广州军政.府虽然恢复了，实际上势力仅及广东一省。
这期间，孙中山的处境是很艰难的。在南北战争其间，列强驻中国的外交团曾和中国的南北政.府订有协定，将各省关税余款百分之十三交付军政.府。当孙此番再接收军政.府后，外交团提出军政.府权力只及广东一省，不能代表西南，停止这笔拨款。
军政.府外交部长伍廷芳曾屡次向驻粤领事团提出抗议，最后一次声称如果不履行协定，军政.府将接收海关以资报复。列强并不买帐，出动了大批炮舰驶白鹅潭示威。
看到北京方面有徐世昌这个总统，比广州政.府在国际上各方面都叫得响，孙中山认为南方也必须成立一个名正言顺的政.府。
前边提到过，很长时间了，孙中山就想有把广州的军政.府正式化，正式之途径就是选举总统，改变四不像的总裁制。
只是，这个计划一开始就遭到西南各省的反对。理由是西南各省已树自治旗帜，“护法”二字已经不足以号召，何况旧国会议员在广东的，仅二百余人，也距离选举总统的法定人数甚远。
广东的实力派人士陈炯明，内心是倾向联省自治的，只是不便公开提出反对意见。而陈炯明部下叶举、洪兆麟等人则反应强烈，公开反对选举总统，甚至以军队不稳相要挟。
将桂系赶出广东后，孙中山极力主张乘胜追击夺取广西，把桂系从西南清除。选举总统不成孙中山退而求其次，打算在主席总裁的名义上加一个“大元帅”头衔，由他自己带兵去打广西。对此，陈炯明同样不赞成，他的意见是应首先巩固广东省自治，再徐图团结西南，共抗直系。
孙中山曾和陈炯明恳切密谈，劝陈认清环境，眼光放远，以一个人作比喻，如果心肝五脏都已溃烂，则四肢怎会完好？一个国家如果糜烂，广东一隅岂能保全？至于保境则需依赖军队，养兵以保境则财困民疲，所谓息民岂不是空谈。息民做不到更遑论建设？不能建设，广东一省如何进步？不能进步则是固步自封。所以今天大家应该把眼光放远。从大处着想，皮之不存，毛将焉附！
对于孙中山，陈炯明有他的看法，如他对唐继尧所说：“中山只是一个大炮”。有了这样的观念，孙纵有再多的金玉良言陈也很难听得进去。
孙中山对陈炯明不合作不听命的态度，非常忿怒，忍无可忍，打算削减其军权，或是免除其省长兼职，使其不能继续掌握财权（当时财权在财政厅，受省长管辖，财政总长则有职而无权）。或者解除其陆军总长兼职而以唐继尧继任，但汪兆铭等劝孙中山投鼠忌器，怕闹得下不了台反而撕破了脸。
孙中山在一九二一年元旦庆典上，在对军政.府同仁训话时，表示护法不能解决问题，希望国会在广东组织政.府，对国际间明白昭示，必需北伐以统一中国。因为北京政.府既不合法，又不孚民望。
孙的主张传出后，海外华侨、社会贤达、国民党支部都纷纷电请孙，从速组织选举总统。
这时，北京政.府在国际间强调南方已没有军政.府，全国已经统一，因此向四国银行团洽商大借款。
孙中山认为时机迫切，亟应把握时间，免得国际间真的进一步和北京政.府连成一气，北伐大业就更加困难。便于一九二一年四月四日，宴请在广州的国会议员，正式要求国会从速选举总统，如果国会不肯同意，他就一走了之。
前边也提到过，对于选举总统，唐继尧在云南时是不赞成的，到了广东后由反对派变成了赞成派。于是七位总裁中，现在已有四位总裁站在同一阵线上，孙的选举总统主张就很容易实现了。
四月七日在广州的国会非常会议参众两院联合举行会议，议员出席二百二十余人，由参议院议长林森主持，首先通过了高镇圭提出的改开非常会议的动议。在非常会议中，讨论周震麟所提的“中华民国政.府组织大纲”。接着丁蹇动议续开二读会，照组织大纲原案七条通过。
四月十日，广州非常国会依大纲第二条选举大总统，除废票一张和投陈炯明的三票外，孙中山以二百一八票当选非常大总统。
同日非常国会通告全国，孙中山当选为非常大总统：“外交迫切，内乱迭起，北京政.府已自承认非法，取消其伪政.府资格，中华民国对内对外，皆不可不成立正式政.府，特于本日在广州开国会非常会议，议决中华民国政.府组织大纲，并依大纲第二条条文，大总统由国会非常会议选举之，以得过投票总数之半者为当选，于本日选出孙文为中华民国大总统，特此奉闻。”
民国十年五月五日，孙中山在广州就任非常大总统，宣布军政.府撤销。广州市民数十万人，举行盛大而热烈的庆祝会。
