对于直皖之战，段祺瑞一直都是信心满满。奉军入关，虽然对他打击不小，但对取得这场战争的胜利也还是信心十足，只是觉着可能要多费些周折。万没想到，一直以来自认为手握的虎狼之师竟如此不堪一击，打了三天就兵败如山倒。
这是一个很刚强的人，自觉无颜以面对天下，几次想自戕，都被左右及时拦下。
“胜败兵家常事，毕竟是北洋军内争，究竟还有同袍之谊，直军也不会做的太过。”
听到这样的反复解劝，段沉吟了许久，派人把靳云鹏找来。
靳见到老段，不知说什么好，也不知段找他何事。他虽是皖系的人，但不知为什么对皖系的失败反有些幸灾乐祸。只是，他竭力掩饰，故意装出很痛心的样子。
段此时此刻哪还有心思顾及这些，只是简单地说：“事已至此，你和他们还可以谈话，赶快去和他们商讨停战吧，条件方面我没有什么意见，只希望不要把战争带进北京城。”
有说在战前，段曾要求所部，尽量少用重炮，可见他不愿意看到太多的伤亡。这说明，老段这个人还是较为良善的。
靳云鹏从府学胡同段公馆出来，就去找傅良佐，请他去天津跑一趟，代表靳自己向直军求和。
傅到了天津径赴直隶省长公署求见省长曹锐，曹锐没有见他，也不准他离开，他便被软禁于省长公署。
前线军队一队队狼狈地逃回，北京城的风声也越来越紧。段祺瑞万般无奈，只好放低身段满面羞愧地去见徐世昌，请徐下一道停战令，免得北京城遭浩劫。
徐世昌待段辞出后，望着他的背影，冷笑说：“早知今日，何必当初呢？”
当天，徐世昌颁下停战令：“前以各路军队因彼此误会，致有移调情事，当经明令一律退驻原防，共维大局。乃据近日报告，战事迄未中止，群情惶惧，百业萧条，嗟我黎民，何以堪此？况时方盛暑，各将十躬冒锋镝，尤属可悯。应责成各路将领，迅饬前方，各守防线，停止进攻，听候命令解决，用副本大总统再三调和之至意，此令！”
十九日，段祺瑞通电引咎辞职。
电云：“保定曹经略使、天津曹省长、盛京张巡阅使、南京李督军、南昌陈督军、武昌王巡阅使、开封赵督军、归化蔡都统、宁夏马护军使同鉴：顷奉主座电谕：‘近日叠接外交团警告，以京师侨民林立，生命财产极关紧要，战事如再延长，危险宁堪言状？应令双方即日停战，速饬前方各守界线，停止进攻，听候明令解决’等因，祺瑞当即分饬前方将士，一律停止进攻在案。
“查祺瑞此次编制定国军，防护京师，盖以振纲饬纪，并非黩武穷兵，乃因德薄能鲜，措置未宜，致召外人责言，上劳主座之廑念。抚衷内疚，良深悚惶！查当日即经陈明，设有贻误，自负其责。现在亟应沥陈自劾，用解愆尤，业已呈请主座，准将督办边防事务，管理将军府事宜各本职，暨陆军上将本官，即予罢免；并将历奉奖授之勋位勋章，一律撤销，定国军名义，亦于即日解除，以谢国人。谨先电闻。”
一直到最后，段祺瑞都没有出言责怪任何人，而是把所有的责任自己来扛，这就是人品。不像张敬尧，出了事不惜把自家兄弟和忠心耿耿的义子推出去。
细看这个电报，礼貌地提到了那么多对手，竟没有此战最重要人物吴佩孚。肯定不是漏掉，是段对吴太恨之入骨了。
段在皖军战败后，由团河回到府学胡同，既不逃天津，也不奔租界。
皖系之败，不只在东西两战场上，其他各处也是败讯频传。山东德州本被皖军马良攻入，守将商德全退走。随后奉军往援，夺回德州。信阳方面皖军赵德龙与河南旅长李奎元激战，赵亦败北。察哈尔都统王廷祯响应曹吴，率军入驻康庄，在居庸关方面与皖军一战，皖军照样大败。
段祺瑞的失败，是徐世昌很乐见的。徐有他的打算，想在直奉两系之间保持一个均衡，希望其他各省的军阀也保持原有地盘和地位，互相牵制，这样他就可以成为一个有职有权的总统了。
他主张对段宽大，只要解除了兵权，就可自由安居，且应予以相当的优遇。至于其他人，除了少数民愤特别大的首要外，也尽量少株连。
徐的宽大主张得到张作霖的赞。张和皖系并没有血海深仇，不必赶尽杀绝，而他正想乘此机会收集皖系的残余，壮大自己，自要收买人心。
曹锟是主张惩办一切与战事有关的皖系政客和安福系分子，但为了保持和奉系的友好，而尽可能迁就张作霖。
但是，吴佩孚不一样，坚持要肃清安福分子，查抄祸首的财产充作善后经费，解散安福国会，幽禁段祺瑞。
直皖战争虽然十八日已经结束，直到二十三日直奉两军的先头部队才开到北京，二十四日大队人马开到，分别接管了南北苑的兵房。
