司隶校尉的一项主要职责，就是纠察首都地区各种违法乱纪的行为，司马炎把这个官职交给刘毅，绝对是给他最大的鼓励。事实上，刘毅一点儿都没让司马炎失望，他一上任，就开始向不法的权贵们宣战，像何曾、羊琇这样的顶级人物，都逃不过他的弹劾，许多中低级官员，知道难逃制裁，干脆主动辞职逃走了。更牛的是，连皇太子司马衷，刘毅也照搞不误。有一次，司马衷进入皇宫东掖门，没有按照规定静音，一路鸣锣开道就闯了进来，刘毅知道以后，立刻跑了过去，硬是把司马衷的车驾给拦了下来，直到刘毅告到司马炎那里，司马炎下诏赦免了司马衷的罪过，这位太子爷才算进了皇宫。就这样，原本在洛阳城里嚣张跋扈的各路神仙，被刘毅彻底镇住，从此连大气都不敢喘，洛阳城里，再也没有什么强买强卖、招摇过市、横行不法的事情发生了。
在担任司隶校尉六年之后，刘毅升任尚书左仆射（国务院副总理）。就在他上任不久的284年1月4日，武库（中央军械库）的水井里，突然发现了两条体型很大的蛇形不明生物，当时人们一致断定那时传说中的青龙。这龙从来都是神龙见首不见尾，凡夫俗子一辈子都见不到一回的，这会突然在首都出现，自然是爆炸性新闻，连司马炎被去仔细看了个究竟。司马炎和大臣们一致认为，青龙出现在首都，一定是上天显灵，对自己政绩的认可。
就在大家要举行仪式庆祝的时候，刘毅给司马炎写了封信，说龙不在天上出现，反而困在井里，不是好兆头，而且以前也没有因为看见龙而庆祝的先例。司马炎本来兴冲冲的，被刘毅这么一说，也就觉得没什么意思了，取消了本来应该是大肆歌功颂德的庆功宴。
可是刘毅这一封信，又给早就看他不顺眼的人抓住了把柄。正巧，过了几天，首都上空突然阴云密布，同在国务院的一位处长刘汉，立刻拉了一帮人向司马炎反映，说青龙出现本来是西晋王朝千秋万世的象征，刘毅偏说不是好兆头，诅咒国家领袖、宣扬反动言论，惹得老天爷不高兴，所以最近才愁云惨淡，应该立刻把刘毅杀头，给老天爷谢罪。好在司马炎了解刘毅，也不是太相信非要杀了刘毅天气才能好转，就没有听从。
过了段时间，刚刚好转不久的天气又是阴云密布，刘毅也给司马炎写了封信说：“阴天愁云不散的原因，正是因为奸佞的马屁精围绕在皇帝身边不肯散去，该杀却不杀。”
这就是刘毅，嫉恶如仇、直言不讳。只要是他认为不对的事情，他就要说，只要是他认为不正经的人，他就要管。
如果各位觉得刘毅只是一位敢于直言的忠臣，那您就小看他了。和以往只知道惩奸除恶的那些忠臣不一样，刘毅看到了西晋王朝之所以这么腐朽糜烂的核心原因，他明白了西晋之前、乃至西晋之后许许多多所谓的忠臣都没能明白的一个道理：人只是制度的产物，罪恶的制度，是所有罪恶之源。西晋的罪恶之源，正是实行了半个多世纪、保证士族升官发财特权、强烈排斥其它阶层的官员选举制度——九品中正制。
这个时候的刘毅，已经是将近七十岁的高龄，他把自己的所有智慧和经历，都浓缩成了一封信交给司马炎，信的内容，就是请求司马炎废除九品中正制：
“现在的中正，以及评选人才的九个等级，早已经失去当初设立的本意，实际上早已经是想要就高、想低就低，全看中正搞不高兴。别人的前途荣辱，全部掌握在他们手里，权力好像皇帝，权势更超过国家。从公家的角度讲，中正随意评价人才，不用担心为失职负责，而从私人的角度讲，中正揭发被人的隐私，也丝毫没有顾及。其实这么做，只是用尽心机去追求自己的私利，清廉谦让的美德消失，争斗拆台的风气盛行，我个人认为，这简直是国家的耻辱。
中正的设立，对国家至少造成八种伤害：
第一，九品中正制评价的品级高低，全看当事人的背景大小，是非黑白，只看当事人的官位高低。同一个人，在几天之内，评价就会完全不同，最终的结果就是，上品无寒门、下品无士族。
第二，设立省级的大中正，本来应该尊重当地人的意见，可是现在由政府直接任命，使得当地人一片怨恨，甚至让朝廷高官之间也互相仇恨。
第三，原来订立的九个品级，本来是认为人们的才干和品德各有差别，而年龄资历也有高低而已，想不到闹到今天，优劣高低，正好颠倒。
第四，皇上您制定法律对善恶进行奖惩，可是唯独没有给负责选拔官员的中正制定规矩。于是，中正就肆无忌惮，在选拔官员的时候想怎么样就怎么样。受到不公待遇的人白白受屈，却上告无门，只能忍辱终生。
第五，一省一市的人才，多到成千上万，有的搬家，有的在别处谋生，中正们连他们的面都没有见过，又怎么能了解他们到底有什么才能呢？可是，中正们无论知道不知道，仍然是给人下评语。这样一来，夸一个人的话都是来自官员口中，损一个人的话全来自街头巷尾。中正全靠自己的判断当然了解太少，听小道儿上的传言又不靠谱，这就更谈不上公平了。
第六，政府选拔人才，主要是为了让他们治理百姓。可是今天的实际情形是，轻视真抓实干，重视高谈阔论，助长浮华虚无的社会风气，废除以事实作为根据的考察规则。努力做事的官员，反而被中止评为下等，混事儿的官员，却被评为上等。
第七，人和人不同，所以处理事情的方法也不一样。如今这些一概不论，只用品级选人，品级高的人能力不高，能力高的品级又不高，于是品级和实际能力根本就不一致。
第八，现在的九品分级，列为下品的，并不能说他就不行，列为上品的，也并不能说他就行，其实只是按照中正的心意，喜欢的就评为上品，不喜欢就评为下品，一味培植私人势力。于是，人们都把份内工作都抛到脑后，全心全意去钻营关系。
由此看来，选拔官员的人虽然叫“中正”，其实却是又歪又斜，对人们有九等评价，对国家却有八种伤害。从古至今，最大的失策，莫过于实行九品中正。所以我认为，应该废除罪恶的九品中正制，重新制定一套完整的制度。”