上午八时由国会议长林森持国会当选证书赴总统府向孙呈递，九时半在国会礼场举行授印典礼，由林森议长担任主席。
孙宣誓后，议长林森以大总统印绶付予孙，然后向孙致词：
“改辙易轨，为求治常经，达变通权，尤匡时急务。同人等鉴于军政.府之组织，权责不专，遇事瞻顾，至大乱未平，而国本先涣，乃谋彻底之改造制定中华民国组织大纲，选公为大总统，畀以戡乱建设之全权，期早统一民国，再造共和；妥协邦交，实成法治。谋社会幸福，靳永久和平。民国前途，胥公是赖。公其宣达民意，尊重民权，黾勉仔肩，以无负国民重托，斯则同人等所以代表民国而殷殷深致其属望者也。今者受职伊始，谨致中华民国大总统印绶，俾公发号施令，资为符信，公其勉旃！”
孙中山就任非常大总统，即发表对内对外宣言。
对内宣言：“文受国会付托之重，膺中华民国大总统之选，兹当就职，谨布所怀，以告国人。……文既为致力创造民国之人，国会代表民意，复责文以戡乱图治，大义所在，其何敢辞。窃维破坏建设，其事非有后先，政制不良，则政治无术。集权专制，为自满清以来之秕政，今欲解决中央与地方永久之纠纷，惟有使各省人民完成自治，自定省宪，自选省长，中央分权于各省，各省分权于各县，庶几既分之民国，复以自治主义相结合，以归于统一，不必穷兵黩武，徒苦吾民。至于重要经济事业，则由中央积极担任，发展实业，保护平民。对于外交，由中央负责，根据民意，讲信修睦，维持国际平等地位，保障远东永久和平。”
对外宣言：“自一九一七年六月，非法解散国会，北京已无合法政.府存在，国会为全国各省各区惟一合法代表机关，因是组织政.府，举文为中华民国大总统。文为建设民国之人，不能坐视民国危急之秋，自惜其力，不加援手。今决意殚竭能力，忠诚奉职，俾我国民，咸获满意焉。……文之第一职务，在统一民国各省各区，置诸进步修明之政.府管理之下，尊重列强依条约及成例，正当取得之合法权利。全国最大之资源，悉予开发，抱开放门户主义，欢迎外国之资本及技术。”
孙中山这两个宣言的精神，主要是以地方自治、和平统一、开放门户、发展实业四事昭告中外。
孙中山就任大总统后，立即发布人事命令：
外交部长伍廷芳
次长伍朝枢
财政部长唐绍仪
次长廖仲恺
陆军部长陈炯明
内政部长陈炯明兼
海军部长汤廷光
参谋部长李烈钧
秘书长马君武
总参议兼文官长胡汉民
政治部长胡汉民
并任命居正为参议，兼理国民党本部事务。
孙中山虽极端不满陈炯明的作风，可是组织政.府时仍然把两个重要职务，陆军部长和内政部长给陈，但是陈并不领情，反认为是多此一举。
他在呈请辞去陆、内两部职务时说：“一身而兼四职，实为中外历史所无。”
他所谓的四职是除了陆长、内长外，还有粤军总司令和省长。
唐绍仪也不肯“屈就”财政部长，因此该部职务由次长廖仲恺代理。
五月八日孙中山函徐世昌请其自动下野，函云：“以君之才，立于专制君主之朝，为一臣仆，犹不能有所展布，况任中华民国之重乎？世界之民主政治，既非君所尝闻，中国之何以实行民主政治，又非君所能解。贸然受此重任，而侈然不以为意，其为害于国，夫何足怪？……今日之事，君宜自省，名之不正，君之所知；君之不能有益于中华民国，而反以害之，亦君之所己觉。即日引退，以谢国人，则国人必谅君之既往，且善君之能改过也。爱君以德，故为此言。若夫怙恶不悛，必不惜以国家之生命，易一己之虚荣，则非所望于君矣。”
出现了南北两个总统对立的新局面，使北方表面统一，粉饰太平的宣传彻底破产。
孙中山就任总统后，并未加强其权力，反而加剧了和广东的地方势力的矛盾。当非常国会准备选举总统时，四月四日粤军将领举行秘密会议，拟即通电反对总统的选举。
陈炯明还是不愿自己直接出面反对，得知湖南总司令兼省长赵恒惕对选举非常总统持不同看法，便极力怂恿湖南方面发声，于是，湖南就成为反对的主力。
八日湖南教育会、农会、工会联名发出通电，反对选举总统。
九日赵恒惕在致广州参众两院的电文中声明不承认非法选出的总统。
十日以赵为首的湘军旅长以上军官联名给孙中山发电。
电云：“我公尽瘁民国，功高望重，将来合法政.府成立，元首一席，定为舆论推崇，此项违法选举，万恳严词拒绝，切勿轻就，以维法纪，而定人心。”