冯国璋做了总统后，曾表示尊重责任内阁制，对于段祺瑞用人和行政方面的决策都不干涉，段对冯在态度上也比对黎元洪时好得多。
冯和段这两个实力派，从袁世凯小站练兵就在一起共事，在反对洪宪帝制和张勋复辟中始终站在同一阵线，按说，他们应该能处到一起，其实不然。
从冯与段的性格上看，段祺瑞比较强势刚愎，有主见。而冯国璋虽给人的感觉，显得软弱、庸碌，好商量事，但其实是个极有心机之人。而最重要的，想让冯当一个和黎元洪一样的受气、什么事都不能管的总统，是绝对不能接受的。而段则是决不肯放弃半点权力的，因此两人的争斗反而是不可避免的。
前边说过，张勋复辟后，黎元洪放下了面子，以国家大局为重，重新任命段祺瑞为国务总理，并令他挂帅讨贼。
讨逆胜利后，一直在努力调解府院之争的张国淦曾力劝段祺瑞迎黎元洪复位，他说：“相对而言，和黎元洪共事其实比较容易，因为他手中无兵，而且刚经受过挫折，会吸取教训；而冯国璋既有兵权，又是新官上任，遇事必然逞强好胜，因此将更难对付。”
张国淦的分析入情入理，完全是出于对段祺瑞的一片爱护之忱。
有人说，如果段祺瑞能够接受，学古人将相和，也许可以开创一个双赢的新局面。可惜他对黎元洪罢免自己耿耿于怀，终于因私而废公，挟愤而忘义，拒绝了这个建议。
虽然，历史不可能是个别英雄人物所创造。但手握稀有资源，像段祺瑞、黎元洪这样身居高位之人，他们对历史进程所起的作用自然是普通人无法相比的。如果他们能有广阔胸怀，能有超人智慧，有良好的个人品德，能顺应历史潮流而动，应该是能够使历史的进程少走一些弯路的。
不消说我们这个刚刚从专制中走出的新成员，就是M国这样的民主制度较为健全的国家，换上一个任性妄为的总统，也把国家祸害得不轻。所幸是民主制度，有任期，任期满了，可以通过选举把他搞掉。如果是封建专制下，遇到这样的皇帝，就只有两条路可走：一条是揭竿而起，改朝换代，这要以天下大乱，人们的苦难为代价。还有一条路就是逆来顺受，希望这个坏皇帝死后，能换上一个好一点的皇帝。
或许，可以选择，万一没选好还能有途径挽救，比如弹劾，这无疑是民主共和优于封建专制的一个重要方面。
从段祺瑞与黎元洪的府院纠纷中，段固然是主要责任的一方，但黎的责任也是不可低估的。试想，如果黎对段能像当初对他曾经的顶头上司张彪一样的忍辱负重，一样的事事忍受，段难道就不能被感动吗？是不是当了大总统，地位变了，人也变了呢？
再者说，请神不能送神，图痛快把段祺瑞这个总理免掉，惹了多大的祸呀！
但是，如果我们把府院之争，仅仅归咎于个人的原因，那对问题的认识就太浅薄了。从专制到民主共和，不会是一帆风顺，更不可一步到位。是要走过艰难曲折的道路，是要经过一番磨难的，而府院之争是不是这磨难的一部分呢？
中国实行了几千年的帝制，民主共和是新鲜的舶来品，我们肯定要有个适应和学习的过程的。而更深层的是经济的原因，也就是受限于一定的物质生产和物质生活水平的历史局限性。而走向民主共和，建立起完善的民主制度，还有一个重要条件，就是要有成长起来的一代新人，一代与民主共和相适应的，具有一定的民主意识的新人。这样的人，也可以称之为合格的公民，或许是民主共和的真正基础。而这一代新人，同样是需要一定的物质生产和物质生活水平才能培育长成。
西方的共和体制大体可以分为两种：一种是美国式的总统制，另一种是法国式的内阁制。这两种制度各有优劣，总统制度下，个人的权力要大一些，优势是效率高，劣势是个人弄不好要胡作非为。而内阁制应该是正好相反。至于哪个国家更需要总统制或是内阁制，或者还有其他形式的民主制度，这不是我们现在讨论的问题。西方的共和体制，肯定也是经历过一个完善的过程的。从这两个制度不难看出，他们也经历过不止一次“府院之争”，所以演绎出两种较为典型的制度。
而无论是总统制或是内阁制，和封建皇帝相比，个人的权利都是很有限的，有法律和制度对其制约。当然，这里的前提是国家有力量保障法律和制度对个人权力的制约，或者是国家已经发展到法律和制度对个人的权力有制约的能力。
