徐树兰家有藏书四万余卷，蔡元培如鱼得水。从20岁到23岁的四年里， 在此读书，可谓收获满满，学问也有大进。
他为徐氏校刊了《绍兴先正遗书》中的四部书，《重订周易小义》、《群书拾补初编》、《群书拾补补遗》、《重论文斋笔录》以及《铸学斋丛书》等若干书著。这期间，他的读书已“渐从泛览百家进入学有归旨”的境界。
如他自己所说：“治经便于故训及大意。治史偏于儒林文苑诸传。艺文志及其他关系文化风俗之记载。”
值得注意的是，这期间他受到常州学派今文经学家的影响很大。有段时间，他“读庄方耕氏、刘申受氏、宋于庭氏诸家之书，乃致力于《公羊春秋》，而佐之以《太史公书》。油油然寝窥于其间”。
经学是指中国古代研究儒家经典学说并阐明其含义的学问。
今文经学一般是指经学中研究今文经籍的学派。今文经，是指西汉学者用当时通行的隶书传授的儒家经典。
今文经学的常州学派，则是指清代乾隆、嘉庆年间出现的，以庄存与、庄述祖、庄绶甲、刘逢禄和宋翔凤为代表的，研究《春秋公羊传》的今文经学派。
特别是庄存与、刘逢禄和宋翔凤，是常州学派一脉相传的中坚人物。并且，他们的研究已经有了时代元素，所谓“常以微言大意比附现实。初启后来经世致用的端绪”。
庄存与（1719—1788），字方耕，号养恬，江南武进（属常州）人。幼诵六经，尤长于《书经》，乾隆十年（1745年）中乙丑科一甲第二名进士（榜眼），授编修，迁内阁学士。入值南书房及上书房。乾隆二十一年，督直隶学政。官至礼部左侍郎。
性格耿直清廉，在浙江督考时，巡抚送他金子他并没有接受，后来巡抚给了他一个二品官员（侍郎是二品）的顶戴，他接受了。
等到了路上，随从对他说“那帽子顶上的可是真珊瑚，可值一千两金子。”
庄存与大怒，说：“你为什么不早说”。
于是，奔驰千余里将帽子归还。
他当讲官的一天，皇上亲自驾临文华殿，讲习（主要是经史）完毕，同朝为官的人正在等待皇上起身离开。
“公（庄存与）忽然奏告皇上说讲的文章有错误”，说臣的意思是不能这么讲。于是，捧着书本近前讲解。同朝为官的人大惊，皇上为此停留了一会并对他的讲解点头认同。
庄存与为今文经学常州学派首创者。
刘逢禄（1776-1829），是清代经学家，字申受，号申甫，又号思误居士，江苏武进人。年十八，补博士弟子员。年三十二，举顺天乡试。嘉庆十九年成进士，改翰林院庶吉士，散馆，授礼部主事。道光四年，补仪制司主事。于礼部十余年未迁。卒于官。逢禄祖纶，官至大学士。
庄存与是他的外祖父，对他影响极大。
著有《尚书今古文集解》三○卷、《书序述闻》一卷、《左氏春秋考证》二卷、《公羊春秋何氏解诂笺》一卷、《春秋公羊经何氏释例》一○卷《后录》六卷、《谷梁废疾申何》二卷、《论语述何》二卷、《四书是训》一五卷、《箴膏肓评》一卷、《发墨守评》、《诗声衍》无卷数、《刘礼部集》一二卷，俱行于世。又有《易虞氏变动表》、《六爻发挥旁通表》、《卦象阴阳大义》、《虞氏易言补》各一卷、《庚申大礼记注长编》一二卷、《春闱杂录》一卷、《东陵勘地图说》一卷、《石渠礼论》一卷，等等。
宋翔凤，字虞庭，一字于庭，江苏长洲（今苏州）人。生于乾隆四十四年（1779年），卒于咸丰十年（1860年），享年82岁。其母是庄存与之侄庄述祖之妹，他常“随母至常州，得闻庄氏今文经学”。庄述祖说他的两个外甥“刘甥可师，宋甥可友”， 刘谓刘逢禄，宋谓宋翔凤也。嘉庆五年（1800年）中举人，选为泰州学正，历官湖南新宁（今资兴）、耒阳等县知县。咸丰九年以名儒重宴鹿鸣，加衔为知府。宋翔凤为学，把阐扬微言大义的经典从《春秋公羊传》扩展到《论语》等多部经典，把义理阐发的重点从政治方面转移到伦理道德方面。
宋翔凤也深谙考据学，著作还有《论语郑注》10卷、《大学古义说》2卷、《孟子赵注补正》6卷、《孟子刘熙注》1卷、《四书释地辨证》2卷、《卦气解》1卷、《尚书说》1卷、《尚书谱》1卷、《尔雅释服》1卷、《小尔雅训纂》6卷、《五经要义》1卷、《五经通义》1卷、《过庭录》16卷以及《论语发微》、《经问》、《朴学斋札记》等。其中《过庭录》一书，是其考据学的代表作，在晚清经学扎记诸书中成就较高。
清代今文经学派。因创始人庄存与﹑刘逢禄都是常州人，故名。最初根据今文《公羊》经说，故亦称"公羊学派"。
鸦片战争前后，龚自珍﹑魏源以《公羊》经义，发挥政见，抨击封建专制制度的腐朽。光绪年间，廖平分析经学，详论汉今古文学的歧异，以为古学系伪造，今学乃孔子自创新制。后来康有为利用今文"托古改制"，作为戊戌变法的理论依据。
此时蔡元培对今文经学兴趣浓厚。甚至发愿要编辑《公羊春秋大义》。这对于他后来积极投身于社会变革潮流，有着必然的关联。
