香港唯一的古迹。
曾有诗人在此写下“海天还属宋王台，怒涛呜咽向东流”的诗句，说的是：南宋末年，蒙古人攻陷都城临安，数十万不愿做亡国奴的南宋军民，在张世杰、陆秀夫的率领下，拥戴9岁的赵昰为帝，逃亡到南中国海滨。剽悍的蒙古军穷追不舍，一路烧杀、直逼珠江口。最终，陆秀夫背起幼主蹈海殉国。众多朝臣悲愤难抑，亦追随蹈海，南宋亡。
蔡元培在这悲壮的历史面前唏嘘不已，不禁感叹中国历史的凝重。想到日寇入侵，不由更惦念战火中的故土。他写下这样的诗句：
“由来境异便情迁，历史循环溯大原。
“还我河山旧标语，可能实现在今年。”
这时的蔡元培曾为友人之父题照，写了“家祭毋忘”四字。也许，蔡元培已经预感到自己不能看到抗战胜利的那一天了。
身处香港的蔡元培继续关心中央研究院的工作。这时的中央研究院，由于上海沦陷，随南京国民政府迁往中国西南各省份。
淞沪会战爆发时，蔡元培强撑病体，指挥和组织上海三个研究所向内地搬迁。而各所所长多有不愿意去重庆的，蔡元培尊重大家的意见，除总办事处与气象所搬迁重庆外，其他各所可以自定去处。
如此一来，昆明、桂林也成为迁移的目标，事情也便多了起来。为此，蔡元培不得不操更多的心。即便在香港养病，蔡元培仍然随时接收各处、所的行踪报告，时刻关注和指导着他们的安置情况。
种种问题接踵而来，千头万绪，需要梳理。
1938年2月28日，在蔡元培的召集下，关于“中研院”搬迁的一个重要会议在香港酒店举行。总干事朱家骅以及丁西林、竺可桢、李四光、傅斯年等各所所长都出席了。蔡元培主持会议，确定了战时院务的众多重大决定与生存发展策略，大家也统一了思想。
但是，“中研院”总干事一职的人选问题，一直让蔡元培伤脑筋。被蒋介石任命为浙江省政府主席的朱家骅曾多次要求辞掉总干事一职，均被蔡元培拒绝。这次到香港，朱家骅又一次以将出任驻德大使为由，请蔡元培另聘他人。蔡元培虽仍不同意，但也不能不考虑新的人选了。
3月里的一天，蔡元培邀请任鸿隽一起午餐。任鸿隽曾为四川大学首任校长，能力很强，蔡元培虽然心有打算，但见他事务繁忙，感到时机还不成熟。
9月，等朱家骅又提出辞职时，任鸿隽的事务也基本安顿下来，蔡元培正式邀其继任总干事。任鸿隽深知“中研院”情况复杂，虽答应帮忙，但要求到桂林等地视察后再决定。可是，蔡元培认为已不能再拖了，最终说服了任鸿隽，通电宣布其出任总干事。
蔡元培慧眼识才，任鸿隽则不辱使命。在“中研院”搬迁安置最困难的时期，任鸿隽通过自己在四川等地的人脉以及非凡的工作能力，促使“中研院”各所成功地安顿下来，并不间断地产生科研成果。
蔡元培始终关注着“中研院”，他不止一次的鼓励同仁：“人类历史本充满着打破困难的事实；于困难中觅得出路，正是科学家之任务。又况易地以后，新材料的获得，各方面人才之集中，当地原有机关之协助，亦有特殊便利之点。吾人决不因迁地之故而自馁！”
在此期间，他接受了叶企孙、陶孟和、傅斯年的建议，将“中研院”最终决定权授予评议会秘书翁文灏。在特定的条件下，这无疑是有利于“中研院”的存在和发展的重大举措。
新中国成立时，“中研院”的大部分机构很好地保留下来，成为科学事业的重要力量。对此，蔡元培功不可没。
蔡元培在香港养病期间，好友张静江曾邀请他同往美国，以便其获得更好的疗养。然而，蔡元培婉言谢绝，理由是：自己身负“中研院”职责、文化学术工作，这些均关系国家百年大计，未可一日停顿，实不能远离。
在香港的岁月，蔡元培的身体多在病中，不得不推辞众多的邀请。
蔡元培在香港唯一一次公开活动，是出席由宋庆龄领导的保卫中国大同盟和香港国防医药筹赈会，联合在圣约翰大礼堂举办的美展开幕式。
这天，蔡元培精神大振，在包括港督罗富国在内的众多来宾面前，即兴发表演讲：
“抗战时期需要人人具有宁静而强毅的精神，不论是前方冲锋陷阵的将士，还是后方供给军需、救护伤兵、拯救难民的人员，以及其他从事于不能停顿之学术或事业者，有了这种精神，便能免于疏忽错乱散漫等过失，从而在全民抗战中担当起一份任务……”
在抗战初期的困难时刻，蔡元培始终有一种自信的乐观与豪情，并不时鼓荡起铁马金戈般的壮烈情怀。这种情怀，在其诗作中有很强烈的表现：
“枫叶获花瑟瑟秋，江州司马感牢愁。
“而今痛苦何时已，白骨皑皑战血流。”
这是他当时写给陆丹林的诗。
“世号诗史杜工部，亘古男儿陆渭南。
“不作楚囚相对态，时闻谔谔展雄谈。”
这是他读完友人《八一三纪事诗》所题的一首七绝。
透过这些字里行间溢出的爱国激情，不难看出病居香港的蔡元培既有“江州司马”的愁怀，又思慕那“亘古男儿”的气概。
最能说明这时期蔡元培壮心不已的文字，莫过于他被国际反侵略运动大会中国分会推为第二届名誉主席后，为该会会歌所作的歌词。
这首著名的《满江红》词铿锵有力，铮铮有声：
“公理昭彰，战胜强权在今日。概不问，领土大小，军容赢诎。文化同肩维护任，武装合组抵抗术，把野心军阀尽排除，齐努力。我中华，泱泱国，爱和平，御强敌。两年来，博得同情洋溢。独立宁辞经百战，众擎无愧参全责。与友邦共奏凯歌曲，显成绩!”
蔡元培晚年在香港摈除外务，希求静心养病和写作。他给自己订下的写作计划有：写一本“以美育代宗教”的书，编一本美学书，编一本比较民族学的书。另外，蔡元培应胡适的多次建议，拟写一部自传。
蔡元培的一生可谓都在为国事奔走，几乎难有充裕的时间静心著述。但他对中西学术长期求索而形成的独立见解积蕴于心，不发不快。此时人入晚境，回首往昔，世事纷扰，他希望在有生之年力求补偿。
这一时期蔡元培在香港经常写作的是《自写年谱》。年谱用白话文写作，文字简洁清丽，对蔡元培的家世、少年时代、科举考试及读书、供职北京翰林院、回乡从事教育、在上海的活动、留德四年以及其后旅居法国的生活均作了翔实记述。他人生成长的轨迹在其中一目了然，还可从中探知蔡元培思想人格的形成。该年谱自1936年初即已动笔撰述，在香港只是续笔，但不久蔡元培即病卧床榻，不得不辍笔。这时年谱仅写有4万余字，是一部未尽之作。