1921年9月18日，蔡元培回到北京。远行归来，环顾海内，依旧是纷争不断的武人政治和兵戎相见的战乱。
北京教育界经历了五四运动后又一次大风潮，刚刚恢复平静。他的许多同志和朋友通过罢课请愿，甚至受伤流血，才促使政府发放了拖欠已久的教育经费。
在军阀主政的年月里，蔡元培深知苦撑教育残局的艰辛。但是，目睹欧美各国教育科学、文化的先进程度，出于一个教育家的天职和良知，他只能振奋自己；劝慰和勉励他人共图国家民族的百年大计。
在北大欢迎他归来的大会上，他鼓励师生们，从事教育工作的人，无论遇到怎样的困苦，也不可以自行放弃天职。他甚至认为罢课“是一种极端非常的手段。其损失比‘第三院做监狱’及‘新华门受伤’还要伤害得多”。
所谓“第三院做监狱”是指1919年五四事件之后。军警大肆拘捕游行示威的学生，并将其拘禁于北京大学第三院内。“新华门受伤”是指1921年6月3日，北京大学教职员工为索薪在清华门，向政府请愿时被军警殴伤的事件。
从这一年的10月起，蔡元培在北大开学美学课程，并招手编写《美学通论》一书。校长亲自授课， 吸引了大批的学生。
据蒋复璁回忆：“他教的是美学，声调不很高，可是很清晰。讲到外国美术的时候，还带图画给我们看，所以我们听的很有味儿，把第一院的第二教室，完全挤满了。挤的连台上也站满了人……于是没有法子搬到第二院的大讲堂。”
尽管蔡元培苦苦支撑。 但教育的现状实在是难以维持。连年的穷兵黩武， 耗占了国家的大部分收入， 教育经费在国家预算中都达不到1%。即使这样，也还是得不到保障，经常被拖欠，大学教员很多的时候只能领到半个月工资。
蔡元培完成欧美考察后回来这段时间，正值徐世昌当政的后期。前边不止一次的说过，这个时期，从财政上说，已经是频临破产的政.府了，教育经费的困难状况可想而知。
学校的财务状况是；教职员工的的半数工资都得不到保证，是购买书籍没有钱，购买仪器没有钱，购买实验用的化学药品没有钱，乃至购买一切物品都没有钱。
老师和学生人心惶惶， 都感觉到学校很难办下去了。于是，各校要求教育经费独立的呼声日益高涨。
“教育独立”作为一种思潮，萌发于“五四”之前，发展兴盛于20世纪20年代。是在军阀混战，经济凋敝，教育经费奇绌，教育事业陷于难以为继的条件下，为教育寻求出路。
“教育独立”的主要思想是表现在两个方面：
其一是教育应独立于政党。
教育要平衡发展人的个性和群性，政党则不然，它要造成一种特殊的群性，为本党服务，抹杀受教育者的个性。教育是求远效的，着眼于未来，其效果不可能在短期内表现出来，所以讲“百年树人”。而政党是求近功的，往往只考虑眼前的利益。
在政党政治背景下，政权在各党派之间更迭，由政党掌管教育，必然会影响教育方针政策的稳定，影响教育的成效。所以主张教育要超脱各派政党之外。
其二是教育应独立宗教。
教育讲究尊重个性，而宗教总是要人盲从。教育追求前进，而宗教趋于保守，尤其是教会学校借办学诱使青年信奉基督教，更是害人不浅，所以教育要摆脱宗教的影响。
蔡元培是教育独立的积极主张者。
1922 年初，蔡元培在《新教育》杂志上发表《教育独立议》，提出：“教育事业当完全交与教育家，保有独立的资格，毫不受各派政党或各派教会的影响。”
李石曾发表《教育独立建议》，主张教育立法采用议会制，教育行政采用合议制。
1922 年 2 月，全国教育独立运动会在北京高等师范学校召开成立大会，发表教育独立宣言书，要求教育经费独立和教育制度独立。主张教育清高说、教育中正说、教育至上说的人一般均持此观点。
蔡元培认为教育独立应该包括：
第一，经费独立，要求政府划出某项固定收入，专作教育经费，不能移用。
第二，行政独立，专管教育的机构不能附属于政府部门之下，要由懂得教育的人充任，不能因政局而变动。
第三，思想独立，不必依从某种信仰或观念。
第四，教学内容独立，能自由编辑、自由出版、自由采用教科书。
第五，以传教为主的人，不得参与教育事业。
蔡元培关于教育行政独立的具体方案是：分全国为若干个大学区，每区设立大学一所，区内的高等专门教育，中、小学教育，社会教育，文化学术事宜均由该大学校组织办理。
大学的事务，由大学教授组成的教育委员会主持，校长由教育委员会选举产生。各大学区大学的校长组成高等教育会议，处理各大学区间的事务。
教育部只负责处理经高等教育会议议决而与中央政府发生关系的事务，及教育统计报告等，不干涉各大学区事务，教育总长必经高等教育会议认可。
这里不难看出，蔡元培在借鉴法国的大学区制。他的这一设想，也成为后来的南京国民政.府初期，实施“大学区制”的框架基础。