七月二十三日北京政.府特派王怀庆督办近畿军队收束事宜。
王怀庆（1875—1953），字懋宣，河北省宁晋县凤凰镇南塔庄人。
出生在一个小官吏家庭。父酒赌成性，母为人文弱，家道中落。王怀庆八岁上下就和家里人一起下地种庄稼，给人家放牛、牧羊，十岁的时候，就担负了更繁重的体力活儿，象脱坯、盖房等等。
十二岁即丧母失怙恃，继母虐待殊甚。一八八九年夏，十五岁的王怀庆不堪继母和父亲的虐待，私自离家远奔他乡。适时恰逢直隶提督聂士成在芦台招兵，王怀庆入伍，由于他勤俭耐劳少言，获得了聂士成对他的青睐，因而不断升迁，后入北洋武备学堂第二期学习。
一八九三年升为千总，后成为直隶提督聂士成部下的中军，兼带马步卫队。
庚子年八国联军侵华，聂士成战死在天津八里台子。王怀庆于枪林弹雨之中背负聂回营棺殓，并亲送灵柩至聂原籍安徽合肥安葬。由于聂家感激，效死于主将的忠义之名轰动一时，而当道者嘉许之，誉之为“忠义”。此后，聂母专函介绍王投到袁世凯麾下。
他是徐世昌在军界第一心腹亲信，资格甚老，与“北洋三杰”同辈。一九一二年后先后任蓟榆镇守使、北京步军统领、京畿卫戍总司令兼第十三师师长、热河都统，热察绥三特区巡阅使。第二次直奉战争后，寓居天津。
虽还是一朝“天子”，但不能一朝“臣”了。
二十四日准免财政总长李思浩、司法总长朱深、交通总长曾毓隽职。派田文烈兼署交通总长，财政、司法两部则由次长代理部务。又准免京畿卫戍司令段芝贵职。
二十六日令撤销曹锟、吴佩孚等处分。批准京师警察总监吴炳湘辞职，派殷鸿寿继任。
二十八日准督办边防事务兼管理将军府事务段祺瑞辞职。令裁撤督办边防事务处。令撤销西北军名义。
二十九日派昭武上将军、热河都统姜桂题兼管将军府事务。
按惯例对战败方要惩办祸首，但名单迟迟没公布。据说名单内有曹汝霖、陆宗舆二人，因为这两位是经手向日本借款的人，陆宗舆在直皖开战前还垫付了定国军（段军）一笔军费。可是，曹、陆两人的名字在徐世昌笔下删除了。
江苏督军李纯电请将王揖唐加入祸首，湖北督军王占元也请求把吴光新加入，徐世昌认为这两个人都不在北京，没有直接参加战争，应当另案办理。
七月二十九日北京政.府下令通缉祸首：“国家大法，所以范围庶类，缅规干纪，邦有常刑。此次徐树铮等称兵畿辅，贻害闾阎。推原祸始，特因所属西北边防军队，有令交陆军部接收办理，始而蓄意把持，抗不交出。继而煽动军队，遽启兵端，甚至胁迫建威上将军段祺瑞，别立定国军名义，擅调队伍，占用军地军械，逾越法轨，咨逞私图。
曾毓隽、段芝贵等，互结党援，同恶相济，或参预密谋，躬亲兵事；或多方勾结，图扰公安，并有滥用职权，侵挪国帑情事，自非从严惩办，何以伸国法而昭炯戒？徐树铮、曾毓隽、段芝贵、丁士源、朱深、王郅隆、梁鸿志、姚震、李思浩、姚国桢等，着分别褫夺官职勋位勋章，由步军统领京师警察厅一体严缉，务获依法讯办。其政治交通等部款项，应责成该部切实彻查，呈候核夺。国家虽存宽大，而似此情罪显著，法律具在，断不能为之曲宥也，此令。”
若论祸首，第一当属段祺瑞，现在却成了受胁迫者。所谓“刑不上大夫”，从来如此，已见怪不怪。
奉军入京后曾到安福俱乐部去进行搜查，并将其查封。
八月四日，徐世昌下令解散安福俱乐部，同时声明：“除已有明令拿办诸人外，其余该部党员，苟非确有附乱证据者，概予免究。其各省区设有该部支部者，一律解散。”
这道命令引起曹锟、吴佩孚和长江三督的严重不满，于是，徐世昌于八月七日补发命令：“一、据江苏督军李纯电呈：王揖唐遣派党徒，携带金钱，勾煽江苏军警及缉私各营。并收买会匪，携带危险物，散布扬州镇江省城一带，以图扰乱，均有确凿证据，请拿交法庭惩办等语。王揖唐经派充总代表职务，至为重要，乃竟勾煽军警，多方图乱，实属大干法纪，除已由国务院撤销总代表外，着即褫夺军官，暨所得勋位勋章，由京外各军民长官饬属一体严缉务获，依法惩办，此令。”
“二、前以安福俱乐部为构乱机关，业有令实行解散，所有籍隶该俱乐部之方枢、光云锦、康士铎、郑万瞻、臧荫松、张宣或多方勾煽，赞助奸谋，或淆乱是非，潜图不逞，均属附乱有据，着分别褫夺官职勋章，一律严缉，务获惩办。其余该部党员，均查照前令，免予深究，务各濯磨砥砺，咸与维新。此令。”