我们还是说段祺瑞和冯国璋吧。
开始时，在冯国璋看来，他当了副总统都高段这个总理一头，当了总统至少要高段两头了，自己是要做一下姿态的。所以能主动的放低身段，主动的胸怀若谷。这样，当然相安无事。
但时间长了，他品出滋味了，原来和段共事的这个总统，差不多是啥也不是，这情何以堪呢？
你退一步，人家说不定要进两步。不行得争。
这争执的第一遭，是军权，这也是历来总统、总理间的争执焦点。冯就任不久，就想恢复“大元帅陆海军统率办事处”，段当然不肯同意。段在国务院设立了“参陆办公处”，以取代袁世凯时代的“统率办事处”。
冯要过问全国大事，坚决不做有名无实、像个泥塑的大总统。段在这一方面总算让了步，自民国六年十月八日起，每天派一位官员向总统报告政情。
可是，总统、总理之争，不是表面的，或是一件事情上让一点步就可以和缓。
在用兵方面，段的主张是武统南方，而冯和陆荣廷、唐继尧有交流，希望和南方和解。
在对四川用兵时，是平定四川内乱，从表面看是不得已而为之，两个人没产生太大的分歧。但是对湖南用兵不一样，于是，两个人的矛盾和冲突公开化了。
段派傅良佐督湘后，湖南旅京士绅要求政.府勿在湖南用兵，他们向冯请愿，冯叫他们去问内阁。这就是明明告诉请愿的人说：是段祺瑞要向湖南用兵，与我冯国璋无关。
刘建藩、林修梅在湖南宣布自主，内阁决定下讨伐令，冯认为这是小题大作，应该大事化小，所以冯便不肯在讨伐令上面盖印。
当湖南战事发生后，北京政.府的讨伐令仍没有颁布。有人把当时的情势如此形容：“段内阁对外（指对德奥）宣而不战，对内战而不宣。”
冯、段两人的暗斗，就是北洋派直系和皖系的斗争。这两系在军事上各有力量，各有地盘，可是他们也各有弱点。直系占有长江三省地盘，然而湖北、江西和江苏不相联结，并且因为地形分散而力量不集中，尤其是江苏更是处于皖系势力的三面包围中。至于冯国璋自己身居北京，也是在皖系势力范围内。
不过，皖系军人纸上谈兵的多，肯打硬仗的少，而且在用兵西南时，必须越过长江，要经过直系的地盘。直系地区虽然分散，却是皖系用兵西南必经的通道，所以段在征南军事上必须要取得冯的支持。
需要合作了，冯手里有了筹码，也就可以互相牵制了，于是，冲突也上台阶。
段的武力统一，军事征南都是要花大钱的，钱从何处来呢？只有借款一途。
当时因为欧战激烈，英法无力借款，日本遂乘机而入。段祺瑞这时亦想借日本的支持达到他征南和统一的梦想，因此他重用曹汝霖，请他兼摄财政总长。曹是著名的亲日派，段后来为国人攻击卖国，和重用曹有很大关系。
日本为了对中国贷款，以朝鲜、台湾、兴业三银行合组一特殊银行团，由日人西原龟三经手，这便是后来有名的“西原借款”。
“西原借款”的背景是：日本大隈内阁曾以强硬态度向袁世凯提出《二十一条》，企图一举鲸吞中国，遭到中国人民的强烈反对。继任内阁首相寺内正毅鉴于前任之失败，乃以大量借款代替强硬交涉，既可缓和中国人民的激忿不满，又收加紧控制、掠夺中国之效。
日本的经济状况，因欧战关系增加了商品输出，有了过剩的资本，为向中国输出资本提供了可能条件。
因此，日本便采取了所谓“菊分根”政策，即像菊花分根移植一样，将资本输入中国，大量借款给段祺瑞政.府，以获得掠夺中国种种特权，企图变中国为其独占的殖民地。
为了向中国输出资本，才有日本的兴业、朝鲜、台湾三家银行在政.府的支持下组成特殊银行团，专事对华投资。
一九一七年八月，段祺瑞政.府也成立了中日合办的中华汇业银行，作为借款的经手机关。
日本三家银行所组成的特殊银行团，只是名义上的承借银行，实际上，所借款项均由日本政.府从国库预备金中支出。
同时，所借款项不以日本政.府名义出面，而是由以寺内正毅私人代表身份的西原龟三出面联络。对华借款由特殊银行团承借并由西原龟三出面，这是日本政.府煞费苦心的特殊安排，以避免其他帝国主义的注意和干涉，实现其单独对华借款的野心。
为取得这笔款项，段祺瑞把东北的修筑铁路、砍伐森林和采矿等一系列中国主权出卖给日本，为日本后来全面侵占东北埋下隐患。