教育独立的呼声虽然喊了很多年，但是只是学界的一厢情愿，终究而没有结果。
这一年的四、五月间，第一次直奉战争在京津地区附近爆发。双方10余万兵力，在一个星期的时间内激烈厮杀。
为了保证学校的安全，在蔡元培推动下，组建了北大保卫团。由李四光、丁燮林、白雄远负责筹建，学生参加者达300多人。
不久前，北大刚刚举办的中断六年之久的学校运动会，重视体育和体现“知识阶层武化”的现实需求，使这个最高学府破天荒在出现的学生军。这和蔡元培民国初年提出的，军国民教育的思想倒是完全一致的。
直奉之战以直系胜利而告终。直系这个有英美等国支持的军阀集团，较之当时的皖系特别是奉系，似乎在政治上清明一些。特别是秀才出身的常胜将军吴佩孚，颇得时人的好感。 由此，直系的当权，使不少期盼政治清明的人们一度想入非非。
曾经在留学回国之初，发誓20年不谈政治的胡适，此时居然也第一次发表政论，写了《我们的政治主张》一文。 他甚至觉得此文可用为公开的宣言，便约请他的十余名本校的同仁和校外的朋友，在蔡元培的住所会商此事。
众人讨论修订后，于5月14日联名发表。这篇书生议政的文字，主张好人应当站出来参与政治，组织一个为各方面均能接受的好人政府，推行政治改革。首先实现南北议和，召集民国六年被解散的国会制定宪法，进以裁兵、裁官，使国内政治逐渐步入正规。
肯定地说，这一宣言反映了欧美派知识分子和平改良现实政治的善良愿望，在当时的舆论界，引起了一定程度的共鸣。
蔡元培肯领衔发表这样的宣言，表现了他同样对直系抱有良好的希望，也和许多善良的人们一样，希望国家能从不休止的纷争中走出来。
故此，当直系的曹锟，吴佩孚完成了“法统重光”之后，他便电请孙中山， 中止北伐结束护法。尽管此举遭到很多南方国民党人的强烈反对，蔡元培仍然我行我素，在他看来，他这是在顺应民意。
可以看出，在北大任职的这几年，蔡元培基本上是作为社会名流而涉足国内的政治，这也就使他较少顾及党派的身份，在思想上有很大的自由度。
这一年的暑假，国内的教育界人士齐聚济南，举行的中华教育改进社的第一次年会。蔡元培作为该社董事，向大会致开幕词。会议重点是讨论修改学制的问题。
中华教育改进社是1921年12月23日，新教育共进社、新教育杂志社、实际教育调查社三者合并而成立。
当时正值中央政治腐朽、地方主义抬头、教育领域出现权力真空的时期。教育现代化，很大程度上依靠教育社团的群体力量得以实施和进行。由于当时教育团体犹如一盘散沙，难以于全国收统一之效，此会便应运而生。
改进社推举孟禄、梁启超、严修、张仲仁、李石曾五人为名誉董事，蔡元培、范源濂、郭秉文、黄炎培、汪精卫、熊希龄、张伯苓、李湘辰、袁希涛九人为董事，聘请陶行知为总干事。
该社以“调查教育实况，研究教育学术，力谋教育改进”为宗旨，推进教育调查、教育测量、科学教育，是当时中国最大的教育社团。其成立对促进了中国教育科学化、民主化、世界化的进程，是发挥了较好的作用的。
2011年恢复重建的中华教育改进社，现有社员三百余人，已形成有志教育改进者相互切磋和激励的平台，成为非营利性、专业化的第三方智库，这为后话。
在中华教育改进社的推动下，1922年9月下旬，北京政.府教育部召开学制会议，审议和通过学校系统改革草案等议案。
蔡元培以会议主席的身份主持会议，随后公布的新学制《壬戌学制》。《壬戌学制》比起民国初年的《壬子癸丑学制》有了很大的改进。
壬戌学制的主要特点是：①缩短小学修业年限，延长中学修业年限。②若干措施注意根据地方实际需要，不作硬性规定。③重视学生的职业训练和补习教育。④课程和教材内容侧重实用。⑤实行选科制和分科教育，兼顾学生升学和就业两种准备。
1922年制定的新学制，主要是采取当时美国一些州已经实行了10多年的“六三三制”，
也就是小学年限为6年，初中与高中分别为三年。
这表明中国现代教育制度从效法日本转向了效法美国，由军国民主义教育转向了平民主义教育。但它却并非盲从美制，而是中国教育界经过长期酝酿、集思广益的结晶。新学制的颁布和实施，标志着中国新教育制度的确立，标志着中国近代以来的学制体系建设的基本完成
“1922年学制”，“壬戌学制”，“新学制”“六三三学制”指的是同一个学制。
1922年《壬戌学制》，也是中国现代教育史上影响最深的一次变革。不仅提出了“多留各地方伸缩余地”的弹性教育理念，而且自下而上的改革，民间知识分子教育群体扮演了主角。
此次教育改革所确立的改革标准中，有发挥平民教育精神，谋个性之发展等内容。这与蔡元培平素的教育主张十分吻和，显然他为新学制的制定和实施付出了很大的努力。