吕公望就任浙江都督后发表通电：
“云南、贵州、广东、广西各都督、总司令、参谋长暨上海各报馆鉴：袁氏世凯背誓食言，殃民祸国，诸公仗义，简甲兴师，攘除奸凶，肃清群慝，义声所播，天日为昭。浙省虽僻在偏隅，誓同护国。独立既倡，万众一心。屈前都督危局支持，心力交瘁，元功弗宰，让德弗居，军民同声，攀援无术。乃责公望承兹钜艰，自愧菲材，艰胜重任。只以四方多垒，元悉未除，敢惜一身，以误大局。
“兹于五月六日正式就任。区区之志，誓在搜讨义旅，为国驰驱，期与诸公东西策应，虽历危险，在所弗辞。事属同仇，义无反顾。翻云覆雨，窃所痛心，停战迁延，尤非所望。诸公首义，必宏远谟，幸锡南针，共图北首。枕戈待命，临电神驰。浙江都督吕公望。鱼。印。”
屈映光连军政.府的都督的名头都不敢要，他领导的浙江独立应该也是假独立。只是被袁世凯这一掺和，浙江的假独立反倒成了真独立，实可谓是弄巧成拙。
岑春煊早在四月初旬就已由上海到了香.港，他和袁世凯是一对老冤家，我们知道，在“丁午政潮”的那次恶斗中，岑春煊是袁世凯的手下败将。他是反袁的，一直是反袁的，民国后他也还是反袁的，而且加入了国民党。
二次革命时，曾有传说，国民党要拥他为总统以对付袁，他是真动了心，也满怀期待。只可惜二次革命失败得太快，这一次他总算赶上了直接参加倒袁的活动。
两广和西南都是他最有人脉的地区，正可以有所作为，他于是四月十九日由香.港启程前往肇庆。
岑春煊抵达肇庆后，即由两广军方联名通电推戴他为护国军都司令。五月一日两广护国都司令部成立。岑春煊为都司令，梁启超为都参谋，李根源为副都参谋。
李根源（1879—1965），字雪生，又字养溪、印泉。
清光绪五年（1879年）六月六日，李根源生于云南腾越。光绪二十九年（1903年），考入昆明高等学堂。光绪三十年（1904年）十一月，入日本振武学堂与士官学校。宣统元年（1909年）九月，任云南讲武堂监督兼步兵科教官，旋升总办。民国六年（1917年）二月，任陕西省长。民国十一年（1922年）十一月，任北洋政.府农商总长。
民国十二年（1923年），因反对曹锟贿选总统，辞去其国会代表职，隐居吴中。民国二十九年（1940年）春，返回昆明就任云贵监察使职。一九六五年七月五日，李根源病逝于北京，享年八十六岁。
李根源是辛亥元老，中国近代史上的著名人物，曾参与领导云南起义，参加“二次革命”、反袁世凯称帝活动和“护法”斗争等革命运动，在修建英雄冢，倡导建设“腾冲国殇墓园”，在昆明“重九起义”、云南军都督府建立等作出过重大贡献。
新中国成立后的一九五零年六月，李根源应中.央.人.民.政.府的邀请，列席政.协全.国委员会第一届全体会议。后被选为中国人民政.治.协.商会议全国委员会委员和全国政.协文史资料研究委员会副主任。
一九五九年，李根源将在抗战期间从苏州寓所疏散到小王山所收藏的全部古籍、书画、文物以及故意沉在小王山关庙前小池塘中的唐墓志九十三方，无保留地捐给苏州市文物管理会。
两广都司令部成立后，岑春煊、陆荣廷、梁启超等就打算把护国讨袁的重心由滇、黔移到两广，计划筹组一个中.央机构。
五月八日，梁启超一手筹划的护国军中.央机构军务.院宣告成立，以代行北.京.国.务.院的职权，军.务.院的组织规则如下：
第一条：军.务.院直隶大总统，统筹全国军机，施行战时及善后一切政务。
第二条：大总统不能亲临军.务院所在地时，一切军政、民政、对内、对外事宜，以军.务院名义行之。
第三条：军务院置抚军，无定员。以抚军议决或同意行其职权。抚军以各省都督或护理都督、全省以上联合军都司令、都参谋及各独立地方成军有二师以上之军总司令任之。凡新取得前项资格者，同时取得抚军资格。
第四条：军.务院由抚军互选抚军长、副长各一人。抚军长执行抚军议决及同意之事项。抚军得赞襄抚军长协理一切。抚军长有事故时，副长摄行职权。抚军长、副长俱有事故时，得公推抚军代摄行职权。