在徐家伴读和读书的同时，蔡元培与山阴龙山书院。会稽稽山书院均有一定的联系。他在书院中偶尔写写八股文。按说八股文引经据典必须取自“四书五经”，但蔡元培这是候写的八股文却大相径庭。“以古书中通假之字易常字，以古书中奇特之句易常调”。例如他喜欢王引之《经传释词》上的古字和俞樾的《古书疑义举例》上的古句与求文章的奇僻古奥。使得常人几乎难以读通。
如他自己所说：“我有一时做八股文，很喜欢用《经传释词》的古字，《古书疑义举例》的古句。好像同人开玩笑一样。”
开始他可能是在开玩笑，没想到山阴龙山书院和会稽稽山书院的两位院长钱篪仙和王止轩，对此却十分欣赏和推崇。有首创精神的蔡元培在此基础上又不断发扬光大，竟创造出他的独门绝技——被大家称做的“怪八股”。
他后来就用这种怪异风格的文章，参加了后来的几次科考，被大家当作趣谈。
再者，他在此期间还结交了许多知交好友，如精熟清代先人掌故的王左，为人豪爽而又善写桐城派古文的朱茀卿，习武能文魏彧等人。
一般年龄相若的朋友薛炳，马用锡等，也时常来此读书和谈天说地。青年书生聚在一起，壮志雄心，相约编撰大部头书籍，诸如《二十四史索引》、《经籍纂诂补正》等等。但年轻的人们多半做事虎头蛇尾，最后都不了了之。
无论如何，蔡元培这几年读书交友的生活，还是颇为惬意的。
1988年，蔡元培第二次赶往杭州参加乡试。直到晚年，他回想起这一次的经历还心有余悸。
“学而优则仕。”读书、考取功名，是传统社会里世世代代的父母对下一代的殷切期望。读书人一旦博得入仕的机会，更在身份名位上荣宠无比。在民间一般的百姓中间，知书达理的知识分子总是备受推崇。
乡试，中国古代科举考试之一。唐宋时称“乡贡”、“解试”。由各地州、府主持考试本地人，一般在八月举行，故又称“秋闱”。
明、清两代定为每三年一次，在各省省城（包括京城）举行，凡本省生员与监生、荫生、官生、贡生，经科考、岁科、录遗合格者，均可应试。
逢子、午、卯、酉年为正科，遇庆典加科为恩科，考期亦在八月。
各省主考官均由皇帝钦派。中试称为“举人”，第一名称“解元”第二名称为亚元，第三、四、五名称为经魁，第六名称为亚魁。中试之举人原则上即获得了选官的资格。凡中试者均可参加次年在京师举行的会试。
所谓千军万马过独木桥，那一年，整个浙江省参加乡试的学子多达10600人。
蔡元培在“自述”中写道：“每次留场二日，饮食须自备，学生自携带白米及冷肴、汤料等。每号有一勤务兵，时称号军，所携之米本可付号军代煮，但号军多不良。所以我等都自携紫炊具，叫做五更饥的，用火酒炊饭。 “ 每号之末间即厕所，坐近末间，每闻恶臭。又登厕时也常常呼吸困难，则携艾绳进场以避秽。 “集万余人于考场，偶有神经错乱，于试卷上乱写情诗或漫画杂事，甚至于自杀。闻者每附会事因，认为报应，并且说点名将毕时，有官役举一黒旗，大呼“有恩报恩，有冤报冤”云云，皆无稽之谈，但那时候常常听人道及。”
这一次，还是没有考中。六叔是和他一同参加的。在蔡元培看来，六叔在学问上是远胜于他的，六叔考了这么多年都没中过，他年纪轻轻第二次考，不能榜上有名是再正常不过了。但蔡元培这一次和第一次还是不同的。第一次，他不过是试试水，这一次下的功夫是不一样的，他自我感觉还是不错的，所以还是有些失落的。
第二年的春天，蔡元培与绍兴城内钱庄出纳王荣庭的次女结婚，婚后数月，便第三次赴杭州参加乡试。这是因光绪皇帝亲政而特别举办的一次恩科。
刚刚经历了一次失败，或许是他对这次科考根本就没抱希望，反而是放开了，在考场上把自己擅长的“怪八股”发挥得淋漓尽致。
乃至于乡试房官宦汝梅阅其试卷后认定，必是“老儒九困场屋者”所为。主考官李文田看了蔡元培的“怪八股”，拍案叫绝。
李文田（1834-1895）字畲光，号芍农、若农，广东广州府顺德县均安上村人。自小有“神童”之称。十四岁时，由于在佛山经商的父亲去世，家贫辍学。幸赖当时任教的南海何铁桥老先生照顾，得以继续就读。
十八岁应县考第一，二十六岁获咸丰九年（1859年）已未科甲第三名探花，授翰林院编修。放江苏、浙江、四川乡试主考，提督江西、顺天学政。入直南书房，官至礼部右侍郎兼工部右侍郎。
工书善画。慈禧太后作画，“常命探花李文田、状元徐郙和陆润庠、进士陆宝忠为之题志”。
在这次乡试，蔡元培有幸得遇这位博学的伯乐李文田李大人做主考官，考中了第二十三名举人。同科考取的还有张元济、汪康年、汪大燮、徐仲可，以及他伴读的徐维则等。
考官对蔡元培试卷的评语是：“不落恒蹊，语无泛设，引证宏博，词意整饬。”