第五条：军务院置政务委员会，由抚军互选一人领委员长。设各种委员，无定员，分掌外交、财政、军政、法制各项政务。
第六条：军务院置各省代表会，由各省都督各派二员列席，以备咨询。
第七条：军务院置秘书，无定员，承抚军长、副长、政务委员之命，掌管机要事宜。
第八条：军务院遇有关于对内、对外特别重要事宜时，由抚军之合议或同意得特任专使处理之。
第九条：军务院所属各种委员会、各省代表会组织细则，以院代定之。
第十条：军务院自国.务.院依法成立时撤废之。
原来拟议中的抚军长是岑春煊，其后决定推唐继尧。因为云南唐继尧是护国首义之人，又是实力派，由唐继尧为抚军长更合适些。这样，岑春煊便出任副抚军长。
军务院设于肇庆，唐继尧远在昆明，便由岑春煊以副抚军长代理抚军长。并推刘显世、陆荣廷、龙济光、梁启超、蔡锷、李烈钧、陈炳焜为抚军。
抚军资格规定为独立各省都督及军长以上的实力派，梁启超则是特殊的例外，是实力派以外的人。因为是倒袁的首创者，又是护国精神领袖蔡锷的老师，所以他很自然地成为军务院中的政.务委员会委.员.长。
军务.院直隶大总统，这里所谓的大总统当然不是袁世凯。大总统不能施行职务时，由军务院代行，军务院置各省代表会，由各省都督派代表二人列席。以唐绍仪为外交代表，王宠惠和温宗尧为副代表。
唐继尧遥任抚军长后，通电中外，略谓：“迫于时艰，勉膺重任，谨掬血诚，誓以公心效忠国事，一俟大难削平，即当退避贤路。”
蔡锷是反对设立军务院的，当五月初旬两广筹组军.务院时征求滇、黔意见，蔡即复电认为目前只须迫袁退位，而由段祺瑞出面主持。“不宜组.织政.府，致招争权夺利之嫌，而启南北分裂之渐”。
蔡锷的想法和当年朱元璋“缓称王”的思想是相通的。是想明白的告诉世人，他们大家挺身而出反对袁氏称帝，是为了捍卫共和，为了护国，而不是为争权夺利。
军务.院成立后，发表第一号宣言：
“中华民国大总统领海陆军大元帅一职，依法应由副总统黎公继任，已由本军政.府宣言在案。但黎公今方陷贼围，未克躬亲职务。查《大总统选举法》第五条第二项云：大总统因故不能执行职务时，以副总统代理之。副总统同时缺位，由国,务.院摄行其职。今大总统身体蒙难，副总统职尚虚悬，国.务.院又非俟大总统任命，经国会同意后，不能组织。
“而军事正亟，既当求统一之方，至国运方新，尤宜作通筹之计。今由继尧等往复电商，特暂设一军.务院，直隶大总统，指挥全国军事，筹办善后。军务院置抚军若干人，用合议制裁决庶政。其对外交涉，对内命令，皆由本院名义行之。俟国.务.院成立时，本院即当裁撤。除将军务.院组织条例别行公布外，特此布告中外，咸使闻知。”
军.务.院各首领就任宣言：
“北京黎大总统，云南、贵州、南宁、广州、杭州都督府，泸州护国军第一军总司令部、南宁护国军第二军总司令部及护国军各地前敌总司令，各省将军、巡按使、巡阅使、镇守使，各师旅长，各道尹县知事，暨两广各团体、各报馆公鉴：
“护国军军政.府宣言如下：本军政.府设置军务.院，权理军国重事，业经宣言，并将组织条例公布在案。今于五月八日组织军务.院成立，遵照条例，以继尧、显世、荣廷、济光、春煊、启超、锷、烈钧、炳焜等任军务院抚军，并往复通电，互选继尧为抚军长，春煊为抚军副长，启超领政务委员长，暂定广东为军务院所在地。
“继尧因云南地方职守未能远离，依条例第四条第二项由春煊摄行抚军长职权。继尧等菲德庸才，迫于时艰，勉肩生任，谨掬血诚，誓以公心效忠国事。一俟大难削平，即当退避贤路，皇天后土，实鉴斯言。为此布告中外，咸使闻知。再，浙江都督吕公望，遵依条例应任抚军，因交通阻梗，电商未复，除专电敦请加入外，合并声明。云南都督唐继尧、贵州都督刘显世、广西都督陆荣廷、广东都督龙济光，两广护国军都司令岑春煊、两广护国军都参谋梁启超、护国军第一军总司令蔡锷、护国军第二军总司令李烈钧、广西护国都督陈炳焜。青。印。”
护国军军务院的成立，表示护国倒袁有了统一的领导和协调机构。